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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8va1 | |||||||||||||||
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タイトル | S. aureus TarL H300N in complex with CDP-ribitol (single tetramer) | |||||||||||||||
要素 | Teichoic acid ribitol-phosphate polymerase TarL | |||||||||||||||
キーワード | TRANSFERASE / glycosyltransferase / polymerase / monotopic / amphipathic | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 CDP-ribitol ribitolphosphotransferase / CDP-ribitol ribitolphosphotransferase activity / CDP-glycerol glycerophosphotransferase activity / teichoic acid biosynthetic process / cell wall organization / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Li, F.K.K. / Worrall, L.J. / Strynadka, N.C.J. | |||||||||||||||
資金援助 | カナダ, 米国, 4件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2024 タイトル: Cryo-EM analysis of TarL, a polymerase in wall teichoic acid biogenesis central to virulence and antibiotic resistance. 著者: Franco K K Li / Liam J Worrall / Robert T Gale / Eric D Brown / Natalie C J Strynadka / 要旨: Wall teichoic acid (WTA), a covalent adduct of Gram-positive bacterial cell wall peptidoglycan, contributes directly to virulence and antibiotic resistance in pathogenic species. Polymerization of ...Wall teichoic acid (WTA), a covalent adduct of Gram-positive bacterial cell wall peptidoglycan, contributes directly to virulence and antibiotic resistance in pathogenic species. Polymerization of the WTA ribitol-phosphate chain is catalyzed by TarL, a member of the largely uncharacterized TagF-like family of membrane-associated enzymes. We report the cryo-electron microscopy structure of TarL, showing a tetramer that forms an extensive membrane-binding platform of monotopic helices. TarL is composed of an amino-terminal immunoglobulin-like domain and a carboxyl-terminal glycosyltransferase-B domain for ribitol-phosphate polymerization. The active site of the latter is complexed to donor substrate cytidine diphosphate-ribitol, providing mechanistic insights into the catalyzed phosphotransfer reaction. Furthermore, the active site is surrounded by electropositive residues that serve to retain the lipid-linked acceptor for polymerization. Our data advance general insight into the architecture and membrane association of the still poorly characterized monotopic membrane protein class and present molecular details of ribitol-phosphate polymerization that may aid in the design of new antimicrobials. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8va1.cif.gz | 453.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8va1.ent.gz | 375.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8va1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8va1_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8va1_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8va1_validation.xml.gz | 72.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8va1_validation.cif.gz | 104.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/va/8va1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/va/8va1 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 68510.703 Da / 分子数: 4 / 変異: H300N / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: tarL, SAOUHSC_00227 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q2G1B8, CDP-ribitol ribitolphosphotransferase #2: 化合物 | ChemComp-V2V / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: S. aureus TarL H300N with CDP-ribitol and CHAPS / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||
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由来(天然) | 生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) | ||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) | ||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 9.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. | ||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(補正後): 81000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 19380 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 190753 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 3L7L Accession code: 3L7L / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 74.57 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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