EMDB-37750: In situ intact PBS-PSII supercomplex from cyanobacterial Spirulin...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-37750

タイトル

In situ intact PBS-PSII supercomplex from cyanobacterial Spirulina platensis

マップデータ

試料

細胞: In situ intact PBS-PSII supercomplex from cyanobacterial Spirulina platensis

キーワード

PBS / PHOTOSYNTHESIS

生物種

Arthrospira platensis FACHB-439 (バクテリア)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.1 Å

データ登録者

You X / Zhang X / Xiao YN / Sun S / Sui SF

資金援助

1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: In situ intact PBS-PSII supercomplex from cyanobacterial Spirulina platensis
著者: You X / Zhang X / Xiao YN / Sun S / Sui SF

履歴

登録	2023年10月11日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2024年7月31日	-
マップ公開	2024年7月31日	-
更新	2024年7月31日	-
現状	2024年7月31日	処理サイト: PDBj / 状態: 公開

添付画像	emd_37750.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_37750.map.gz	119.5 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-37750-v30.xml emd-37750.xml	15.2 KB 15.2 KB	表示表示	EMDBヘッダ
画像	emd_37750.png	138.6 KB
Filedesc metadata	emd-37750.cif.gz	3.5 KB
その他	emd_37750_half_map_1.map.gz emd_37750_half_map_2.map.gz	226.7 MB 226.7 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-37750 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-37750	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_37750_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_37750_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	emd_37750_validation.xml.gz	16 KB	表示
CIF形式データ	emd_37750_validation.cif.gz	19 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-37750 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-37750	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8wql

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_37750.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	1.63 Å/pix. x 400 pix. = 652.8 Å	1.63 Å/pix. x 400 pix. = 652.8 Å	1.63 Å/pix. x 400 pix. = 652.8 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 1.632 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.141
最小 - 最大	-0.29171073 - 0.66050255
平均 (標準偏差)	0.0059338845 (±0.039133918)

対称性

空間群: 1

詳細

-
ハーフマップ: #1

ファイル

emd_37750_half_map_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイル

emd_37750_half_map_2.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : In situ intact PBS-PSII supercomplex from cyanobacterial Spirulin...

全体	名称: In situ intact PBS-PSII supercomplex from cyanobacterial Spirulina platensis
要素	細胞: In situ intact PBS-PSII supercomplex from cyanobacterial Spirulina platensis

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超分子 #1: In situ intact PBS-PSII supercomplex from cyanobacterial Spirulin...

超分子	名称: In situ intact PBS-PSII supercomplex from cyanobacterial Spirulina platensis タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#21, #23-#26, #28, #27, #29-#32, #22
由来(天然)	生物種: Arthrospira platensis FACHB-439 (バクテリア)

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構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	cell

-
試料調製

緩衝液	pH: 7
凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TITAN KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 35.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデル	モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: 6kgx
最終再構成	解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 127000
初期角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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