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- PDB-8y3k: Cryo-EM structure of dengue virus serotype 2 strain D2Y98P-PP1 in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8y3k
タイトルCryo-EM structure of dengue virus serotype 2 strain D2Y98P-PP1 in complex with human antibody 2D22 Fab at 37 deg C
要素
  • Envelope protein
  • Human antibody 2D22 Fab (heavy chain)
  • Human antibody 2D22 Fab (light chain)
  • Membrane polyprotein
キーワードVIRUS/IMMUNE SYSTEM / dengue virus / human antibody / dengue-antibody structure / virus / VIRUS-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


viral capsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / protein dimerization activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell nucleus / virion membrane ...viral capsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / protein dimerization activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell nucleus / virion membrane / structural molecule activity / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Flavivirus capsid protein C superfamily / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily ...Flavivirus capsid protein C superfamily / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / Immunoglobulin E-set
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種dengue virus type 2 (デング熱ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Fibriansah, G. / Ng, T.S. / Lim, X.N. / Tan, A.W.K. / Shi, J. / Lok, S.M.
資金援助 シンガポール, 1件
組織認可番号国
Other governmentMOH-OFIRG18may-0007 シンガポール
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Role of N-glycosylation at asparagine 153 of dengue envelope protein in immune response
著者: Fibriansah, G. / Ng, T.S. / Lim, X.N. / Tan, A.W.K. / Shi, J. / Crowe, J.E. / Lok, S.M.
履歴
登録2024年1月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02025年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Envelope protein
B: Membrane polyprotein
C: Envelope protein
D: Membrane polyprotein
E: Envelope protein
F: Membrane polyprotein
G: Human antibody 2D22 Fab (heavy chain)
H: Human antibody 2D22 Fab (light chain)
I: Human antibody 2D22 Fab (heavy chain)
J: Human antibody 2D22 Fab (light chain)
K: Human antibody 2D22 Fab (heavy chain)
L: Human antibody 2D22 Fab (light chain)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)266,36515
ポリマ－265,70212
非ポリマー6643
水00
1
A: Envelope protein
B: Membrane polyprotein
C: Envelope protein
D: Membrane polyprotein
E: Envelope protein
F: Membrane polyprotein
G: Human antibody 2D22 Fab (heavy chain)
H: Human antibody 2D22 Fab (light chain)
I: Human antibody 2D22 Fab (heavy chain)
J: Human antibody 2D22 Fab (light chain)
K: Human antibody 2D22 Fab (heavy chain)
L: Human antibody 2D22 Fab (light chain)
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,981,910900
ポリマ－15,942,093720
非ポリマー39,817180
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Envelope protein
B: Membrane polyprotein
C: Envelope protein
D: Membrane polyprotein
E: Envelope protein
F: Membrane polyprotein
G: Human antibody 2D22 Fab (heavy chain)
H: Human antibody 2D22 Fab (light chain)
I: Human antibody 2D22 Fab (heavy chain)
J: Human antibody 2D22 Fab (light chain)
K: Human antibody 2D22 Fab (heavy chain)
L: Human antibody 2D22 Fab (light chain)
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 1.33 MDa, 60 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,331,82675
ポリマ－1,328,50860
非ポリマー3,31815
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: Envelope protein
B: Membrane polyprotein
C: Envelope protein
D: Membrane polyprotein
E: Envelope protein
F: Membrane polyprotein
G: Human antibody 2D22 Fab (heavy chain)
H: Human antibody 2D22 Fab (light chain)
I: Human antibody 2D22 Fab (heavy chain)
J: Human antibody 2D22 Fab (light chain)
K: Human antibody 2D22 Fab (heavy chain)
L: Human antibody 2D22 Fab (light chain)
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 1.6 MDa, 72 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,598,19190
ポリマ－1,594,20972
非ポリマー3,98218
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

#1: タンパク質 Envelope protein / Genome polyprotein


分子量: 54286.605 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) dengue virus type 2 (デング熱ウイルス)
株: D2Y98P / 遺伝子: E / 発現宿主: Aedes albopictus (ヒトスジシマカ) / 参照: UniProt: A0A678XB23
#2: タンパク質 Membrane polyprotein / Genome polyprotein


分子量: 8384.814 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) dengue virus type 2 (デング熱ウイルス)
株: D2Y98P / 発現宿主: Aedes albopictus (ヒトスジシマカ) / 参照: UniProt: A4GVG9
#3: 抗体 Human antibody 2D22 Fab (heavy chain)


分子量: 13805.458 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell (発現宿主): Expi293F / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体 Human antibody 2D22 Fab (light chain)


分子量: 12090.306 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell (発現宿主): Expi293F / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Dengue virus serotype 2 strain D2Y98P-PP1 in complex with human antibody 2D22 Fab at 37 deg CCOMPLEX#1-#40RECOMBINANT
2Dengue serotype 2 strain D2Y98P-PP1COMPLEX#1-#21RECOMBINANT
3Human antibody 2D22 Fab (heavy and light chains)COMPLEX#3-#41RECOMBINANT
分子量
IDEntity assembly-ID実験値
11NO
42
53
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22dengue virus type 2 (デング熱ウイルス)11060
43Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID細胞
22Aedes albopictus (ヒトスジシマカ)7160
33Homo sapiens (ヒト)9606EXPI293F
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: YES / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
緩衝液pH: 8
詳細: NTE buffer (12 mM Tris-HCl pH 8.0, 120 mM NaCl and 1 mM EDTA)
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: The purified virus was mixed with human antibody 2D22 Fab at a molar ratio of 1.5 Fab for every E-protein and the mixture was incubated at 4 deg C for 30 min, and then at 37 deg C for 30 min.
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 4400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 25.69 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
2SerialEM画像取得
7Cootモデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
11RELION最終オイラー角割当
13RELION３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 123807 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 4UIF

4uif


Accession code: 4UIF / Source name: PDB / タイプ: experimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00518806
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.51725479
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.0672589
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0432883
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0043223

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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