PDB-8wql: In situ PBS-PSII supercomplex from cyanobacterial Spirulina platensis

基本情報

• 登録情報: データベース: PDB / ID: 8wql
• タイトル: In situ PBS-PSII supercomplex from cyanobacterial Spirulina platensis

要素

• (Allophycocyanin ...) x 3
• (Cytochrome b559 subunit ...) x 2
• (Photosystem II ...) x 17
• Allophycocyanin-B alpha subunit
• C-phycocyanin alpha subunit
• LCM
• LPP1
• LPP2
• LRC1
• Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core
• Phycocyanin beta subunit
• PsbQ protein
• PsbU

• キーワード: PHOTOSYNTHESIS / complex

機能・相同性

分子機能:

phycobilisome / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis

ドメイン・相同性:

Phycocyanin, beta subunit / Phycobilisome, alpha/beta subunit / Phycobilisome, alpha/beta subunit superfamily / Phycobilisome protein / Globin-like superfamily

構成要素:

BETA-CAROTENE / BICARBONATE ION / CHLOROPHYLL A / PHYCOCYANOBILIN / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / : / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / CA-MN4-O5 CLUSTER / PHEOPHYTIN A / Chem-PL9 / Chem-SQD / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / Phycocyanin beta subunit

• 生物種: Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア)
• 手法: 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
• データ登録者: You, X. / Zhang, X. / Xiao, Y.N. / Sun, S. / Sui, S.F.

資金援助

1件

組織	認可番号	国
Not funded

• 引用: ジャーナル: To Be Published; タイトル: Structure of in situ PBS-PSII supercomplex at 3.5 Angstroms resolution.; 著者: You, X. / Zhang, X. / Xiao, Y.N. / Sun, S. / Sui, S.F.

履歴

登録	2023年10月11日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年7月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release

