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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8vci | ||||||
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タイトル | SARS-CoV-2 Frameshift Stimulatory Element with Upstream Multibranch Loop | ||||||
要素 | Frameshift Stimulatory Element with Upstream Multi-branch Loop | ||||||
キーワード | RNA / Coronavirus / SARS-CoV-2 / Programmed -1 Ribosomal Frameshifting / -1 PRF / Frameshift Stimulatory Element / FSE / Attenuator Hairpin | ||||||
機能・相同性 | : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.1 Å | ||||||
データ登録者 | Peterson, J.M. / Becker, S.T. / O'Leary, C.A. / Juneja, P. / Yang, Y. / Moss, W.N. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2024 タイトル: Structure of the SARS-CoV-2 Frameshift Stimulatory Element with an Upstream Multibranch Loop. 著者: Jake M Peterson / Scott T Becker / Collin A O'Leary / Puneet Juneja / Yang Yang / Walter N Moss / 要旨: The severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) frameshift stimulatory element (FSE) is necessary for programmed -1 ribosomal frameshifting (-1 PRF) and optimized viral efficacy. The ...The severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) frameshift stimulatory element (FSE) is necessary for programmed -1 ribosomal frameshifting (-1 PRF) and optimized viral efficacy. The FSE has an abundance of context-dependent alternate conformations, but two of the structures most crucial to -1 PRF are an attenuator hairpin and a three-stem H-type pseudoknot structure. A crystal structure of the pseudoknot alone features three RNA stems in a helically stacked linear structure, whereas a 6.9 Å cryo-EM structure including the upstream heptameric slippery site resulted in a bend between two stems. Our previous research alluded to an extended upstream multibranch loop that includes both the attenuator hairpin and the slippery site-a conformation not previously modeled. We aim to provide further context to the SARS-CoV-2 FSE via computational and medium resolution cryo-EM approaches, by presenting a 6.1 Å cryo-EM structure featuring a linear pseudoknot structure and a dynamic upstream multibranch loop. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8vci.cif.gz | 653.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8vci.ent.gz | 552.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8vci.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8vci_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8vci_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8vci_validation.xml.gz | 28.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8vci_validation.cif.gz | 47.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vc/8vci ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vc/8vci | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 43137MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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モデル数 | 9 |
-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 37901.410 Da / 分子数: 1 / 変異: C2G, G51C / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) 参照: GenBank: NC_045512.2 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Severe acute respiratory syndrome coronavirus / タイプ: VIRUS / 詳細: PCR amplified and transcribed using T7 polymerase. / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS コロナウイルス) 株: Wuhan-Hu-1 |
由来(組換発現) | 生物種: unidentified (未定義) |
ウイルスについての詳細 | 中空か: YES / エンベロープを持つか: YES / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION |
天然宿主 | 生物種: Homo sapiens / 株: Wuhan-Hu-1 |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 4 K |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: TFS GLACIOS |
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電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 36000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm / Cs: 2.7 mm |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 3 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 6.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 627438 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL |