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- EMDB-38885: Cryo-EM structure of dengue virus serotype 2 strain D2Y98P-PP1 in... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-38885
タイトルCryo-EM structure of dengue virus serotype 2 strain D2Y98P-PP1 in complex with human antibody 2D22 Fab at 37 deg C
マップデータ
試料
  • 複合体: Dengue virus serotype 2 strain D2Y98P-PP1 in complex with human antibody 2D22 Fab at 37 deg C
    • 複合体: Dengue serotype 2 strain D2Y98P-PP1
      • タンパク質・ペプチド: Envelope protein
      • タンパク質・ペプチド: Membrane polyprotein
    • 複合体: Human antibody 2D22 Fab (heavy and light chains)
      • タンパク質・ペプチド: Human antibody 2D22 Fab (heavy chain)
      • タンパク質・ペプチド: Human antibody 2D22 Fab (light chain)
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードdengue virus / human antibody / dengue-antibody structure / virus / VIRUS-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


viral capsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / protein dimerization activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell nucleus / virion membrane ...viral capsid / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / protein dimerization activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell nucleus / virion membrane / structural molecule activity / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Flavivirus capsid protein C superfamily / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily ...Flavivirus capsid protein C superfamily / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / Immunoglobulin E-set
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種dengue virus type 2 (デング熱ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Fibriansah G / Ng TS / Lim XN / Tan AWK / Shi J / Lok SM
資金援助 シンガポール, 1件
OrganizationGrant number国
Other governmentMOH-OFIRG18may-0007 シンガポール
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Role of N-glycosylation at asparagine 153 of dengue envelope protein in immune response
著者: Fibriansah G / Ng TS / Lim XN / Tan AWK / Shi J / Crowe JE / Lok SM
履歴
登録2024年1月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年1月29日-
マップ公開2025年1月29日-
更新2025年1月29日-
現状2025年1月29日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_38885.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_38885.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.33 Å/pix.
x 512 pix.
= 680.448 Å		1.33 Å/pix.
x 512 pix.
= 680.448 Å		1.33 Å/pix.
x 512 pix.
= 680.448 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.329 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.5
最小 - 最大-10.547138 - 20.008811999999999
平均 (標準偏差)-0.000000000607067 (±1.0000001)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-256-256-256
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 680.448 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_38885_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 2

ファイルemd_38885_half_map_1.map
注釈half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 1

ファイルemd_38885_half_map_2.map
注釈half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Dengue virus serotype 2 strain D2Y98P-PP1 in complex with human a...

全体名称: Dengue virus serotype 2 strain D2Y98P-PP1 in complex with human antibody 2D22 Fab at 37 deg C
要素
  • 複合体: Dengue virus serotype 2 strain D2Y98P-PP1 in complex with human antibody 2D22 Fab at 37 deg C
    • 複合体: Dengue serotype 2 strain D2Y98P-PP1
      • タンパク質・ペプチド: Envelope protein
      • タンパク質・ペプチド: Membrane polyprotein
    • 複合体: Human antibody 2D22 Fab (heavy and light chains)
      • タンパク質・ペプチド: Human antibody 2D22 Fab (heavy chain)
      • タンパク質・ペプチド: Human antibody 2D22 Fab (light chain)
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Dengue virus serotype 2 strain D2Y98P-PP1 in complex with human a...

超分子名称: Dengue virus serotype 2 strain D2Y98P-PP1 in complex with human antibody 2D22 Fab at 37 deg C
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4

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超分子 #2: Dengue serotype 2 strain D2Y98P-PP1

超分子名称: Dengue serotype 2 strain D2Y98P-PP1 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: dengue virus type 2 (デング熱ウイルス)

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超分子 #3: Human antibody 2D22 Fab (heavy and light chains)

超分子名称: Human antibody 2D22 Fab (heavy and light chains) / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Envelope protein

分子名称: Envelope protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: dengue virus type 2 (デング熱ウイルス) / 株: D2Y98P
分子量理論値: 54.286605 KDa
組換発現生物種: Aedes albopictus (ヒトスジシマカ)
配列文字列: MRCIGISNRD FVEGVSGGSW VDIVLEHGSC VTTMAKNKPT LDFELIKTEA KHPATLRKYC IEAKLTNTTT ASRCPTQGEP SLNEEQDKR FVCKHSMVDR GWGNGCGLFG KGGIVTCAMF TCKKNMEGKI VQPENLEYTI VITPHSGEEN AVGNDTGKHG K EIKVTPQS ...文字列:
MRCIGISNRD FVEGVSGGSW VDIVLEHGSC VTTMAKNKPT LDFELIKTEA KHPATLRKYC IEAKLTNTTT ASRCPTQGEP SLNEEQDKR FVCKHSMVDR GWGNGCGLFG KGGIVTCAMF TCKKNMEGKI VQPENLEYTI VITPHSGEEN AVGNDTGKHG K EIKVTPQS SITEAELTGY GTVTMECSPR TGLDFNEMVL LQMENKAWLV HRQWFLDLPL PWLPGADTQG SNWIQKETLV TF KNPHAKK QDVVVLGSQE GAMHTALTGA TEIQMSSGNL LFTGHLKCRL RMDKLQLKGM SYSMCTGKFK VVKEIAETQH GTI VIRVQY EGDGSPCKIP FEIMDLEKRH VLGRLITVNP IVTEKDSPVN IEAEPPFGDS YIIIGVEPGQ LKLSWFKKGS SIGQ MFETT MRGAKRMAIL GDTAWDFGSL GGVFTSIGKA LHQVFGAIYG AAFSGVSWTM KILIGVVITW IGMNSRSTSL SVSLV LVGV VTLYLGVMVQ A

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #2: Membrane polyprotein

分子名称: Membrane polyprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: dengue virus type 2 (デング熱ウイルス) / 株: D2Y98P
分子量理論値: 8.384814 KDa
組換発現生物種: Aedes albopictus (ヒトスジシマカ)
配列文字列:
SVALVPHVGM GLETRTETWM SSEGAWKHAQ RIETWVLRHP GFTIMAAILA YTIGTTYFQR VLIFILLTAV APSMT

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #3: Human antibody 2D22 Fab (heavy chain)

分子名称: Human antibody 2D22 Fab (heavy chain) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.805458 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
EVQLVESGAE VKKPGSSVKV SCKASGGTFN NYAISWVRQA PGQGLEWMGG IIPIFGGANY AQKFQGRVTI TADRSTSTVY MELSGLRSE DTAVYYCARR PQSIFDWNFD LWGRGTLVTV SSAGTKGPS

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分子 #4: Human antibody 2D22 Fab (light chain)

分子名称: Human antibody 2D22 Fab (light chain) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 12.090306 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
QSVLTQPPSA SGTPGQRVTI SCSGSSSNVG SNYVYWYQQL PGTAPKLLIY RNNRRPSGVP DRFSGSKSGT SASLAISGLR SEDEADYYC ATWDDSLSGL VFGGGTKLTV LGQPKA

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分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 3 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
詳細: NTE buffer (12 mM Tris-HCl pH 8.0, 120 mM NaCl and 1 mM EDTA)
凍結凍結剤: ETHANE
詳細The purified virus was mixed with human antibody 2D22 Fab at a molar ratio of 1.5 Fab for every E-protein and the mixture was incubated at 4 deg C for 30 min, and then at 37 deg C for 30 min.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 25.69 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

2485

最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 123807
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

4uif


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-8y3k:
Cryo-EM structure of dengue virus serotype 2 strain D2Y98P-PP1 in complex with human antibody 2D22 Fab at 37 deg C

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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