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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8wm6 | |||||||||
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タイトル | The structure of PSI-CAC(L-14)of R.salina at 2.7 angstroms resolution | |||||||||
要素 |
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キーワード | PHOTOSYNTHESIS / thylakoid membrane / chlorophyll plastid / oxyphototroph | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 photosystem I reaction center / photosystem I / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis / chloroplast / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity ...photosystem I reaction center / photosystem I / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / chlorophyll binding / chloroplast thylakoid membrane / photosynthesis / chloroplast / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / magnesium ion binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Rhodomonas salina (真核生物) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhang, S.M. / Si, L. / Li, M. | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: Commun Biol / 年: 2024 タイトル: Growth phase-dependent reorganization of cryptophyte photosystem I antennae. 著者: Shumeng Zhang / Long Si / Xiaodong Su / Xuelin Zhao / Xiaomin An / Mei Li / 要旨: Photosynthetic cryptophytes are eukaryotic algae that utilize membrane-embedded chlorophyll a/c binding proteins (CACs) and lumen-localized phycobiliproteins (PBPs) as their light-harvesting antennae. ...Photosynthetic cryptophytes are eukaryotic algae that utilize membrane-embedded chlorophyll a/c binding proteins (CACs) and lumen-localized phycobiliproteins (PBPs) as their light-harvesting antennae. Cryptophytes go through logarithmic and stationary growth phases, and may adjust their light-harvesting capability according to their particular growth state. How cryptophytes change the type/arrangement of the photosynthetic antenna proteins to regulate their light-harvesting remains unknown. Here we solve four structures of cryptophyte photosystem I (PSI) bound with CACs that show the rearrangement of CACs at different growth phases. We identify a cryptophyte-unique protein, PsaQ, which harbors two chlorophyll molecules. PsaQ specifically binds to the lumenal region of PSI during logarithmic growth phase and may assist the association of PBPs with photosystems and energy transfer from PBPs to photosystems. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8wm6.cif.gz | 1.3 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8wm6.ent.gz | 1.2 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8wm6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8wm6_validation.pdf.gz | 18.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8wm6_full_validation.pdf.gz | 19.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8wm6_validation.xml.gz | 353.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8wm6_validation.cif.gz | 409.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wm/8wm6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wm/8wm6 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 37642MC 8wmjC 8wmvC 8wmwC 8wnwC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein ... , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 83431.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodomonas salina (真核生物) / 参照: UniProt: A6MVZ7 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 82069.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodomonas salina (真核生物) / 参照: UniProt: A6MVZ6 |
-タンパク質 , 17種, 19分子 COscabhmfjelkidgRnQ
#3: タンパク質 | 分子量: 8759.131 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodomonas salina (真核生物) / 参照: UniProt: A6MVS8 | ||||||||||||||||||
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#11: タンパク質 | 分子量: 15133.567 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodomonas salina (真核生物) | ||||||||||||||||||
#13: タンパク質 | 分子量: 27966.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodomonas salina (真核生物) | ||||||||||||||||||
#14: タンパク質 | 分子量: 23781.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodomonas salina (真核生物) | ||||||||||||||||||
#15: タンパク質 | 分子量: 23330.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodomonas salina (真核生物) | ||||||||||||||||||
#16: タンパク質 | 分子量: 23503.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodomonas salina (真核生物) | ||||||||||||||||||
#17: タンパク質 | 分子量: 23132.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodomonas salina (真核生物) | ||||||||||||||||||
#18: タンパク質 | 分子量: 22272.936 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodomonas salina (真核生物) #19: タンパク質 | | 分子量: 21787.338 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodomonas salina (真核生物) #20: タンパク質 | | 分子量: 25908.721 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodomonas salina (真核生物) #21: タンパク質 | | 分子量: 25588.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodomonas salina (真核生物) #22: タンパク質 | | 分子量: 23078.553 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodomonas salina (真核生物) #23: タンパク質 | | 分子量: 22391.033 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodomonas salina (真核生物) #24: タンパク質 | | 分子量: 26979.537 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodomonas salina (真核生物) #25: タンパク質 | | 分子量: 13318.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodomonas salina (真核生物) #26: タンパク質 | | 分子量: 22876.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodomonas salina (真核生物) #27: タンパク質 | | 分子量: 23834.393 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodomonas salina (真核生物) |
-Photosystem I reaction center subunit ... , 8種, 8分子 DEFIJLMK
#4: タンパク質 | 分子量: 15585.724 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodomonas salina (真核生物) / 参照: UniProt: A6MVZ1 |
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#5: タンパク質 | 分子量: 7309.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodomonas salina (真核生物) / 参照: UniProt: A6MW36 |
#6: タンパク質 | 分子量: 20817.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodomonas salina (真核生物) / 参照: UniProt: A6MVU7 |
#7: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3927.708 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodomonas salina (真核生物) / 参照: UniProt: A6MVV1 |
#8: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4974.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodomonas salina (真核生物) / 参照: UniProt: A6MVU6 |
#9: タンパク質 | 分子量: 16475.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodomonas salina (真核生物) / 参照: UniProt: A6MVV8 |
#10: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3318.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodomonas salina (真核生物) / 参照: UniProt: A6MVT4 |
#12: タンパク質 | 分子量: 8715.256 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodomonas salina (真核生物) / 参照: UniProt: A6MVS9 |
-糖 , 3種, 6分子
#32: 糖 | ChemComp-LMT / #34: 糖 | ChemComp-DGD / | #39: 糖 | ChemComp-LMU / | |
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-非ポリマー , 10種, 548分子
#28: 化合物 | ChemComp-CLA / #29: 化合物 | #30: 化合物 | ChemComp-LHG / #31: 化合物 | ChemComp-WVN / 分子量: 536.873 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56 #33: 化合物 | #35: 化合物 | ChemComp-LMG / #36: 化合物 | ChemComp-II0 / ( #37: 化合物 | ChemComp-IHT / ( #38: 化合物 | ChemComp-KC2 / #40: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: PSI-CAC / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#17, #19-#21, #18, #22-#27 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 値: 0.8 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Rhodomonas salina (真核生物) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 濃度: 1.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2300 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 86231 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.96 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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