+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8v49 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | CryoEM structure of AriA (E393Q) sensory subunit | ||||||
要素 | AriA antitoxin | ||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM / Bacterial Defense system / Toxin-antitoxin system / AriAB / PARIS | ||||||
機能・相同性 | ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / : 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Escherichia coli B185 (大腸菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.62 Å | ||||||
データ登録者 | Deep, A. / Corbett, K.D. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2024 タイトル: Architecture and activation mechanism of the bacterial PARIS defence system. 著者: Amar Deep / Qishan Liang / Eray Enustun / Joe Pogliano / Kevin D Corbett / 要旨: Bacteria and their viruses (bacteriophages or phages) are engaged in an intense evolutionary arms race. While the mechanisms of many bacterial antiphage defence systems are known, how these systems ...Bacteria and their viruses (bacteriophages or phages) are engaged in an intense evolutionary arms race. While the mechanisms of many bacterial antiphage defence systems are known, how these systems avoid toxicity outside infection yet activate quickly after infection is less well understood. Here we show that the bacterial phage anti-restriction-induced system (PARIS) operates as a toxin-antitoxin system, in which the antitoxin AriA sequesters and inactivates the toxin AriB until triggered by the T7 phage counterdefence protein Ocr. Using cryo-electron microscopy, we show that AriA is related to SMC-family ATPases but assembles into a distinctive homohexameric complex through two oligomerization interfaces. In uninfected cells, the AriA hexamer binds to up to three monomers of AriB, maintaining them in an inactive state. After Ocr binding, the AriA hexamer undergoes a structural rearrangement, releasing AriB and allowing it to dimerize and activate. AriB is a toprim/OLD-family nuclease, the activation of which arrests cell growth and inhibits phage propagation by globally inhibiting protein translation through specific cleavage of a lysine tRNA. Collectively, our findings reveal the intricate molecular mechanisms of a bacterial defence system triggered by a phage counterdefence protein, and highlight how an SMC-family ATPase has been adapted as a bacterial infection sensor. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8v49.cif.gz | 287.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb8v49.ent.gz | 233.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8v49.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8v49_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 8v49_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8v49_validation.xml.gz | 56.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8v49_validation.cif.gz | 84.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v4/8v49 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v4/8v49 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 42969MC 8v45C 8v46C 8v47C 8v48C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 53287.113 Da / 分子数: 4 / 変異: E393Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli B185 (大腸菌) / 遺伝子: ECDG_03487 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 pLysS / 参照: UniProt: D6IC77 #2: 化合物 | ChemComp-ATP / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | Has protein modification | N | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: AriA hexamer / タイプ: COMPLEX / 詳細: AriA / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
分子量 | 値: 0.30 MDa / 実験値: YES | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Escherichia coli B185 (大腸菌) | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: Rosetta2 pLysS | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
| ||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 278 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm / Cs: 2.7 mm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5174 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
-解析
EMソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.21rc1_5127 / カテゴリ: モデル精密化 | ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.62 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 106506 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 189.9 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|