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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-42949 | |||||||||
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タイトル | Microtubule inner proteins in the 48-nm doublet microtubule from the proximal region of Tetrahymena thermophila strain K40R | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Cilia (繊毛) / Axoneme / Doublet Microtubule / Microtubule Inner Protein / STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Tetrahymena thermophila (真核生物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Legal T / Bui KH / Yang SK | |||||||||
資金援助 | カナダ, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: 48-nm doublet microtubule from the proximal region of Tetrahymena thermophila strain K40R 著者: Bui KH | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_42949.map.gz | 463.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-42949-v30.xml emd-42949.xml | 17.1 KB 17.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_42949_fsc.xml | 16.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_42949.png | 146.6 KB | ||
マスクデータ | emd_42949_msk_1.map | 512 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-42949.cif.gz | 6.6 KB | ||
その他 | emd_42949_half_map_1.map.gz emd_42949_half_map_2.map.gz | 475.4 MB 475.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-42949 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-42949 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8v3lMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_42949.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.37 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_42949_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_42949_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_42949_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : 48-nm proximal repeat unit of microtubule doublet from Tetrahymen...
全体 | 名称: 48-nm proximal repeat unit of microtubule doublet from Tetrahymena thermophila strain K40R |
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要素 |
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-超分子 #1: 48-nm proximal repeat unit of microtubule doublet from Tetrahymen...
超分子 | 名称: 48-nm proximal repeat unit of microtubule doublet from Tetrahymena thermophila strain K40R タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: Single Particle Analysis of the proximal 48-nm repeating unit of the axoneme from intact cilia purified from Tetrahymena strain K40R |
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由来(天然) | 生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: K40R / Organelle: Cilia |
分子量 | 理論値: 7.6 MDa |
-分子 #1: CCDC81B
分子 | 名称: CCDC81B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: K40R |
分子量 | 理論値: 179.311766 KDa |
配列 | 文字列: MRSVISEQSL ASTKTQKLFN NLISKGQSKI PLLEGQLDEE SLTKTWGAFG LYLSRQLRMG RGTNIPHFGT FTFSAPECNL TGVTNPIER DKQFRVPVFL VSKEFVLGQP IKTGIFIDKH IRPYNVQTSG SISVTKINFT EIAQYADQNK EAVKISFERI I RQLADQTR ...文字列: MRSVISEQSL ASTKTQKLFN NLISKGQSKI PLLEGQLDEE SLTKTWGAFG LYLSRQLRMG RGTNIPHFGT FTFSAPECNL TGVTNPIER DKQFRVPVFL VSKEFVLGQP IKTGIFIDKH IRPYNVQTSG SISVTKINFT EIAQYADQNK EAVKISFERI I RQLADQTR QKRVVDMEIP GIGVFQVRNN IAAVHFDEYL IQNIKGVPKR PLSERKQKGD MNLTADRLSM LENTSRIGAD AE QYLKTKL GIDIDNISTK SRPLTAVRNA STSNLLQPNN KTLQRPATST TLRQSAINLK QPELGPLEFG LKRLKFWIRQ NCF NAQDAF LEMCNCALGR TRAQRVKVDY KQFFEAINKM ELDLNEEQIQ ELFKQLDANK DGYINYTDWR NTIKDDNDHL QYIK DVIYK RQLHTDDVLK TMGLDREHPP INKYQLKDAL KKLDLTLTDI KAIRVAQTLL GHEEYISMYD LARSFETIEE DDKIF DPSW FKDILYKIKQ KIMALENPNE IRESFENYDE HNEGILDTAN FKTCLMRSQL KLTVKEINRI VRYLPKVKVN NIDYYN FLK LVERVDINAS APDAVSDISE FAVKLGKFIK DKKFTIPSFL KTVRRFSFVL DSSNNQDYFV TLTQMSEFLH RNVFKGN DR LDIDFYVNEL DIDCDGYIKE NDVQSFLNRY TYFDQTQYTP LSMTRSLTLK SLDPRTVSMN TKTLYPFKAL SEAKVDTI L RDLRKKMELK KMKAAELFST LDADQDGFLT INEFSENIRK IIELSQPAID GFFAYMDKLH TGMVDLSSFL KVMRKSIVT KDQPIKEDNF DWENEMVFRI RQWFKKEGIT VEDSFRAIDQ NFKREINVDD LEIFLKDCLK VKSEELNKAK LDRLFKLIDQ YKRGKVNFV DWKRFIMEDF GYGMNQTIMG GKKIDNISSF DWKINARQQL GLVLTRRFST LSHSFDVISG YRKKLLFSHF K KWVQDTDA LRGFDLTESL MQELFSDLDS HNKGYLSESD WEIAFGGFDW EHQMHEEIKE YVKQNFKSIE KAFEFFCQGN QN KIIEQAD FNKAINSILP KRFIDSDLKD LWVYVSSGQP QVDFHRFKIA FQKYIPHYER TIEYDQENMR PKTAGPLSSL SKS TSWNNI YGASQLNGNS QNPFGTSSIV DGNEDDVFEE KLLSKIRRLL RPTIKSVKKV LEQLDVNNIG YITNLEFRNA IKTL NLGLA QNEVDLLLNI CEIDGRVNIK QFLKFIDFSE SDKKIVQRSI LKLREITNQV YTFLLSPKDA FRMFDVDSNG YLDFD QFSQ FIGKLSQLSG HDMLPYSIIK DLFEYIDSKK DGVIDQAEWM DIFNKFEYVP QASINKQPLS KATVYNLQKR PQTSFN KST LNELPHNKFN LEYISSNYPL TVKNEKIHQI SDKEKYGTMN KFFDEVERQP ESKPVQDNHF NQILGEWGKT KEFDKII IS IGKNRRFLLD MFGSLQQRNI PITFERAKAI IGQMLRNSGQ SLKEESWPII LKFAERNGLI DYKFLLEVYK ERIKRIDS H PIMSRNRSLQ KFTS UniProtKB: EF-hand protein |
-分子 #2: BMIP1
分子 | 名称: BMIP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: K40R |
分子量 | 理論値: 28.564789 KDa |
配列 | 文字列: MQSTITSTTS LTPQQILNQI IKPEYIKYYS DWIHTANEKE ARGLQLLGAI YKHKGSKKFR AKPPSVQLQQ LHAQQEFDFQ KAEEMYRKS QITSSYGQEF GYLQKDLKPT QNVFKYKKCS DLPFAKPLSD LAKLFIDNWI ELNDELEFQE LVLACLRSLH S RCIAQEVP ...文字列: MQSTITSTTS LTPQQILNQI IKPEYIKYYS DWIHTANEKE ARGLQLLGAI YKHKGSKKFR AKPPSVQLQQ LHAQQEFDFQ KAEEMYRKS QITSSYGQEF GYLQKDLKPT QNVFKYKKCS DLPFAKPLSD LAKLFIDNWI ELNDELEFQE LVLACLRSLH S RCIAQEVP KTEMKTKYEW KEDWNLSKPI RIDKAGSDLK AYKTNYNAIF KQRLKQEHIN EQLKQLDNSD FAKQLKIFKP FK IN UniProtKB: Uncharacterized protein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | cell |
-試料調製
濃度 | 2.2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 45.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT | ||||||
得られたモデル | PDB-8v3l: |