集合体

登録構造単位

BA: LRC1

BB: LCM

CB: LCM

OB: Allophycocyanin alpha chain

PB: Allophycocyanin beta chain

QB: Allophycocyanin alpha chain

RB: Allophycocyanin beta chain

SB: Allophycocyanin alpha chain

TB: Allophycocyanin beta chain

UB: Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core

VB: Allophycocyanin alpha chain

WB: Allophycocyanin beta chain

XB: Allophycocyanin alpha chain

YB: Allophycocyanin beta chain

ZB: Allophycocyanin alpha chain

BC: LRC1

AD: Photosystem II protein D1

BD: Photosystem II CP47 reaction center protein

CD: Photosystem II CP43 reaction center protein

DD: Photosystem II D2 protein

ED: Cytochrome b559 subunit alpha

FD: Cytochrome b559 subunit beta

HD: Photosystem II reaction center protein H

ID: Photosystem II reaction center protein I

JD: Photosystem II reaction center protein J

KD: Photosystem II reaction center protein K

LD: Photosystem II reaction center protein L

MD: Photosystem II reaction center protein M

OD: Photosystem II extrinsic protein O

QD: PsbQ protein

RD: Photosystem II reaction center protein Y

SD: LPP1

TD: Photosystem II reaction center protein T

UD: PsbU

VD: Photosystem II extrinsic protein V

XD: Photosystem II reaction center protein X

YD: Photosystem II reaction center protein Psb30

ZD: Photosystem II reaction center protein Z

AE: Photosystem II protein D1

BE: Photosystem II CP47 reaction center protein

CE: Photosystem II CP43 reaction center protein

DE: Photosystem II D2 protein

EE: Cytochrome b559 subunit alpha

FE: Cytochrome b559 subunit beta

HE: Photosystem II reaction center protein H

IE: Photosystem II reaction center protein I

JE: Photosystem II reaction center protein J

KE: Photosystem II reaction center protein K

LE: Photosystem II reaction center protein L

ME: Photosystem II reaction center protein M

OE: Photosystem II extrinsic protein O

QE: PsbQ protein

RE: Photosystem II reaction center protein Y

SE: LPP1

TE: Photosystem II reaction center protein T

UE: PsbU

VE: Photosystem II extrinsic protein V

XE: Photosystem II reaction center protein X

YE: Photosystem II reaction center protein Psb30

ZE: Photosystem II reaction center protein Z

EF: LPP2

IF: Allophycocyanin beta chain

JF: Allophycocyanin alpha chain

KF: Allophycocyanin beta chain

LF: Allophycocyanin alpha chain

MF: Allophycocyanin beta chain

NF: Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core

XF: Allophycocyanin alpha chain

YF: Allophycocyanin beta chain

ZF: Allophycocyanin alpha chain

AG: Allophycocyanin alpha chain

BG: LPP2

GG: Allophycocyanin alpha chain

HG: Allophycocyanin beta chain

IG: Allophycocyanin alpha chain

JG: Allophycocyanin beta chain

KG: Allophycocyanin alpha chain

LG: Allophycocyanin beta chain

MG: Allophycocyanin beta chain

NG: Allophycocyanin alpha chain

OG: Allophycocyanin beta chain

PG: Allophycocyanin alpha chain

QG: Allophycocyanin beta-18 subunit

RG: Allophycocyanin alpha chain

SG: Allophycocyanin beta chain

TG: Allophycocyanin alpha chain

UG: Allophycocyanin beta chain

VG: Allophycocyanin-B alpha subunit

WG: Allophycocyanin beta chain

BH: LRC1

BI: LRC1

BJ: LRC1

EK: LPP2

IK: Allophycocyanin beta chain

JK: Allophycocyanin alpha chain

KK: Allophycocyanin beta chain

LK: Allophycocyanin alpha chain

MK: Allophycocyanin beta chain

NK: Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core

XK: Allophycocyanin alpha chain

YK: Allophycocyanin beta chain

ZK: Allophycocyanin alpha chain

AL: Allophycocyanin alpha chain

BL: LPP2

GL: Allophycocyanin alpha chain

HL: Allophycocyanin beta chain

IL: Allophycocyanin alpha chain

JL: Allophycocyanin beta chain

KL: Allophycocyanin alpha chain

LL: Allophycocyanin beta chain

ML: Allophycocyanin beta chain

NL: Allophycocyanin alpha chain

OL: Allophycocyanin beta chain

PL: Allophycocyanin alpha chain

QL: Allophycocyanin beta-18 subunit

RL: Allophycocyanin alpha chain

SL: Allophycocyanin beta chain

TL: Allophycocyanin alpha chain

UL: Allophycocyanin beta chain

VL: Allophycocyanin-B alpha subunit

WL: Allophycocyanin beta chain

A1: Photosystem II protein D1

B1: Photosystem II CP47 reaction center protein

C1: Photosystem II CP43 reaction center protein

D1: Photosystem II D2 protein

E1: Cytochrome b559 subunit alpha

F1: Cytochrome b559 subunit beta

H1: Photosystem II reaction center protein H

I1: Photosystem II reaction center protein I

