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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8y6v | |||||||||||||||
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タイトル | Near-atomic structure of icosahedrally averaged jumbo bacteriophage PhiKZ capsid | |||||||||||||||
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![]() | VIRUS / phiKZ / capsid protein / viral assembly / Pseudomonas aeruginosa / jumbo phage | |||||||||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | |||||||||||||||
![]() | Yang, Y. / Shao, Q. / Guo, M. / Han, L. / Zhao, X. / Wang, A. / Li, X. / Wang, B. / Pan, J. / Chen, Z. ...Yang, Y. / Shao, Q. / Guo, M. / Han, L. / Zhao, X. / Wang, A. / Li, X. / Wang, B. / Pan, J. / Chen, Z. / Fokine, A. / Sun, L. / Fang, Q. | |||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Capsid structure of bacteriophage ΦKZ provides insights into assembly and stabilization of jumbo phages. 著者: Yashan Yang / Qianqian Shao / Mingcheng Guo / Lin Han / Xinyue Zhao / Aohan Wang / Xiangyun Li / Bo Wang / Ji-An Pan / Zhenguo Chen / Andrei Fokine / Lei Sun / Qianglin Fang / ![]() ![]() 要旨: Jumbo phages are a group of tailed bacteriophages with large genomes and capsids. As a prototype of jumbo phage, ΦKZ infects Pseudomonas aeruginosa, a multi-drug-resistant (MDR) opportunistic ...Jumbo phages are a group of tailed bacteriophages with large genomes and capsids. As a prototype of jumbo phage, ΦKZ infects Pseudomonas aeruginosa, a multi-drug-resistant (MDR) opportunistic pathogen leading to acute or chronic infection in immunocompromised individuals. It holds potential to be used as an antimicrobial agent and as a model for uncovering basic phage biology. Although previous low-resolution structural studies have indicated that jumbo phages may have more complicated capsid structures than smaller phages such as HK97, the detailed structures and the assembly mechanism of their capsids remain largely unknown. Here, we report a 3.5-Å-resolution cryo-EM structure of the ΦKZ capsid. The structure unveiled ten minor capsid proteins, with some decorating the outer surface of the capsid and the others forming a complex network attached to the capsid's inner surface. This network seems to play roles in driving capsid assembly and capsid stabilization. Similar mechanisms of capsid assembly and stabilization are probably employed by many other jumbo viruses. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 2.9 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 39002 ![]() 38845 ![]() 38846 ![]() 38848 C: 同じ文献を引用 ( M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
| x 60
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3 | ![]()
| x 5
4 | ![]()
| x 6
5 | ![]()
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要素
-タンパク質 , 11種, 42分子 DBEFGHKLMJabcdefghijklmnopqrst...
#1: タンパク質 | 分子量: 36511.871 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() | ||||||||||||||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 29713.783 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() | ||||||||||||||||
#3: タンパク質 | 分子量: 16438.799 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #4: タンパク質 | | 分子量: 48893.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #5: タンパク質 | | 分子量: 20817.568 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #6: タンパク質 | 分子量: 47656.105 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #7: タンパク質 | | 分子量: 20253.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #8: タンパク質 | 分子量: 83022.883 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #9: タンパク質 | 分子量: 57705.137 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #10: タンパク質 | | 分子量: 25300.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() #11: タンパク質 | | 分子量: 13427.183 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Phikzvirus phiKZ / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION |
天然宿主 | 生物種: Pseudomonas aeruginosa |
ウイルス殻 | 三角数 (T数): 27 |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: EMS Lacey Carbon |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 64000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 30 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 903900 / 対称性のタイプ: POINT |