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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8xol | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of human ABCC4 with ANP bound in NBD1 | ||||||
![]() | ATP-binding cassette sub-family C member 4 | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / ABC transporter MRP | ||||||
機能・相同性 | ![]() guanine nucleotide transmembrane transporter activity / 15-hydroxyprostaglandin dehydrogenase (NAD+) activity / purine nucleotide transmembrane transporter activity / cAMP transport / urate transport / ABC-type bile acid transporter activity / platelet dense granule membrane / leukotriene transport / prostaglandin transport / prostaglandin transmembrane transporter activity ...guanine nucleotide transmembrane transporter activity / 15-hydroxyprostaglandin dehydrogenase (NAD+) activity / purine nucleotide transmembrane transporter activity / cAMP transport / urate transport / ABC-type bile acid transporter activity / platelet dense granule membrane / leukotriene transport / prostaglandin transport / prostaglandin transmembrane transporter activity / glutathione transmembrane transporter activity / ABC-type glutathione-S-conjugate transporter / ABC-type glutathione S-conjugate transporter activity / urate transmembrane transporter activity / platelet degranulation / ATPase-coupled inorganic anion transmembrane transporter activity / external side of apical plasma membrane / xenobiotic transmembrane transport / export across plasma membrane / prostaglandin secretion / ABC-type xenobiotic transporter / Paracetamol ADME / bile acid and bile salt transport / ABC-type xenobiotic transporter activity / トランスロカーゼ; 他の化合物の輸送を触媒; ヌクレオシド三リン酸の加水分解に伴う / Azathioprine ADME / efflux transmembrane transporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / transport across blood-brain barrier / cilium assembly / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / ABC-type transporter activity / xenobiotic metabolic process / ABC-family proteins mediated transport / transmembrane transport / Platelet degranulation / basolateral plasma membrane / apical plasma membrane / nucleolus / Golgi apparatus / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.02 Å | ||||||
![]() | Zhang, P.F. / Liu, Z. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The ATP-bound inward-open conformation of ABCC4 reveals asymmetric ATP binding for substrate transport. 著者: Yue Zhu / Xiaoke Xing / Fuxing Wang / Luojun Chen / Chunhui Zhong / Xiting Lu / Zhanwang Yu / Yongbo Yang / Yi Yao / Qibin Song / Suxia Han / Zheng Liu / Pingfeng Zhang / ![]() 要旨: The multidrug resistance-associated protein (MRP) ABCC4 facilitates substrate transport across the cytoplasmic membrane, crucial for normal physiology and mediating multidrug resistance in tumor ...The multidrug resistance-associated protein (MRP) ABCC4 facilitates substrate transport across the cytoplasmic membrane, crucial for normal physiology and mediating multidrug resistance in tumor cells. Despite intensive studies on MRPs, ABCC4's transport mechanism remains incompletely understood. In this study, we unveiled an inward-open conformation with an ATP bound to degenerate NBD1. Additionally, we captured the structure with both ATP and substrate co-bound in the inward-open state. Our findings uncover the asymmetric ATP binding in ABCC4 and provide insights into substrate binding and transport mechanisms. ATP binding to NBD1 is parallel to substrate binding to ABCC4, and is a prerequisite for ATP-bound NBD2-induced global conformational changes. Our findings shed new light on targeting ABCC4 in combination with anticancer therapy. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 320.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 205.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 45.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 66.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 38533MC ![]() 8xomC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 149693.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: Mammalian expression vector Flag-MCS-pcDNA3.1 (その他) 参照: UniProt: O15439, ABC-type xenobiotic transporter, ABC-type glutathione-S-conjugate transporter | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-ANP / | ||||||
#3: 化合物 | ChemComp-DU0 / #4: 化合物 | ChemComp-PLM / | #5: 化合物 | ChemComp-MG / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: human ABCC4 in complex with ANP-bound in NBD1 / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.1495 MDa / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: Mammalian expression vector Flag-MCS-pcDNA3.1 (その他) |
緩衝液 | pH: 7.5 詳細: 50 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 2 mM DTT, 2 mM MgCl2, 0.005% (w/v) GDN and 0.0005% CHS |
緩衝液成分 | 濃度: 25 mM / 名称: Hepes |
試料 | 濃度: 10 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: The human ABCC4 protein was purified in 0.005% (w/v) GDN and 0.0005% CHS, the peak protein fraction from gel filtration column were concentrated to about 10 mg/ml. |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K 詳細: After incubation on the grids at 277K under 100% humidity for 10 s, the grids were bloted for 3.0 s and then plunged frozen into liquid ethane cooled by liquid nitrogen using a Vitrobot. |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1100 nm |
撮影 | 電子線照射量: 55 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア | 名称: SerialEM / カテゴリ: 画像取得 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 4482384 | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.02 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1223229 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 207.98 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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