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万見
- PDB-8v3l: Microtubule inner proteins in the 48-nm doublet microtubule from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8v3l
タイトルMicrotubule inner proteins in the 48-nm doublet microtubule from the proximal region of Tetrahymena thermophila strain K40R
要素
  • BMIP1
  • CCDC81B
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Cilia / Axoneme / Doublet Microtubule / Microtubule Inner Protein
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
CCDC81, HU domain 1 / CCDC81, HU domain 2 / CCDC81 eukaryotic HU domain 1 / CCDC81 eukaryotic HU domain 2 / : / EF hand / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. ...CCDC81, HU domain 1 / CCDC81, HU domain 2 / CCDC81 eukaryotic HU domain 1 / CCDC81 eukaryotic HU domain 2 / : / EF hand / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair
類似検索 - ドメイン・相同性
EF-hand protein / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Tetrahymena thermophila (真核生物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å
データ登録者Legal, T. / Bui, K.H.
資金援助 カナダ, 2件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)PJT-190195 カナダ
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)RGPIN-2022-04774 カナダ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: 48-nm doublet microtubule from the proximal region of Tetrahymena thermophila strain K40R
著者: Bui, K.H.
履歴
登録2023年11月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年5月1日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CCDC81B
A1: BMIP1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)207,8772
ポリマ－207,8772
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 CCDC81B


分子量: 179311.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: K40R / 参照: UniProt: I7M688
#2: タンパク質 BMIP1


分子量: 28564.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: K40R / 参照: UniProt: I7MB72

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: CELL / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: 48-nm proximal repeat unit of microtubule doublet from Tetrahymena thermophila strain K40R
タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT
詳細: Single Particle Analysis of the proximal 48-nm repeating unit of the axoneme from intact cilia purified from Tetrahymena strain K40R
Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量値: 7.6 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: K40R / Organelle: Cilia
緩衝液pH: 7.4
試料濃度: 2.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 45 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Topaz粒子像選択
2SerialEM画像取得
4GctfCTF補正
7UCSF ChimeraXモデルフィッティング
10RELION3.1最終オイラー角割当
11cryoSPARC2.3最終オイラー角割当
14PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 45618 / 対称性のタイプ: POINT
EM volume selectionNum. of tomograms: 32 / Num. of volumes extracted: 2608
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL
原子モデル構築
ID 3D fitting-IDAccession codeChain-IDInitial refinement model-IDSource nameタイプ
11I7MB72A11AlphaFoldin silico model
21I7M688A2AlphaFoldin silico model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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