J1: Photosystem II reaction center protein J

K1: Photosystem II reaction center protein K

L1: Photosystem II reaction center protein L

M1: Photosystem II reaction center protein M

O1: Photosystem II extrinsic protein O

Q1: PsbQ protein

R1: Photosystem II reaction center protein Y

T1: Photosystem II reaction center protein T

U1: PsbU

V1: Photosystem II extrinsic protein V

X1: Photosystem II reaction center protein X

Y1: Photosystem II reaction center protein Psb30

Z1: Photosystem II reaction center protein Z

a1: Photosystem II protein D1

b1: Photosystem II CP47 reaction center protein

c1: Photosystem II CP43 reaction center protein

d1: Photosystem II D2 protein

e1: Cytochrome b559 subunit alpha

f1: Cytochrome b559 subunit beta

h1: Photosystem II reaction center protein H

i1: Photosystem II reaction center protein I

j1: Photosystem II reaction center protein J

k1: Photosystem II reaction center protein K

l1: Photosystem II reaction center protein L

m1: Photosystem II reaction center protein M

o1: Photosystem II extrinsic protein O

q1: PsbQ protein

r1: Photosystem II reaction center protein Y

S1: LPP1

t1: Photosystem II reaction center protein T

u1: PsbU

v1: Photosystem II extrinsic protein V

x1: Photosystem II reaction center protein X

y1: Photosystem II reaction center protein Psb30

z1: Photosystem II reaction center protein Z

b2: C-phycocyanin alpha subunit

c2: Phycocyanin beta subunit

d2: C-phycocyanin alpha subunit

e2: Phycocyanin beta subunit

f2: C-phycocyanin alpha subunit

g2: Phycocyanin beta subunit

h2: C-phycocyanin alpha subunit

i2: Phycocyanin beta subunit

j2: C-phycocyanin alpha subunit

k2: Phycocyanin beta subunit

l2: C-phycocyanin alpha subunit

m2: Phycocyanin beta subunit

B2: LRC1

b3: C-phycocyanin alpha subunit

c3: Phycocyanin beta subunit

d3: C-phycocyanin alpha subunit

e3: Phycocyanin beta subunit

f3: C-phycocyanin alpha subunit

g3: Phycocyanin beta subunit

h3: C-phycocyanin alpha subunit

i3: Phycocyanin beta subunit

j3: C-phycocyanin alpha subunit

k3: Phycocyanin beta subunit

l3: C-phycocyanin alpha subunit

m3: Phycocyanin beta subunit

B3: LRC1

Z4: Allophycocyanin alpha chain

a4: Allophycocyanin beta chain

b4: Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core

S4: Allophycocyanin alpha chain

T4: Allophycocyanin beta chain

U4: Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core

V4: Allophycocyanin alpha chain

W4: Allophycocyanin beta chain

X4: Allophycocyanin alpha chain

Y4: Allophycocyanin beta chain

s4: Allophycocyanin alpha chain

t4: Allophycocyanin beta chain

u4: Allophycocyanin alpha chain

v4: Allophycocyanin beta chain

w4: Allophycocyanin alpha chain

o4: Allophycocyanin alpha chain

p4: Allophycocyanin beta chain

q4: Allophycocyanin alpha chain

r4: Allophycocyanin beta chain

x4: Allophycocyanin beta chain

y4: Allophycocyanin alpha chain

z4: Allophycocyanin beta chain

B4: LCM

C4: LCM

O4: Allophycocyanin alpha chain

P4: Allophycocyanin beta chain

Q4: Allophycocyanin alpha chain

R4: Allophycocyanin beta chain

B5: LRC1

b5: C-phycocyanin alpha subunit

c5: Phycocyanin beta subunit

d5: C-phycocyanin alpha subunit

e5: Phycocyanin beta subunit

f5: C-phycocyanin alpha subunit

g5: Phycocyanin beta subunit

h5: C-phycocyanin alpha subunit

i5: Phycocyanin beta subunit

j5: C-phycocyanin alpha subunit

k5: Phycocyanin beta subunit

l5: C-phycocyanin alpha subunit

m5: Phycocyanin beta subunit

b6: C-phycocyanin alpha subunit

c6: Phycocyanin beta subunit

d6: C-phycocyanin alpha subunit

e6: Phycocyanin beta subunit

f6: C-phycocyanin alpha subunit

g6: Phycocyanin beta subunit

h6: C-phycocyanin alpha subunit

i6: Phycocyanin beta subunit

j6: C-phycocyanin alpha subunit

k6: Phycocyanin beta subunit

l6: C-phycocyanin alpha subunit

m6: Phycocyanin beta subunit

B6: LRC1

b7: C-phycocyanin alpha subunit

c7: Phycocyanin beta subunit

d7: C-phycocyanin alpha subunit

e7: Phycocyanin beta subunit

f7: C-phycocyanin alpha subunit

g7: Phycocyanin beta subunit

h7: C-phycocyanin alpha subunit

i7: Phycocyanin beta subunit

j7: C-phycocyanin alpha subunit

k7: Phycocyanin beta subunit

l7: C-phycocyanin alpha subunit

m7: Phycocyanin beta subunit

B7: LRC1

B8: LRC1

b8: C-phycocyanin alpha subunit

c8: Phycocyanin beta subunit

d8: C-phycocyanin alpha subunit

e8: Phycocyanin beta subunit

