+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8v48 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | CryoEM structure of AriA-AriB complex (Form III) | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM / Bacterial Defense system / Toxin-antitoxin system / AriAB / PARIS | ||||||
機能・相同性 | ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / : / : 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Escherichia coli B185 (大腸菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.68 Å | ||||||
データ登録者 | Deep, A. / Corbett, K.D. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2024 タイトル: Architecture and activation mechanism of the bacterial PARIS defence system 著者: Deep, A. / Liang, Q. / Enustun, E. / Pogliano, J. / Corbett, K.D. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8v48.cif.gz | 549.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb8v48.ent.gz | 456.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8v48.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8v48_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 8v48_full_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8v48_validation.xml.gz | 93.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8v48_validation.cif.gz | 142.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v4/8v48 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/v4/8v48 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 42968MC 8v45C 8v46C 8v47C 8v49C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 53287.113 Da / 分子数: 6 / 変異: E393Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli B185 (大腸菌) / 遺伝子: ECDG_03487 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 PlysS / 参照: UniProt: D6IC77 #2: タンパク質 | 分子量: 34749.578 Da / 分子数: 3 / 変異: E90A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli B185 (大腸菌) / 遺伝子: ECDG_03486 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 PlysS / 参照: UniProt: D6IC76 #3: 化合物 | ChemComp-ATP / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: AriAB complex / タイプ: COMPLEX / 詳細: AriA-AriB / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
分子量 | 値: 0.39 MDa / 実験値: YES | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Escherichia coli B185 (大腸菌) | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: Rosetta2 pLysS | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
| ||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 278 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm / Cs: 2.7 mm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5058 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
-解析
EMソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.21rc1_5127 / カテゴリ: モデル精密化 | ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.68 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 24138 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|