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万見
- PDB-8wmj: structure of PSI-11CAC complex at Logrithmic growth phase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8wmj
タイトルstructure of PSI-11CAC complex at Logrithmic growth phase
要素
  • (Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ...) x 2
  • (Photosystem I reaction center subunit ...) x 8
  • CAC-a
  • CAC-b
  • CAC-c
  • CAC-d
  • CAC-h
  • CAC-i
  • CAC-j
  • CAC-k
  • CAC-l
  • CAC-n
  • Photosystem I iron-sulfur center
  • PsaQ
  • PsaR
  • chain s
キーワードPHOTOSYNTHESIS / alloxanthin / chlorophyll c / PsaQ
機能・相同性
機能・相同性情報


photosystem I reaction center / photosystem I / photosystem I / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem I / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / electron transfer activity ...photosystem I reaction center / photosystem I / photosystem I / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem I / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / electron transfer activity / magnesium ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I reaction centre subunit PsaK / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem I psaG and psaK proteins signature. / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / : / Photosystem I psaG / psaK ...Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I reaction centre subunit PsaK / Photosystem I PsaM, reaction centre superfamily / Photosystem I PsaM, reaction centre / Photosystem I protein M (PsaM) / Photosystem I reaction centre subunit PsaK superfamily / Photosystem I psaG and psaK proteins signature. / Photosystem I reaction center subunit V/PsaK / : / Photosystem I psaG / psaK / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI / Photosystem I, reaction centre subunit XI / Photosystem I PsaL, reaction centre subunit XI superfamily / Photosystem I reaction centre subunit XI / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII / Photosystem I reaction centre subunit VIII superfamily / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III / Photosystem I PsaF, reaction centre subunit III superfamily / Photosystem I reaction centre subunit III / Photosystem I PsaD / Photosystem I, reaction centre subunit PsaD superfamily / PsaD / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX / Photosystem I PsaJ, reaction centre subunit IX superfamily / Photosystem I reaction centre subunit IX / PsaJ / Photosystem I PsaE, reaction centre subunit IV / Photosystem I reaction centre subunit IV / PsaE / Photosystem I protein PsaC / Photosystem I PsaA / Photosystem I PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB, conserved site / Photosystem I psaA and psaB proteins signature. / Photosystem I PsaA/PsaB / Photosystem I PsaA/PsaB superfamily / Photosystem I psaA/psaB protein / Electron transport accessory-like domain superfamily / 4Fe-4S dicluster domain / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
CHLOROPHYLL A / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / Chem-IHT / Chem-II0 / Chlorophyll c2 / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / PHYLLOQUINONE / IRON/SULFUR CLUSTER / : ...CHLOROPHYLL A / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / Chem-IHT / Chem-II0 / Chlorophyll c2 / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / PHYLLOQUINONE / IRON/SULFUR CLUSTER / : / Photosystem I iron-sulfur center / Photosystem I reaction center subunit PsaK / Photosystem I reaction center subunit XII / Photosystem I reaction center subunit IX / Photosystem I reaction center subunit III / Photosystem I reaction center subunit VIII / Photosystem I reaction center subunit XI / Photosystem I reaction center subunit II / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2 / Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1 / Photosystem I reaction center subunit IV
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodomonas salina (真核生物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者Zhang, S.M. / Si, L. / Li, M.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Basic Research Program of China (973 Program) 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2024
タイトル: Growth phase-dependent reorganization of cryptophyte photosystem I antennae.
著者: Shumeng Zhang / Long Si / Xiaodong Su / Xuelin Zhao / Xiaomin An / Mei Li /
要旨: Photosynthetic cryptophytes are eukaryotic algae that utilize membrane-embedded chlorophyll a/c binding proteins (CACs) and lumen-localized phycobiliproteins (PBPs) as their light-harvesting antennae. ...Photosynthetic cryptophytes are eukaryotic algae that utilize membrane-embedded chlorophyll a/c binding proteins (CACs) and lumen-localized phycobiliproteins (PBPs) as their light-harvesting antennae. Cryptophytes go through logarithmic and stationary growth phases, and may adjust their light-harvesting capability according to their particular growth state. How cryptophytes change the type/arrangement of the photosynthetic antenna proteins to regulate their light-harvesting remains unknown. Here we solve four structures of cryptophyte photosystem I (PSI) bound with CACs that show the rearrangement of CACs at different growth phases. We identify a cryptophyte-unique protein, PsaQ, which harbors two chlorophyll molecules. PsaQ specifically binds to the lumenal region of PSI during logarithmic growth phase and may assist the association of PBPs with photosystems and energy transfer from PBPs to photosystems.
履歴
登録2023年10月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
B: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
C: Photosystem I iron-sulfur center
D: Photosystem I reaction center subunit II
E: Photosystem I reaction center subunit IV
F: Photosystem I reaction center subunit III
I: Photosystem I reaction center subunit VIII
J: Photosystem I reaction center subunit IX
L: Photosystem I reaction center subunit XI
M: Photosystem I reaction center subunit XII
K: Photosystem I reaction center subunit PsaK
s: chain s
c: CAC-c
a: CAC-a
b: CAC-b
h: CAC-h
m: CAC-j
l: CAC-l
k: CAC-k
i: CAC-i
j: CAC-j
d: CAC-d
R: PsaR
n: CAC-n
Q: PsaQ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)850,922374
ポリマ－578,64125
非ポリマー272,281349
水2,396133
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1