f8: C-phycocyanin alpha subunit

g8: Phycocyanin beta subunit

h8: C-phycocyanin alpha subunit

i8: Phycocyanin beta subunit

j8: C-phycocyanin alpha subunit

k8: Phycocyanin beta subunit

l8: C-phycocyanin alpha subunit

m8: Phycocyanin beta subunit

b9: C-phycocyanin alpha subunit

c9: Phycocyanin beta subunit

d9: C-phycocyanin alpha subunit

e9: Phycocyanin beta subunit

f9: C-phycocyanin alpha subunit

g9: Phycocyanin beta subunit

h9: C-phycocyanin alpha subunit

i9: Phycocyanin beta subunit

j9: C-phycocyanin alpha subunit

k9: Phycocyanin beta subunit

l9: C-phycocyanin alpha subunit

m9: Phycocyanin beta subunit

B9: LRC1

bA: C-phycocyanin alpha subunit

cA: Phycocyanin beta subunit

dA: C-phycocyanin alpha subunit

eA: Phycocyanin beta subunit

fA: C-phycocyanin alpha subunit

gA: Phycocyanin beta subunit

hA: C-phycocyanin alpha subunit

iA: Phycocyanin beta subunit

jA: C-phycocyanin alpha subunit

kA: Phycocyanin beta subunit

lA: C-phycocyanin alpha subunit

mA: Phycocyanin beta subunit

aB: Allophycocyanin beta chain

bB: Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core

sB: Allophycocyanin alpha chain

tB: Allophycocyanin beta chain

uB: Allophycocyanin alpha chain

vB: Allophycocyanin beta chain

wB: Allophycocyanin alpha chain

oB: Allophycocyanin alpha chain

pB: Allophycocyanin beta chain

qB: Allophycocyanin alpha chain

rB: Allophycocyanin beta chain

xB: Allophycocyanin beta chain

yB: Allophycocyanin alpha chain

zB: Allophycocyanin beta chain

bC: C-phycocyanin alpha subunit

cC: Phycocyanin beta subunit

dC: C-phycocyanin alpha subunit

eC: Phycocyanin beta subunit

fC: C-phycocyanin alpha subunit

gC: Phycocyanin beta subunit

hC: C-phycocyanin alpha subunit

iC: Phycocyanin beta subunit

jC: C-phycocyanin alpha subunit

kC: Phycocyanin beta subunit

lC: C-phycocyanin alpha subunit

mC: Phycocyanin beta subunit

aD: Photosystem II protein D1

bD: Photosystem II CP47 reaction center protein

cD: Photosystem II CP43 reaction center protein

dD: Photosystem II D2 protein

eD: Cytochrome b559 subunit alpha

fD: Cytochrome b559 subunit beta

hD: Photosystem II reaction center protein H

iD: Photosystem II reaction center protein I

jD: Photosystem II reaction center protein J

kD: Photosystem II reaction center protein K

lD: Photosystem II reaction center protein L

mD: Photosystem II reaction center protein M

oD: Photosystem II extrinsic protein O

qD: PsbQ protein

rD: Photosystem II reaction center protein Y

tD: Photosystem II reaction center protein T

uD: PsbU

vD: Photosystem II extrinsic protein V

xD: Photosystem II reaction center protein X

yD: Photosystem II reaction center protein Psb30

zD: Photosystem II reaction center protein Z

aE: Photosystem II protein D1

bE: Photosystem II CP47 reaction center protein

cE: Photosystem II CP43 reaction center protein

dE: Photosystem II D2 protein

eE: Cytochrome b559 subunit alpha

fE: Cytochrome b559 subunit beta

hE: Photosystem II reaction center protein H

iE: Photosystem II reaction center protein I

jE: Photosystem II reaction center protein J

kE: Photosystem II reaction center protein K

lE: Photosystem II reaction center protein L

mE: Photosystem II reaction center protein M

oE: Photosystem II extrinsic protein O

qE: PsbQ protein

rE: Photosystem II reaction center protein Y

tE: Photosystem II reaction center protein T

uE: PsbU

vE: Photosystem II extrinsic protein V

xE: Photosystem II reaction center protein X

yE: Photosystem II reaction center protein Psb30

zE: Photosystem II reaction center protein Z

aF: Allophycocyanin beta chain

bF: Allophycocyanin alpha chain

cF: Allophycocyanin beta chain

dF: Allophycocyanin alpha chain

eF: Allophycocyanin beta chain

3F: Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core

fF: Allophycocyanin alpha chain

gF: Allophycocyanin beta-18 subunit

hF: Allophycocyanin beta chain

iF: Allophycocyanin alpha chain

jF: Allophycocyanin beta chain

kF: Allophycocyanin alpha chain

lF: Allophycocyanin beta chain

mF: Allophycocyanin-B alpha subunit

nF: Allophycocyanin beta chain

9F: Allophycocyanin alpha chain

2G: Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core

1G: Allophycocyanin beta chain

4G: Allophycocyanin alpha chain

5G: Allophycocyanin beta chain

6G: Allophycocyanin alpha chain

7G: Allophycocyanin beta chain

8G: Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core

