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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8wmd | |||||||||||||||||||||
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タイトル | Structure of the SARS-CoV-2 EG.5.1 spike glycoprotein (closed-2 state) | |||||||||||||||||||||
![]() | Spike glycoprotein![]() | |||||||||||||||||||||
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機能・相同性 | ![]() Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane ...Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / Attachment and Entry / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||
![]() | Nomai, T. / Anraku, Y. / Kita, S. / Hashiguchi, T. / Maenaka, K. | |||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Virological characteristics of the SARS-CoV-2 Omicron EG.5.1 variant 著者: Nomai, T. / Anraku, Y. / Kita, S. / Hashiguchi, T. / Maenaka, K. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 221.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 170.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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要素
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 138062.094 Da / 分子数: 1 変異: F817P, A892P, A899P, A942P, K986P, V987P, R682G, R683S, R685G 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 遺伝子: S / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: ![]() ![]() | ||
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#2: 糖 | ChemComp-NAG / ![]() 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: ![]() |
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試料調製
構成要素 | 名称: SARS-COV-2 EG.5.1 spike glycoprotein / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.14 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: calcium- and magnesium-free PBS buffer. |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色![]() ![]() |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 |
急速凍結![]() | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 291 K / 詳細: blotting time 5 s and blotting force 5. |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源![]() ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD![]() ![]() |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 1.5 sec. / 電子線照射量: 50.054 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 実像数: 3240 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称![]() |
画像スキャン | 横: 5760 / 縦: 4092 |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正![]() | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 899573 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成![]() | 解像度: 2.71 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 43647 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 8IOT Accession code: 8IOT / Source name: PDB / タイプ: experimental model |