分子量: 83431.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodomonas salina (真核生物) / 参照: UniProt: A6MVZ7
#2: タンパク質 Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2


分子量: 82069.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodomonas salina (真核生物) / 参照: UniProt: A6MVZ6

-
タンパク質 , 14種, 15分子 CscabhmjlkidRnQ

#3: タンパク質 Photosystem I iron-sulfur center


分子量: 8759.131 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodomonas salina (真核生物) / 参照: UniProt: A6MVS8
#12: タンパク質 chain s


分子量: 27966.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodomonas salina (真核生物)
#13: タンパク質 CAC-c


分子量: 23781.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodomonas salina (真核生物)
#14: タンパク質 CAC-a


分子量: 23330.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodomonas salina (真核生物)
#15: タンパク質 CAC-b


分子量: 23503.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodomonas salina (真核生物)
#16: タンパク質 CAC-h


分子量: 23132.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodomonas salina (真核生物)
#17: タンパク質 CAC-j


分子量: 22272.936 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodomonas salina (真核生物)
#18: タンパク質 CAC-l


分子量: 25908.721 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodomonas salina (真核生物)
#19: タンパク質 CAC-k


分子量: 25588.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodomonas salina (真核生物)
#20: タンパク質 CAC-i


分子量: 23078.553 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodomonas salina (真核生物)
#21: タンパク質 CAC-d


分子量: 22391.033 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodomonas salina (真核生物)
#22: タンパク質 PsaR


分子量: 13318.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodomonas salina (真核生物)
#23: タンパク質 CAC-n


分子量: 22876.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodomonas salina (真核生物)
#24: タンパク質 PsaQ


分子量: 23834.393 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodomonas salina (真核生物)

-
Photosystem I reaction center subunit ... , 8種, 8分子 DEFIJLMK

#4: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit II


分子量: 15585.724 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodomonas salina (真核生物) / 参照: UniProt: A6MVZ1
#5: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit IV / PSI-E


分子量: 7309.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodomonas salina (真核生物) / 参照: UniProt: A6MW36
#6: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit III / PSI-F


分子量: 20817.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodomonas salina (真核生物) / 参照: UniProt: A6MVU7
#7: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit VIII


分子量: 3927.708 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodomonas salina (真核生物) / 参照: UniProt: A6MVV1
#8: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit IX


分子量: 4974.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodomonas salina (真核生物) / 参照: UniProt: A6MVU6
#9: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit XI / PSI subunit V / PSI-L


分子量: 16475.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodomonas salina (真核生物) / 参照: UniProt: A6MVV8
#10: タンパク質・ペプチド Photosystem I reaction center subunit XII / PSI-M


分子量: 3318.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodomonas salina (真核生物) / 参照: UniProt: A6MVT4
#11: タンパク質 Photosystem I reaction center subunit PsaK / PSI-K / Photosystem I subunit X


分子量: 8715.256 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodomonas salina (真核生物) / 参照: UniProt: A6MVS9

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糖 , 3種, 6分子

#29: 糖
ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM
#31: 糖 ChemComp-DGD / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)


タイプ: saccharide / 分子量: 949.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H96O15
#36: 糖 ChemComp-LMU / DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM

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非ポリマー , 10種, 476分子

#25: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 219 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5
#26: 化合物 ChemComp-PQN / PHYLLOQUINONE / VITAMIN K1 / 2-METHYL-3-PHYTYL-1,4-NAPHTHOQUINONE / フィロキノン


分子量: 450.696 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H46O2
#27: 化合物
ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル


分子量: 722.970 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / コメント: リン脂質*YM
#28: 化合物...
ChemComp-WVN / 1,3,3-trimethyl-2-[(1E,3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(1R)-2,6,6-trimethylcyclohex-2-en-1-yl]octadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaenyl]cyclohexene / ALPHA-CAROTENE


分子量: 536.873 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#30: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#32: 化合物...
ChemComp-II0 / (1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(4~{R})-2,6,6-trimethyl-4-oxidanyl-cyclohexen-1-yl]octadeca-3,5,7,9,11,13,15-heptaen-1,17-diynyl]cyclohex-3-en-1-ol / Alloxanthin / アロキサンチン


分子量: 564.840 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H52O2
#33: 化合物
ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10
#34: 化合物
ChemComp-KC2 / Chlorophyll c2


分子量: 608.926 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H28MgN4O5
#35: 化合物
ChemComp-IHT / (1~{R})-3,5,5-trimethyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-(2,6,6-trimethylcyclohexen-1-yl)octadeca-3,5,7,9,11,13,15,17-octaen-1-ynyl]cyclohex-3-en-1-ol / Allobetaxanthin / 7,8-ジデヒドロ-β-クリプトキサンチン


分子量: 550.856 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H54O
#37: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: PSI-CAC / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#16, #18-#20, #17, #21-#24 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Rhodomonas salina (真核生物)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 41093 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 17.67 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.010155485
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.588378785
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.09226466
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.009410177
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d24.818217221

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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