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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8y3u | ||||||
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タイトル | Ebola virus glycoprotein in complex with a broadly neutralizing antibody 2G1 | ||||||
要素 |
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キーワード | ANTIVIRAL PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | Filoviruses glycoprotein, extracellular domain / Filoviruses glycoprotein / Filovirus glycoprotein / extracellular region / membrane / SGP / Virion spike glycoprotein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Ebola virus (エボラウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.98 Å | ||||||
データ登録者 | Fan, P.F. / Yu, C.M. / Chen, W. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Ebola virus glycoprotein in complex with a broadly neutralizing antibody 2G1 著者: Fan, P.F. / Yu, C.M. / Chen, W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8y3u.cif.gz | 284 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8y3u.ent.gz | 230.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8y3u.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8y3u_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8y3u_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8y3u_validation.xml.gz | 58.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8y3u_validation.cif.gz | 87.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y3/8y3u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y3/8y3u | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 38899MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: 抗体 | 分子量: 13535.075 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #2: 抗体 | 分子量: 11342.541 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #3: タンパク質 | 分子量: 10883.393 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ebola virus (エボラウイルス) / 遺伝子: GP / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A1C4HDV6 #4: タンパク質 | 分子量: 16984.287 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ebola virus (エボラウイルス) / 遺伝子: GP / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A1C4HDL5 #5: 多糖 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: 137 mM NaCl, 2.7mM KCl, 10 mM Na2HPO4, 2 mM KH2PO4 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 実像数: 8926 |
-解析
EMソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / カテゴリ: モデル精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.98 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 326558 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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