bH: C-phycocyanin alpha subunit

cH: Phycocyanin beta subunit

dH: C-phycocyanin alpha subunit

eH: Phycocyanin beta subunit

fH: C-phycocyanin alpha subunit

gH: Phycocyanin beta subunit

hH: C-phycocyanin alpha subunit

iH: Phycocyanin beta subunit

jH: C-phycocyanin alpha subunit

kH: Phycocyanin beta subunit

lH: C-phycocyanin alpha subunit

mH: Phycocyanin beta subunit

bI: C-phycocyanin alpha subunit

cI: Phycocyanin beta subunit

dI: C-phycocyanin alpha subunit

eI: Phycocyanin beta subunit

fI: C-phycocyanin alpha subunit

gI: Phycocyanin beta subunit

hI: C-phycocyanin alpha subunit

iI: Phycocyanin beta subunit

jI: C-phycocyanin alpha subunit

kI: Phycocyanin beta subunit

lI: C-phycocyanin alpha subunit

mI: Phycocyanin beta subunit

bJ: C-phycocyanin alpha subunit

cJ: Phycocyanin beta subunit

dJ: C-phycocyanin alpha subunit

eJ: Phycocyanin beta subunit

fJ: C-phycocyanin alpha subunit

gJ: Phycocyanin beta subunit

hJ: C-phycocyanin alpha subunit

iJ: Phycocyanin beta subunit

jJ: C-phycocyanin alpha subunit

kJ: Phycocyanin beta subunit

lJ: C-phycocyanin alpha subunit

mJ: Phycocyanin beta subunit

aK: Allophycocyanin beta chain

bK: Allophycocyanin alpha chain

cK: Allophycocyanin beta chain

dK: Allophycocyanin alpha chain

eK: Allophycocyanin beta chain

3K: Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core

fK: Allophycocyanin alpha chain

gK: Allophycocyanin beta-18 subunit

hK: Allophycocyanin beta chain

iK: Allophycocyanin alpha chain

jK: Allophycocyanin beta chain

kK: Allophycocyanin alpha chain

lK: Allophycocyanin beta chain

mK: Allophycocyanin-B alpha subunit

nK: Allophycocyanin beta chain

9K: Allophycocyanin alpha chain

2L: Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core

1L: Allophycocyanin beta chain

4L: Allophycocyanin alpha chain

5L: Allophycocyanin beta chain

6L: Allophycocyanin alpha chain

7L: Allophycocyanin beta chain

8L: Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core

ヘテロ分子

概要:

• 8.52 MDa, 445 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	8,522,496	1327
ポリマ－	7,937,928	445
非ポリマー	584,569	882
水	0	0

1

概要:

• 登録構造と同一
• 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
• 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

要素

タンパク質 , 9種, 192分子 BA BC BH BI BJ B2 B3 B5 B6 B7 B8 B9 BB CB B4 C4 UB NF NK b4 U4 bB 3F 2G 8G 3K 2L 8L QD QE ...

#1: タンパク質

BA BC BH BI BJ B2 B3 B5 B6 B7 B8 B9
LRC1

詳細:

分子量: 29443.213 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア)
発現宿主: Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア)

#2: タンパク質

BB CB B4 C4
LCM

詳細:

分子量: 102100.633 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア)
発現宿主: Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア)

#5: タンパク質

UB NF NK b4 U4 bB 3F 2G 8G 3K 2L 8L
Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core

詳細:

分子量: 7775.107 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア)
遺伝子: apcC / 発現宿主: Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A9W3ZBQ2

#19: タンパク質

QD QE Q1 q1 qD qE
PsbQ protein

詳細:

分子量: 18641.410 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア)
遺伝子: psbQ / 発現宿主: Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A9W3ZQ11

#23: タンパク質

UD UE U1 u1 uD uE
PsbU

詳細:

分子量: 10733.153 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア)
発現宿主: Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア)

#28: タンパク質

EF BG EK BL
LPP2

詳細:

分子量: 15788.175 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア)
発現宿主: Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A9W3ZJ52

#30: タンパク質

VG VL mF mK
Allophycocyanin-B alpha subunit

詳細:

分子量: 18022.709 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア)
遺伝子: apcD / 発現宿主: Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A9W3ZH43

#31: タンパク質

b2 d2 f2 h2 j2 l2 b3 d3 f3 h3 j3 l3 b5 d5 f5 h5 j5 l5 b6 ...
C-phycocyanin alpha subunit

詳細:

分子量: 17616.848 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア)
遺伝子: cpcA / 発現宿主: Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア)

#32: タンパク質

c2 e2 g2 i2 k2 m2 c3 e3 g3 i3 k3 m3 c5 e5 g5 i5 k5 m5 c6 ...
Phycocyanin beta subunit

詳細:

分子量: 18062.441 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア)
遺伝子: cpcB / 発現宿主: Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア) / 参照: UniProt: A9UKJ0

Allophycocyanin ... , 3種, 136分子 OB QB SB VB XB ZB JF LF XF ZF AG GG IG KG NG PG RG TG JK LK XK ZK AL GL IL KL NL PL RL TL ...

