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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8vjh | ||||||
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タイトル | Cryo-EM of tail-tip of bacteriophage Chi | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRUS / Flagellotropic bacteriophage / Siphophage / Tail-tip | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Tape measure protein N-terminal / Tape measure protein / Bacteriophage phiJL001, Gp84 / Bacteriophage phiJL001, Gp84, C-terminal / Phage conserved hypothetical protein BR0599 / Bacterial Ig-like domain (group 1) / Bacterial Ig-like domain (group 1) / Big-1 (bacterial Ig-like domain 1) domain / Big-1 (bacterial Ig-like domain 1) domain profile. / Tip attachment protein J ...Tape measure protein N-terminal / Tape measure protein / Bacteriophage phiJL001, Gp84 / Bacteriophage phiJL001, Gp84, C-terminal / Phage conserved hypothetical protein BR0599 / Bacterial Ig-like domain (group 1) / Bacterial Ig-like domain (group 1) / Big-1 (bacterial Ig-like domain 1) domain / Big-1 (bacterial Ig-like domain 1) domain profile. / Tip attachment protein J / Putative phage tail protein / Invasin/intimin cell-adhesion fragments / Immunoglobulin-like fold 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | Chivirus chi (ウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å | ||||||
データ登録者 | Sonani, R.R. / Esteves, N.C. / Scharf, B.E. / Egelman, E.H. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2024 タイトル: Cryo-EM structure of flagellotropic bacteriophage Chi. 著者: Ravi R Sonani / Nathaniel C Esteves / Birgit E Scharf / Edward H Egelman / 要旨: The flagellotropic bacteriophage χ (Chi) infects bacteria via the flagellar filament. Despite years of study, its structural architecture remains partly characterized. Through cryo-EM, we unveil ...The flagellotropic bacteriophage χ (Chi) infects bacteria via the flagellar filament. Despite years of study, its structural architecture remains partly characterized. Through cryo-EM, we unveil χ's nearly complete structure, encompassing capsid, neck, tail, and tail tip. While the capsid and tail resemble phage YSD1, the neck and tail tip reveal new proteins and their arrangement. The neck shows a unique conformation of the tail tube protein, forming a socket-like structure for attachment to the neck. The tail tip comprises four proteins, including distal tail protein (DTP), two baseplate hub proteins (BH1P and BH2P), and tail tip assembly protein (TAP) exhibiting minimal organization compared to other siphophages. Deviating from the consensus in other siphophages, DTP in χ forms a trimeric assembly, reducing tail symmetry from 6-fold to 3-fold at the tip. These findings illuminate the previously unexplored structural organization of χ's neck and tail tip. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8vjh.cif.gz | 419 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8vjh.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 8vjh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8vjh_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8vjh_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8vjh_validation.xml.gz | 82.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8vjh_validation.cif.gz | 122.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vj/8vjh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vj/8vjh | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 6種, 7分子 ABDJKQU
#1: タンパク質 | 分子量: 143342.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chivirus chi (ウイルス) / 参照: UniProt: M9NVD3 | ||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 63032.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chivirus chi (ウイルス) / 参照: UniProt: M9NT03 | ||||
#3: タンパク質 | 分子量: 29348.869 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chivirus chi (ウイルス) / 参照: UniProt: M9NUT0 | ||||
#4: タンパク質 | 分子量: 40375.363 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chivirus chi (ウイルス) / 参照: UniProt: M9NUS9 #5: タンパク質 | | 分子量: 153960.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chivirus chi (ウイルス) / 参照: UniProt: M9NVD0 #6: タンパク質 | | 分子量: 8278.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chivirus chi (ウイルス) / 参照: UniProt: M9NTL4 |
-非ポリマー , 1種, 1分子
#7: 化合物 | ChemComp-FE / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Chivirus chi / タイプ: VIRUS / Entity ID: #1-#6 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Chivirus chi (ウイルス) |
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: OTHER / タイプ: VIRION |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Tail-tip of bacteriophage Chi |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2400 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / カテゴリ: モデル精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C3 (3回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 2159 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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