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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8wbg | ||||||
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タイトル | CryoEM structure of non-structural protein 1 tetramer from ZIKA virus | ||||||
要素 | Genome polyprotein | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / flavivirus / non-structural protein 1 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / double-stranded RNA binding / viral capsid / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / protein dimerization activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway ...symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / double-stranded RNA binding / viral capsid / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / protein dimerization activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont entry into host cell / viral RNA genome replication / serine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / virion attachment to host cell / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / extracellular region / ATP binding / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | dengue virus type 4 (デング熱ウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | ||||||
データ登録者 | Jiao, H.Z. / Pan, Q. / Hu, H.L. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2024 タイトル: The step-by-step assembly mechanism of secreted flavivirus NS1 tetramer and hexamer captured at atomic resolution. 著者: Qi Pan / Haizhan Jiao / Wanqin Zhang / Qiang Chen / Geshu Zhang / Jianhai Yu / Wei Zhao / Hongli Hu / 要旨: Flaviviruses encode a conserved, membrane-associated nonstructural protein 1 (NS1) with replication and immune evasion functions. The current knowledge of secreted NS1 (sNS1) oligomers is based on ...Flaviviruses encode a conserved, membrane-associated nonstructural protein 1 (NS1) with replication and immune evasion functions. The current knowledge of secreted NS1 (sNS1) oligomers is based on several low-resolution structures, thus hindering the development of drugs and vaccines against flaviviruses. Here, we revealed that recombinant sNS1 from flaviviruses exists in a dynamic equilibrium of dimer-tetramer-hexamer states. Two DENV4 hexameric NS1 structures and several tetrameric NS1 structures from multiple flaviviruses were solved at atomic resolution by cryo-EM. The stacking of the tetrameric NS1 and hexameric NS1 is facilitated by the hydrophobic β-roll and connector domains. Additionally, a triacylglycerol molecule located within the central cavity may play a role in stabilizing the hexamer. Based on differentiated interactions between the dimeric NS1, two distinct hexamer models (head-to-head and side-to-side hexamer) and the step-by-step assembly mechanisms of NS1 dimer into hexamer were proposed. We believe that our study sheds light on the understanding of the NS1 oligomerization and contributes to NS1-based therapies. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8wbg.cif.gz | 273.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8wbg.ent.gz | 221.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8wbg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8wbg_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8wbg_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8wbg_validation.xml.gz | 48.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8wbg_validation.cif.gz | 72.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wb/8wbg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wb/8wbg | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 37424MC 8wbbC 8wbcC 8wbdC 8wbeC 8wbfC 8wbhC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44498.160 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) dengue virus type 4 (デング熱ウイルス) 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: A0A1V0E2B5 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: ZIKA virus non-structural protein 1 tetramer / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: dengue virus type 4 (デング熱ウイルス) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 105000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 1800 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm |
撮影 | 電子線照射量: 54 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 127526 / 対称性のタイプ: POINT |