#3: タンパク質

OB QB SB VB XB ZB JF LF XF ZF AG GG IG KG NG PG RG TG JK ...
Allophycocyanin alpha chain

詳細:

分子量: 17409.799 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア)
遺伝子: apcA / 発現宿主: Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア)

#4: タンパク質

PB RB TB WB YB IF KF MF YF HG JG LG MG OG SG UG WG IK KK ...
Allophycocyanin beta chain

詳細:

分子量: 17345.748 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア)
遺伝子: apcB / 発現宿主: Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア)

#29: タンパク質

QG QL gF gK
Allophycocyanin beta-18 subunit

詳細:

分子量: 18446.771 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア)
遺伝子: apcF / 発現宿主: Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A9W3ZN25

Photosystem II ... , 17種, 102分子 AD AE A1 a1 aD aE BD BE B1 b1 bD bE CD CE C1 c1 cD cE DD DE D1 d1 dD dE HD HE H1 h1 hD hE ...

#6: タンパク質

AD AE A1 a1 aD aE
Photosystem II protein D1 / PSII D1 protein / Photosystem II Q(B) protein

詳細:

分子量: 39675.184 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア)
遺伝子: psbA1 / 発現宿主: Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A9W4ENJ6, photosystem II

#7: タンパク質

BD BE B1 b1 bD bE
Photosystem II CP47 reaction center protein / PSII 47 kDa protein / Protein CP-47

詳細:

分子量: 56256.766 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア)
遺伝子: psbB / 発現宿主: Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A9W4EP29

#8: タンパク質

CD CE C1 c1 cD cE
Photosystem II CP43 reaction center protein / PSII 43 kDa protein / Protein CP-43

詳細:

分子量: 51545.973 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア)
遺伝子: psbC / 発現宿主: Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A9W4EL13

#9: タンパク質

DD DE D1 d1 dD dE
Photosystem II D2 protein / PSII D2 protein / Photosystem Q(A) protein

詳細:

分子量: 39521.270 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア)
遺伝子: psbD1, psbD / 発現宿主: Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A9W4EL11, photosystem II

#12: タンパク質

HD HE H1 h1 hD hE
Photosystem II reaction center protein H / PSII-H

詳細:

分子量: 7636.935 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア)
遺伝子: psbH / 発現宿主: Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A9W3ZFR1

#13: タンパク質・ペプチド

ID IE I1 i1 iD iE
Photosystem II reaction center protein I / PSII-I / PSII 4.4 kDa protein

詳細:

分子量: 4414.285 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア)
遺伝子: psbI / 発現宿主: Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A9W4EN47

#14: タンパク質・ペプチド

JD JE J1 j1 jD jE
Photosystem II reaction center protein J / PSII-J

詳細:

分子量: 3914.632 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア)
遺伝子: psbJ / 発現宿主: Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A9W3ZEX7

#15: タンパク質・ペプチド

KD KE K1 k1 kD kE
Photosystem II reaction center protein K / PSII-K

詳細:

分子量: 4979.012 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア)
遺伝子: psbK / 発現宿主: Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A9W4EP73

#16: タンパク質・ペプチド

LD LE L1 l1 lD lE
Photosystem II reaction center protein L / PSII-L

詳細:

分子量: 4581.344 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア)
遺伝子: psbL / 発現宿主: Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A9W3ZAC5

#17: タンパク質・ペプチド

MD ME M1 m1 mD mE
Photosystem II reaction center protein M / PSII-M

詳細:

分子量: 4128.829 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア)
遺伝子: psbM / 発現宿主: Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A9W3ZMZ9

#18: タンパク質

OD OE O1 o1 oD oE
Photosystem II extrinsic protein O / Photosystem II manganese-stabilizing polypeptide

詳細:

分子量: 30064.770 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア)
遺伝子: psbO / 発現宿主: Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A9W3ZRB6

