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万見
- PDB-8x6g: Cryo-EM structure of Staphylococcus aureus sigB-dependent RNAP-pr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8x6g
タイトルCryo-EM structure of Staphylococcus aureus sigB-dependent RNAP-promoter open complex
要素
  • (DNA (70-mer)) x 2
  • (DNA-directed RNA polymerase subunit ...) x 5
  • Probable DNA-directed RNA polymerase subunit delta
  • RNA polymerase sigma factor
キーワードTRANSCRIPTION / RNA polymerase / Staphylococcus aureus / sigB
機能・相同性
機能・相同性情報


sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding ...sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RNA polymerase sigma-B factor / RNA polymerase sigma-B/F/G type / RNA polymerase epsilon subunit / RNA polymerase epsilon subunit / DNA-directed RNA polymerase subunit delta / DNA-directed RNA polymerase subunit delta, N-terminal domain superfamily / ASXL, HARE-HTH domain / HB1, ASXL, restriction endonuclease HTH domain / HARE-type HTH domain profile. / Sigma-70 factors family signature 1. ...RNA polymerase sigma-B factor / RNA polymerase sigma-B/F/G type / RNA polymerase epsilon subunit / RNA polymerase epsilon subunit / DNA-directed RNA polymerase subunit delta / DNA-directed RNA polymerase subunit delta, N-terminal domain superfamily / ASXL, HARE-HTH domain / HB1, ASXL, restriction endonuclease HTH domain / HARE-type HTH domain profile. / Sigma-70 factors family signature 1. / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. / RNA polymerase sigma-70 / RNA polymerase sigma-70 region 4 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / RNA polymerase sigma factor / Probable DNA-directed RNA polymerase subunit delta / DNA-directed RNA polymerase subunit epsilon / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerase subunit omega
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Yuan, L. / Xu, L. / Liu, Q. / Feng, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structural basis of promoter recognition by Staphylococcus aureus RNA polymerase.
著者: Linggang Yuan / Qingyang Liu / Liqiao Xu / Bing Wu / Yu Feng /
要旨: Bacterial RNAP needs to form holoenzyme with σ factors to initiate transcription. While Staphylococcus aureus σ controls housekeeping functions, S. aureus σ regulates virulence, biofilm formation, ...Bacterial RNAP needs to form holoenzyme with σ factors to initiate transcription. While Staphylococcus aureus σ controls housekeeping functions, S. aureus σ regulates virulence, biofilm formation, persistence, cell internalization, membrane transport, and antimicrobial resistance. Besides the sequence difference, the spacers between the -35 element and -10 element of σ regulated promoters are shorter than those of σ regulated promoters. Therefore, how σ recognizes and initiates transcription from target promoters can not be inferred from that of the well studied σ. Here, we report the cryo-EM structures of S. aureus RNAP-promoter open complexes comprising σ and σ, respectively. Structural analyses, in combination with biochemical experiments, reveal the structural basis for the promoter specificity of S. aureus transcription. Although the -10 element of σ regulated promoters is recognized by domain σ as single-stranded DNA, the -10 element of σ regulated promoters is co-recognized by domains σ and σ as double-stranded DNA, accounting for the short spacers of σ regulated promoters. S. aureus RNAP is a validated target of antibiotics, and our structures pave the way for rational drug design targeting S. aureus RNAP.
履歴
登録2023年11月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
B: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
C: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
D: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
E: Probable DNA-directed RNA polymerase subunit delta
F: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
G: DNA-directed RNA polymerase subunit epsilon
H: RNA polymerase sigma factor
T: DNA (70-mer)
N: DNA (70-mer)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)449,50610
ポリマ－449,50610
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 5種, 6分子 ABCDFG

#1: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha


分子量: 35052.656 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: rpoA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0D1GTM7
#2: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta


分子量: 133381.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: rpoB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: W8UT31
#3: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta'


分子量: 135594.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: rpoC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2C6P019
#5: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit omega


分子量: 8161.236 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: rpoZ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: W8UYF2
#6: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit epsilon


分子量: 8764.739 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: rnpZA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A7I0YN47

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タンパク質 , 2種, 2分子 EH

#4: タンパク質 Probable DNA-directed RNA polymerase subunit delta


分子量: 20893.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: rpoE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A7I0YLU8
#7: タンパク質 RNA polymerase sigma factor


分子量: 29474.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: sigB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A390QYZ6

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DNA鎖 , 2種, 2分子 TN

#8: DNA鎖 DNA (70-mer) / template strand DNA


分子量: 21360.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
#9: DNA鎖 DNA (70-mer)


分子量: 21771.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: sigB-dependent RNAP-promoter open complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 51 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 95089 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00327891
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.5538020
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d16.2864334
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0424288
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0054687

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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