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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8xiu | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of a frog VMAT2 in an apo conformation | ||||||
要素 | XlVMAT2 | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / Vesicular monoamine transporter / SLC18A2 / MFS / fold | ||||||
生物種 | Xenopus laevis (アフリカツメガエル) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4 Å | ||||||
データ登録者 | Lyu, Y. / Fu, C. / Ma, H. / Sun, Z. / Su, Z. / Zhou, X. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: Engineering of a mammalian VMAT2 for cryo-EM analysis results in non-canonical protein folding. 著者: Ying Lyu / Chunting Fu / Haiyun Ma / Zhaoming Su / Ziyi Sun / Xiaoming Zhou / 要旨: Vesicular monoamine transporter 2 (VMAT2) belongs to the major facilitator superfamily (MFS), and mediates cytoplasmic monoamine packaging into presynaptic vesicles. Here, we present two cryo-EM ...Vesicular monoamine transporter 2 (VMAT2) belongs to the major facilitator superfamily (MFS), and mediates cytoplasmic monoamine packaging into presynaptic vesicles. Here, we present two cryo-EM structures of VMAT2, with a frog VMAT2 adopting a canonical MFS fold and an engineered sheep VMAT2 adopting a non-canonical fold. Both VMAT2 proteins mediate uptake of a selective fluorescent VMAT2 substrate into cells. Molecular docking, substrate binding and transport analysis reveal potential substrate binding mechanism in VMAT2. Meanwhile, caution is advised when interpreting engineered membrane protein structures. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8xiu.cif.gz | 71.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8xiu.ent.gz | 50.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8xiu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8xiu_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8xiu_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8xiu_validation.xml.gz | 26.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8xiu_validation.cif.gz | 36.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xi/8xiu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xi/8xiu | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 55624.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル) 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: XlVMAT2 WT / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル) |
由来(組換発現) | 生物種: Komagataella pastoris (菌類) |
緩衝液 | pH: 6 / 詳細: 150 mm NaCl, 20 mM MES-Na pH 6.0, 0.4 mM DDM |
試料 | 濃度: 8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: This sample was monodisperse. |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: blot for 3 s before plunging |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1600 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 900 nm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 107961 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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