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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8x80 | ||||||
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タイトル | Structure of leptin-LepR trimer with a small gap | ||||||
要素 |
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キーワード | CYTOKINE / cytokine receptor / hexamer | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 leptin receptor activity / regulation of transport / bone growth / leptin-mediated signaling pathway / regulation of bone remodeling / response to leptin / regulation of feeding behavior / sexual reproduction / multicellular organism development / energy reserve metabolic process ...leptin receptor activity / regulation of transport / bone growth / leptin-mediated signaling pathway / regulation of bone remodeling / response to leptin / regulation of feeding behavior / sexual reproduction / multicellular organism development / energy reserve metabolic process / Signaling by Leptin / cytokine receptor activity / glycogen metabolic process / cytokine binding / transport across blood-brain barrier / T cell differentiation / glial cell proliferation / negative regulation of gluconeogenesis / phagocytosis / energy homeostasis / cholesterol metabolic process / negative regulation of autophagy / gluconeogenesis / cytokine-mediated signaling pathway / transmembrane signaling receptor activity / positive regulation of cold-induced thermogenesis / glucose homeostasis / basolateral plasma membrane / angiogenesis / receptor complex / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of protein phosphorylation / external side of plasma membrane / extracellular region / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.88 Å | ||||||
データ登録者 | Xie, Y.F. / Gao, G.F. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Hlife / 年: 2023 タイトル: Structural plasticity of human leptin binding to its receptor LepR 著者: Xie, Y.F. / Li, X. / Qi, J. / Shang, G. / Lu, D. / Gao, G.F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8x80.cif.gz | 485.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8x80.ent.gz | 398.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8x80.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8x80_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8x80_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8x80_validation.xml.gz | 91.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8x80_validation.cif.gz | 132.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x8/8x80 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x8/8x80 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 38131MC 8x81C 8x85C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 94933.570 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LEPR, DB, OBR / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P48357 #2: タンパク質 | 分子量: 18656.500 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LEP / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P41159 #3: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #4: 多糖 | #5: 糖 | ChemComp-NAG / 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Leptin-LepR complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 3.88 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 103388 / 対称性のタイプ: POINT |