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- PDB-8wu1: Cryo-EM structure of CB1-beta-arrestin1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8wu1
タイトルCryo-EM structure of CB1-beta-arrestin1 complex
要素
  • Beta-arrestin-1
  • Cannabinoid receptor 1,Vasopressin V2 receptor
  • Fab30 heavy chain
  • Fab30 light chain
キーワードMEMBRANE PROTEIN / cannabinoid receptor / arrestin / biased signal / class A GPCR
機能・相同性
機能・相同性情報


renal water retention / Defective AVP does not bind AVPR2 and causes neurohypophyseal diabetes insipidus (NDI) / MAP2K and MAPK activation / Vasopressin-like receptors / cannabinoid signaling pathway / regulation of penile erection / retrograde trans-synaptic signaling by endocannabinoid / regulation of systemic arterial blood pressure by vasopressin / vasopressin receptor activity / Activation of SMO ...renal water retention / Defective AVP does not bind AVPR2 and causes neurohypophyseal diabetes insipidus (NDI) / MAP2K and MAPK activation / Vasopressin-like receptors / cannabinoid signaling pathway / regulation of penile erection / retrograde trans-synaptic signaling by endocannabinoid / regulation of systemic arterial blood pressure by vasopressin / vasopressin receptor activity / Activation of SMO / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / cannabinoid receptor activity / Lysosome Vesicle Biogenesis / negative regulation of mast cell activation / trans-synaptic signaling by endocannabinoid, modulating synaptic transmission / AP-2 adaptor complex binding / negative regulation of fatty acid beta-oxidation / clathrin heavy chain binding / negative regulation of dopamine secretion / Ub-specific processing proteases / positive regulation of acute inflammatory response to antigenic stimulus / regulation of feeding behavior / clathrin coat of coated pit / negative regulation of serotonin secretion / hemostasis / regulation of presynaptic cytosolic calcium ion concentration / desensitization of G protein-coupled receptor signaling pathway / telencephalon development / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / negative regulation of action potential / positive regulation of systemic arterial blood pressure / inositol hexakisphosphate binding / Class A/1 (Rhodopsin-like receptors) / Clathrin-mediated endocytosis / clathrin-dependent endocytosis / positive regulation of blood pressure / positive regulation of fever generation / regulation of metabolic process / G protein-coupled receptor internalization / acetylcholine receptor binding / axonal fasciculation / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / G alpha (s) signalling events / positive regulation of intracellular signal transduction / regulation of synaptic transmission, GABAergic / clathrin binding / negative regulation of Notch signaling pathway / pseudopodium / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / regulation of insulin secretion / positive regulation of receptor internalization / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / endocytic vesicle / GABA-ergic synapse / small molecule binding / maternal process involved in female pregnancy / positive regulation of vasoconstriction / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / cellular response to hormone stimulus / activation of adenylate cyclase activity / visual perception / negative regulation of blood pressure / response to nutrient / response to cocaine / response to cytokine / G protein-coupled receptor binding / G protein-coupled receptor activity / peptide binding / response to nicotine / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / receptor internalization / memory / positive regulation of neuron projection development / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / protein transport / actin cytoskeleton / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / glucose homeostasis / Clathrin-mediated endocytosis / presynaptic membrane / growth cone / G alpha (i) signalling events / cytoplasmic vesicle / ubiquitin-dependent protein catabolic process / G alpha (s) signalling events / spermatogenesis / response to ethanol / mitochondrial outer membrane / response to lipopolysaccharide / molecular adaptor activity / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / endosome / positive regulation of protein phosphorylation / positive regulation of apoptotic process / G protein-coupled receptor signaling pathway / membrane raft / negative regulation of cell population proliferation / glutamatergic synapse
類似検索 - 分子機能
Vasopressin V2 receptor / Vasopressin receptor / Cannabinoid receptor type 1 / Cannabinoid receptor family / Arrestin, conserved site / Arrestins signature. / Arrestin / Arrestin, N-terminal / Arrestin-like, N-terminal / Arrestin C-terminal-like domain ...Vasopressin V2 receptor / Vasopressin receptor / Cannabinoid receptor type 1 / Cannabinoid receptor family / Arrestin, conserved site / Arrestins signature. / Arrestin / Arrestin, N-terminal / Arrestin-like, N-terminal / Arrestin C-terminal-like domain / Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain / Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain / Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain / Arrestin-like, C-terminal / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Immunoglobulin E-set
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-KCA / Beta-arrestin-1 / Cannabinoid receptor 1 / Vasopressin V2 receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Liao, Y. / Zhang, H. / Shen, Q. / Cai, C.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Cryo-EM structure of CB1-beta-arrestin1 complex
著者: Liao, Y. / Zhang, H. / Shen, Q. / Cai, C.
履歴
登録2023年10月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Beta-arrestin-1
H: Fab30 heavy chain
L: Fab30 light chain
R: Cannabinoid receptor 1,Vasopressin V2 receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,9285
ポリマ－143,5314
非ポリマー3971
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Beta-arrestin-1


分子量: 44135.273 Da / 分子数: 1 / 変異: R169E, I386A, V387A, F388A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: ARRB1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P17870
#2: 抗体 Fab30 heavy chain


分子量: 25650.502 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#3: 抗体 Fab30 light chain


分子量: 23435.064 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#4: タンパク質 Cannabinoid receptor 1,Vasopressin V2 receptor


分子量: 50310.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CNR1, AVPR2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P21554, UniProt: P30518
#5: 化合物 ChemComp-KCA / methyl N-{1-[(4-fluorophenyl)methyl]-1H-indazole-3-carbonyl}-3-methyl-L-valinate


分子量: 397.443 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H24FN3O3 / コメント: アゴニスト*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Cryo-EM structure of human cannabinoid receptor 1 with effector protein
タイプ: COMPLEX
詳細: MDMB-Fubinaca, cannabinoid receptor 1, arrestin2, Fab30
Entity ID: #1-#4 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
11Bos taurus (ウシ)9913
21Homo sapiens (ヒト)9606
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
11Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)7108
21Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)469008
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 5000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影電子線照射量: 52 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 110196 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0047437
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.85810216
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.1874360
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0411245
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0041267

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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