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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8v7o | ||||||
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タイトル | Fab fragment of human mAb #58 in complex with computationally optimized broadly reactive H1 influenza hemagglutinin X6 | ||||||
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![]() | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Complex / antibody / hemagglutinin / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.57 Å | ||||||
![]() | Nagashima, K.A. / Mousa, J.J. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis for the broad antigenicity of the computationally optimized influenza hemagglutinin X6. 著者: Kaito A Nagashima / John V Dzimianski / Meng Yang / Jan Abendroth / Giuseppe A Sautto / Ted M Ross / Rebecca M DuBois / Thomas E Edwards / Jarrod J Mousa / ![]() 要旨: Influenza causes significant morbidity and mortality. As an alternative approach to current seasonal vaccines, the computationally optimized broadly reactive antigen (COBRA) platform has been ...Influenza causes significant morbidity and mortality. As an alternative approach to current seasonal vaccines, the computationally optimized broadly reactive antigen (COBRA) platform has been previously applied to hemagglutinin (HA). This approach integrates wild-type HA sequences into a single immunogen to expand the breadth of accessible antibody epitopes. Adding to previous studies of H1, H3, and H5 COBRA HAs, we define the structural features of another H1 subtype COBRA, X6, that incorporates HA sequences from before and after the 2009 H1N1 influenza pandemic. We determined structures of this antigen alone and in complex with COBRA-specific as well as broadly reactive and functional antibodies, analyzing its antigenicity. We found that X6 possesses features representing both historic and recent H1 HA strains, enabling binding to both head- and stem-reactive antibodies. Overall, these data confirm the integrity of broadly reactive antibody epitopes of X6 and contribute to design efforts for a next-generation vaccine. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 369.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 302 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 80 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 114.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 62494.656 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: HA / 細胞株 (発現宿主): 293F / 発現宿主: ![]() #2: 抗体 | 分子量: 14052.598 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Heavy chain Fab fragment variable region of human mAb #58 由来: (組換発現) ![]() ![]() #3: 抗体 | 分子量: 11797.213 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Kappa chain Fab fragment variable region of human mAb #58 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Complex of COBRA HA X6 with #58 Fab / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: TFS GLACIOS |
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電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 900 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm |
撮影 | 電子線照射量: 57.22 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) |
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解析
CTF補正 | タイプ: NONE |
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対称性 | 点対称性: C3 (3回回転対称) |
3次元再構成 | 解像度: 3.57 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 110051 / 対称性のタイプ: POINT |