#20: タンパク質・ペプチド

RD RE R1 r1 rD rE
Photosystem II reaction center protein Y

詳細:

分子量: 4189.124 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア)
遺伝子: psbY / 発現宿主: Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A9W3ZG21

#22: タンパク質・ペプチド

TD TE T1 t1 tD tE
Photosystem II reaction center protein T / PSII-T

詳細:

分子量: 3439.182 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア)
遺伝子: psbTc, psbT / 発現宿主: Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A9W4EP38

#24: タンパク質

VD VE V1 v1 vD vE
Photosystem II extrinsic protein V / PsbV / Cytochrome c-550 / Cytochrome c550 / Low-potential cytochrome c

詳細:

分子量: 18165.770 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア)
遺伝子: psbV1, psbV / 発現宿主: Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A9W4ELM7

#25: タンパク質・ペプチド

XD XE X1 x1 xD xE
Photosystem II reaction center protein X

詳細:

分子量: 5427.645 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア)
遺伝子: psbX / 発現宿主: Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A9W3ZPA1

#26: タンパク質・ペプチド

YD YE Y1 y1 yD yE
Photosystem II reaction center protein Psb30 / Photosystem II reaction center protein Ycf12

詳細:

分子量: 4692.648 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア)
遺伝子: psb30 / 発現宿主: Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A9W3ZL09

#27: タンパク質

ZD ZE Z1 z1 zD zE
Photosystem II reaction center protein Z / PSII-Z

詳細:

分子量: 6848.350 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア)
遺伝子: psbZ / 発現宿主: Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A9W3ZFP8

Cytochrome b559 subunit ... , 2種, 12分子 ED EE E1 e1 eD eE FD FE F1 f1 fD fE

#10: タンパク質

ED EE E1 e1 eD eE
Cytochrome b559 subunit alpha / PSII reaction center subunit V

詳細:

分子量: 9344.573 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア)
遺伝子: psbE / 発現宿主: Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A9W4EIR1

#11: タンパク質・ペプチド

FD FE F1 f1 fD fE
Cytochrome b559 subunit beta / PSII reaction center subunit VI

詳細:

分子量: 4994.852 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア)
遺伝子: psbF / 発現宿主: Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A9W3ZAF8

タンパク質・ペプチド , 1種, 3分子 SD SE S1

#21: タンパク質・ペプチド

SD SE S1 LPP1

詳細:

分子量: 4017.944 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア)
発現宿主: Arthrospira sp. FACHB-439 (バクテリア)

糖 , 2種, 78分子

#40: 糖

AD-409 AD-412 BD-619 BD-622 BD-623 CD-522 DD-404 DD-412 DD-413 AE-409 AE-412 BE-619 BE-622 BE-623 DE-404 DE-412 DE-413 A1-409 A1-413 B1-619 ...
ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド

詳細:

タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₄₆O₁₁ / コメント: 可溶化剤*YM

#44: 糖

CD-517 CD-518 HD-103 JD-101 CE-517 CE-518 HE-103 JE-101 C1-517 C1-518 H1-103 J1-101 c1-516 c1-517 c1-518 h1-104 cD-516 cD-517 cD-518 hD-104 ...
ChemComp-DGD / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)

詳細:

タイプ: saccharide / 分子量: 949.299 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅₁H₉₆O₁₅

非ポリマー , 14種, 804分子

#33: 化合物

BA-301 BB-1001 BB-1002 BB-1003 BB-1004 CB-1001 CB-1002 CB-1003 OB-201 PB-201 QB-201 RB-201 SB-201 TB-201 VB-201 WB-201 XB-201 ZB-201 BC-301 IF-201 ...
ChemComp-CYC / PHYCOCYANOBILIN

詳細:

分子量: 588.694 Da / 分子数: 348 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₃H₄₀N₄O₆

#34: 化合物

AD-401 AE-401 A1-401 a1-402 aD-401 aE-401
ChemComp-OEX / CA-MN4-O5 CLUSTER

詳細:

分子量: 339.827 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: CaMn₄O₅

#35: 化合物

AD-402 AD-403 AE-402 AE-403 A1-402 A1-403 a1-403 a1-404 aD-402 aD-403 aE-402 aE-403
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド

詳細:

分子量: 35.453 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl

#36: 化合物

AD-404 AD-405 BD-601 BD-602 BD-603 BD-604 BD-605 BD-606 BD-607 BD-608 BD-609 BD-610 BD-611 BD-612 BD-613 BD-614 CD-503 CD-504 CD-505 CD-506 ...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A

