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- PDB-8wzx: Cryo-EM structure of the hamster prion 23-144 fibril at pH 3.7 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8wzx
タイトルCryo-EM structure of the hamster prion 23-144 fibril at pH 3.7
要素Major prion protein
キーワードPROTEIN FIBRIL / prion / 23-144 / hamster / PrP
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of glutamate receptor signaling pathway / regulation of calcium ion import across plasma membrane / aspartic-type endopeptidase inhibitor activity / negative regulation of dendritic spine maintenance / glycosaminoglycan binding / negative regulation of interleukin-17 production / type 5 metabotropic glutamate receptor binding / cupric ion binding / regulation of potassium ion transmembrane transport / negative regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade ...regulation of glutamate receptor signaling pathway / regulation of calcium ion import across plasma membrane / aspartic-type endopeptidase inhibitor activity / negative regulation of dendritic spine maintenance / glycosaminoglycan binding / negative regulation of interleukin-17 production / type 5 metabotropic glutamate receptor binding / cupric ion binding / regulation of potassium ion transmembrane transport / negative regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / negative regulation of T cell receptor signaling pathway / negative regulation of interleukin-2 production / negative regulation of amyloid-beta formation / negative regulation of activated T cell proliferation / cuprous ion binding / negative regulation of type II interferon production / positive regulation of protein targeting to membrane / side of membrane / inclusion body / cellular response to copper ion / neuron projection maintenance / negative regulation of protein phosphorylation / molecular function activator activity / positive regulation of protein localization to plasma membrane / molecular condensate scaffold activity / protein destabilization / protein homooligomerization / terminal bouton / positive regulation of neuron apoptotic process / cellular response to amyloid-beta / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / cellular response to xenobiotic stimulus / presynapse / signaling receptor activity / amyloid-beta binding / microtubule binding / protease binding / nuclear membrane / response to oxidative stress / amyloid fibril formation / learning or memory / regulation of cell cycle / membrane raft / copper ion binding / dendrite / protein-containing complex binding / negative regulation of apoptotic process / Golgi apparatus / cell surface / endoplasmic reticulum / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Major prion protein N-terminal domain / Major prion protein bPrPp - N terminal / Prion protein signature 1. / Prion protein signature 2. / Prion protein / Major prion protein / Prion/Doppel protein, beta-ribbon domain / Prion/Doppel beta-ribbon domain superfamily / Prion/Doppel alpha-helical domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Major prion protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mesocricetus auratus (ネズミ)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.88 Å
データ登録者Lee, C.-H. / Saw, J.-E. / Chen, E. / Wang, C.-H. / Chen, R.
資金援助 台湾, 3件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan)MOST 107-2113-M-001-033 台湾
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan)MOST 108-2113-M-001-003 台湾
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan)MOST 109-2113-M-001-001 台湾
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2024
タイトル: The Positively Charged Cluster in the N-terminal Disordered Region may Affect Prion Protein Misfolding: Cryo-EM Structure of Hamster PrP(23-144) Fibrils.
著者: Chih-Hsuan Lee / Jing-Ee Saw / Eric H-L Chen / Chun-Hsiung Wang / Takayuki Uchihashi / Rita P-Y Chen /
要旨: Prions, the misfolding form of prion proteins, are contagious proteinaceous macromolecules. Recent studies have shown that infectious prion fibrils formed in the brain and non-infectious fibrils ...Prions, the misfolding form of prion proteins, are contagious proteinaceous macromolecules. Recent studies have shown that infectious prion fibrils formed in the brain and non-infectious fibrils formed from recombinant prion protein in a partially denaturing condition have distinct structures. The amyloid core of the in vitro-prepared non-infectious fibrils starts at about residue 160, while that of infectious prion fibrils formed in the brain involves a longer sequence (residues ∼90-230) of structural conversion. The C-terminal truncated prion protein PrP(23-144) can form infectious fibrils under certain conditions and cause disease in animals. In this study, we used cryogenic electron microscopy (cryo-EM) to resolve the structure of hamster sHaPrP(23-144) fibrils prepared at pH 3.7. This 2.88 Å cryo-EM structure has an amyloid core covering residues 94-144. It comprises two protofilaments, each containing five β-strands arranged as a long hairpin plus an N-terminal β-strand. This N-terminal β-strand resides in a positively charged cluster region (named PCC2; sequence 96-111), which interacts with the turn region of the opposite protofilaments' hairpin to stabilize the fibril structure. Interestingly, this sHaPrP(23-144) fibril structure differs from a recently reported structure formed by the human or mouse counterpart at pH 6.5. Moreover, sHaPrP(23-144) fibrils have many structural features in common with infectious prions. Whether this structure is infectious remains to be determined. More importantly, the sHaPrP(23-144) structure is different from the sHaPrP(108-144) fibrils prepared in the same fibrillization buffer, indicating that the N-terminal disordered region, possibly the positively charged cluster, influences the misfolding pathway of the prion protein.
履歴
登録2023年11月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Major prion protein
B: Major prion protein
C: Major prion protein
D: Major prion protein
E: Major prion protein
F: Major prion protein
G: Major prion protein
H: Major prion protein
I: Major prion protein
J: Major prion protein
K: Major prion protein
L: Major prion protein
M: Major prion protein
N: Major prion protein
O: Major prion protein
P: Major prion protein
Q: Major prion protein
R: Major prion protein
S: Major prion protein
T: Major prion protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)247,53320
ポリマ－247,53320
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質
Major prion protein


分子量: 12376.642 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mesocricetus auratus (ネズミ) / 遺伝子: PRNP / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P04273

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: hamster prion 23-144 fibril / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Mesocricetus auratus (ネズミ)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
緩衝液pH: 3.7 / 詳細: 20 mM NaOAc, 140 mM NaCl
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1400 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
2EPU画像取得
4CTFFINDCTF補正
7Cootモデルフィッティング
12RELION３次元再構成
13PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
らせん対称
IDImage processing-ID回転角度/サブユニット (°)軸方向距離/サブユニット (Å)らせん対称軸の対称性
11179.2172.38C1
21179.2172.38C1
3次元再構成解像度: 2.88 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 288368 / 対称性のタイプ: HELICAL
原子モデル構築B value: 101.7 / プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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