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- PDB-8y6v: Near-atomic structure of icosahedrally averaged jumbo bacteriopha... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8y6v
タイトルNear-atomic structure of icosahedrally averaged jumbo bacteriophage PhiKZ capsid
要素
  • gp119
  • gp120
  • gp162
  • gp184
  • gp244
  • gp28
  • gp35
  • gp85
  • gp86
  • gp91
  • gp93
キーワードVIRUS / phiKZ / capsid protein / viral assembly / Pseudomonas aeruginosa / jumbo phage
生物種Phikzvirus phiKZ (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Yang, Y. / Shao, Q. / Guo, M. / Han, L. / Zhao, X. / Wang, A. / Li, X. / Wang, B. / Pan, J. / Chen, Z. ...Yang, Y. / Shao, Q. / Guo, M. / Han, L. / Zhao, X. / Wang, A. / Li, X. / Wang, B. / Pan, J. / Chen, Z. / Fokine, A. / Sun, L. / Fang, Q.
資金援助 中国, 4件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2021YFC2302500 中国
Shenzhen Medical Research FundD2301008 中国
Shenzhen Science and Technology ProgramZDSYS20230626091203007 中国
R&D Program of Guangzhou LaboratorySRPG22-003 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Capsid structure of bacteriophage ΦKZ provides insights into assembly and stabilization of jumbo phages.
著者: Yashan Yang / Qianqian Shao / Mingcheng Guo / Lin Han / Xinyue Zhao / Aohan Wang / Xiangyun Li / Bo Wang / Ji-An Pan / Zhenguo Chen / Andrei Fokine / Lei Sun / Qianglin Fang /
要旨: Jumbo phages are a group of tailed bacteriophages with large genomes and capsids. As a prototype of jumbo phage, ΦKZ infects Pseudomonas aeruginosa, a multi-drug-resistant (MDR) opportunistic ...Jumbo phages are a group of tailed bacteriophages with large genomes and capsids. As a prototype of jumbo phage, ΦKZ infects Pseudomonas aeruginosa, a multi-drug-resistant (MDR) opportunistic pathogen leading to acute or chronic infection in immunocompromised individuals. It holds potential to be used as an antimicrobial agent and as a model for uncovering basic phage biology. Although previous low-resolution structural studies have indicated that jumbo phages may have more complicated capsid structures than smaller phages such as HK97, the detailed structures and the assembly mechanism of their capsids remain largely unknown. Here, we report a 3.5-Å-resolution cryo-EM structure of the ΦKZ capsid. The structure unveiled ten minor capsid proteins, with some decorating the outer surface of the capsid and the others forming a complex network attached to the capsid's inner surface. This network seems to play roles in driving capsid assembly and capsid stabilization. Similar mechanisms of capsid assembly and stabilization are probably employed by many other jumbo viruses.
履歴
登録2024年2月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
D: gp28
B: gp35
E: gp85
F: gp85
G: gp86
H: gp91
K: gp93
L: gp93
M: gp93
J: gp119
a: gp120
b: gp120
c: gp120
d: gp120
e: gp120
f: gp120
g: gp120
h: gp120
i: gp120
j: gp120
k: gp120
l: gp120
m: gp120
n: gp120
o: gp120
p: gp120
q: gp120
r: gp120
s: gp120
t: gp120
u: gp120
v: gp120
w: gp120
x: gp120
y: gp120
z: gp120
A: gp120
N: gp162
O: gp162
P: gp162
I: gp184
C: gp244


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,785,49842
ポリマ－2,785,49842
非ポリマー00
水00
1
D: gp28
B: gp35
E: gp85
F: gp85
G: gp86
H: gp91
K: gp93
L: gp93
M: gp93
J: gp119
a: gp120
b: gp120
c: gp120
d: gp120
e: gp120
f: gp120
g: gp120
h: gp120
i: gp120
j: gp120
k: gp120
l: gp120
m: gp120
n: gp120
o: gp120
p: gp120
q: gp120
r: gp120
s: gp120
t: gp120
u: gp120
v: gp120
w: gp120
x: gp120
y: gp120
z: gp120
A: gp120
N: gp162
O: gp162
P: gp162
I: gp184
C: gp244
x 60


  • complete icosahedral assembly
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
  • 167 MDa, 2520 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)167,129,8912520
ポリマ－167,129,8912520
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
D: gp28
B: gp35
E: gp85
F: gp85
G: gp86
H: gp91
K: gp93
L: gp93
M: gp93
J: gp119
a: gp120
b: gp120
c: gp120
d: gp120
e: gp120
f: gp120
g: gp120
h: gp120
i: gp120
j: gp120
k: gp120
l: gp120
m: gp120
n: gp120
o: gp120
p: gp120
q: gp120
r: gp120
s: gp120
t: gp120
u: gp120
v: gp120
w: gp120
x: gp120
y: gp120
z: gp120
A: gp120
N: gp162
O: gp162
P: gp162
I: gp184
C: gp244
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 13.9 MDa, 210 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,927,491210
ポリマ－13,927,491210
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
D: gp28
B: gp35
E: gp85
F: gp85
G: gp86
H: gp91
K: gp93
L: gp93
M: gp93
J: gp119
a: gp120
b: gp120
c: gp120
d: gp120
e: gp120
f: gp120
g: gp120
h: gp120
i: gp120
j: gp120
k: gp120
l: gp120
m: gp120
n: gp120
o: gp120
p: gp120
q: gp120
r: gp120
s: gp120
t: gp120
u: gp120
v: gp120
w: gp120
x: gp120
y: gp120
z: gp120
A: gp120
N: gp162
O: gp162
P: gp162
I: gp184
C: gp244
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 16.7 MDa, 252 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,712,989252
ポリマ－16,712,989252
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1

-
要素

-
タンパク質 , 11種, 42分子 DBEFGHKLMJabcdefghijklmnopqrst...

#1: タンパク質 gp28


分子量: 36511.871 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Phikzvirus phiKZ (ウイルス)
#2: タンパク質 gp35


分子量: 29713.783 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Phikzvirus phiKZ (ウイルス)
#3: タンパク質 gp85


分子量: 16438.799 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Phikzvirus phiKZ (ウイルス)
#4: タンパク質 gp86


分子量: 48893.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Phikzvirus phiKZ (ウイルス)
#5: タンパク質 gp91


分子量: 20817.568 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Phikzvirus phiKZ (ウイルス)
#6: タンパク質 gp93


分子量: 47656.105 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Phikzvirus phiKZ (ウイルス)
#7: タンパク質 gp119


分子量: 20253.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Phikzvirus phiKZ (ウイルス)
#8: タンパク質 ...
gp120


分子量: 83022.883 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Phikzvirus phiKZ (ウイルス)
#9: タンパク質 gp162


分子量: 57705.137 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Phikzvirus phiKZ (ウイルス)
#10: タンパク質 gp184


分子量: 25300.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Phikzvirus phiKZ (ウイルス)
#11: タンパク質 gp244


分子量: 13427.183 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Phikzvirus phiKZ (ウイルス)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Phikzvirus phiKZ / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Phikzvirus phiKZ (ウイルス)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Pseudomonas aeruginosa
ウイルス殻三角数 (T数): 27
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: EMS Lacey Carbon
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 64000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 30 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 903900 / 対称性のタイプ: POINT

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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