詳細:

分子量: 893.489 Da / 分子数: 210 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅₅H₇₂MgN₄O₅

#37: 化合物

AD-406 DD-408 AE-406 DE-408 A1-406 D1-407 a1-409 d1-408 aD-408 dD-408 aE-408 dE-408
ChemComp-PL9 / 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE / PLASTOQUINONE 9

詳細:

分子量: 749.201 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅₃H₈₀O₂

#38: 化合物

AD-407 BD-621 CD-501 DD-414 LD-101 LD-102 AE-407 BE-621 CE-501 DE-414 LE-101 LE-102 A1-407 B1-622 C1-501 D1-413 L1-101 L1-102 c1-501 d1-414 ...
ChemComp-SQD / 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / SULFOQUINOVOSYLDIACYLGLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル

詳細:

分子量: 795.116 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₁H₇₈O₁₂S

#39: 化合物

AD-408 BD-618 CD-502 CD-519 DD-411 JD-102 MD-101 TD-101 AE-408 BE-618 CE-502 CE-519 DE-411 JE-102 ME-101 TE-101 A1-408 B1-618 C1-502 C1-519 ...
ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE

詳細:

分子量: 787.158 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₅H₈₆O₁₀

#41: 化合物

AD-410 AE-410 A1-410 a1-411 aD-410 aE-410
ChemComp-BCT / BICARBONATE ION / 炭酸水素アニオン

詳細:

分子量: 61.017 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM

#42: 化合物

AD-411 BD-620 DD-409 DD-410 AE-411 BE-620 DE-409 DE-410 A1-411 B1-621 D1-408 D1-409 a1-412 d1-409 d1-410 e1-101 l1-101 aD-411 dD-409 dD-410 ...
ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル

詳細:

分子量: 722.970 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₈H₇₅O₁₀P / コメント: リン脂質*YM

#43: 化合物

BD-615 BD-616 BD-617 CD-516 CD-520 CD-521 DD-407 ID-102 XD-102 ZD-101 BE-615 BE-616 BE-617 CE-516 CE-520 DE-407 IE-102 XE-102 ZE-101 ZE-102 ...
ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE / β-カロチン

詳細:

分子量: 536.873 Da / 分子数: 60 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₀H₅₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#45: 化合物

DD-401 DD-403 DE-401 DE-403 A1-412 D1-402 a1-413 d1-402 aD-412 dD-402 aE-412 dE-402
ChemComp-PHO / PHEOPHYTIN A / 13²α-(メトキシカルボニル)-3¹,3²-ジデヒ(以下略)

詳細:

分子量: 871.200 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅₅H₇₄N₄O₅

#46: 化合物

DD-402 DE-402 D1-401 d1-401 dD-401 dE-401
ChemComp-FE2 / FE (II) ION

詳細:

分子量: 55.845 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe

#47: 化合物

ED-101 VD-201 EE-101 VE-201 E1-101 V1-201 f1-101 v1-201 fD-101 vD-201 fE-101 vE-201
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME

詳細:

分子量: 616.487 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄

#48: 化合物

KD-101 UD-201 VD-202 KE-101 UE-201 VE-202 K1-101 U1-201 V1-202 k1-101 u1-201 v1-202 kD-101 uD-201 vD-202 kE-101 uE-201 vE-202
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン

詳細:

分子量: 40.078 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

詳細

• 研究の焦点であるリガンドがあるか: Y

実験情報

実験

• 実験: 手法: 電子顕微鏡法
• EM実験: 試料の集合状態: CELL / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

試料調製

• 構成要素: 名称: In situ PBS-PSII supercomplex / タイプ: CELL / Entity ID: #1-#32 / 由来: NATURAL
• 由来(天然): 生物種: Arthrospira platensis (バクテリア)
• 緩衝液: pH: 7.6
• 試料: 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
• 急速凍結: 凍結剤: ETHANE

電子顕微鏡撮影

• 実験機器: モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
• 顕微鏡: モデル: FEI TITAN KRIOS
• 電子銃: 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
• 電子レンズ: モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 6000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Calibrated defocus min: 6000 nm
• 撮影: 電子線照射量: 35 e/Ų / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

解析

• CTF補正: タイプ: NONE
• 3次元再構成: 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 168000 / 対称性のタイプ: POINT