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- PDB-8uxn: Caulobacter crescentus FljM flagellar filament (symmetrized) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8uxn
タイトルCaulobacter crescentus FljM flagellar filament (symmetrized)
要素Flagellin FljM
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / flagellin / flagellar filament
機能・相同性Flagellin, C-terminal domain / Bacterial flagellin C-terminal helical region / Flagellin / Flagellin, N-terminal domain / Bacterial flagellin N-terminal helical region / bacterial-type flagellum / structural molecule activity / extracellular region / Flagellin FljM
機能・相同性情報
生物種Caulobacter vibrioides (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.11 Å
データ登録者Sanchez, J.C. / Montemayor, E.J. / Ploscariu, N.T. / Parrell, D. / Baumgardt, J.K. / Yang, J.E. / Sibert, B. / Cai, K. / Wright, E.R.
資金援助 米国, 5件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM104540 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U24 GM139168 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-SC0018409 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32 GM135066 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)F32 GM143854 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Direct evidence for multi-flagellin filament stabilization via atomic-level architecture of Caulobacter crescentus flagellar filaments
著者: Sanchez, J.C. / Montemayor, E.J. / Ploscariu, N.T. / Parrell, D. / Baumgardt, J.K. / Yang, J.E. / Sibert, B. / Cai, K. / Wright, E.R.
履歴
登録2023年11月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年6月26日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年6月26日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年6月26日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年6月26日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年6月26日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年6月26日Data content type: Mask / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年6月26日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12026年3月4日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model
Item: _em_admin.last_update
改定 1.12026年3月4日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / pdbx_initial_refinement_model / Data content type: EM metadata / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Flagellin FljM
B: Flagellin FljM
C: Flagellin FljM
D: Flagellin FljM
E: Flagellin FljM
F: Flagellin FljM
G: Flagellin FljM
H: Flagellin FljM
I: Flagellin FljM
J: Flagellin FljM
K: Flagellin FljM
L: Flagellin FljM
M: Flagellin FljM
N: Flagellin FljM
O: Flagellin FljM
P: Flagellin FljM
Q: Flagellin FljM
R: Flagellin FljM
S: Flagellin FljM
T: Flagellin FljM
U: Flagellin FljM
V: Flagellin FljM
W: Flagellin FljM
X: Flagellin FljM
Y: Flagellin FljM
Z: Flagellin FljM
a: Flagellin FljM
b: Flagellin FljM
c: Flagellin FljM
d: Flagellin FljM
e: Flagellin FljM
f: Flagellin FljM
g: Flagellin FljM
h: Flagellin FljM
i: Flagellin FljM
j: Flagellin FljM
k: Flagellin FljM
l: Flagellin FljM
m: Flagellin FljM
n: Flagellin FljM
o: Flagellin FljM
p: Flagellin FljM
q: Flagellin FljM
r: Flagellin FljM


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,229,81144
ポリマ－1,229,81144
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 ...
Flagellin FljM


分子量: 27950.240 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caulobacter vibrioides (バクテリア) / 株: NA1000 / 参照: UniProt: O52529
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: FljM flagellar filament (symmetrized) / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量値: 0.28 kDa/nm / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Caulobacter vibrioides (バクテリア) / 株: NA1000
緩衝液pH: 7.4
緩衝液成分名称: phosphate buffered saline
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 293 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / C2レンズ絞り径: 70 µm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 45 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1Topaz粒子像選択topaz-filament
2EPU画像取得
4RELION4CTF補正
7Cootモデルフィッティング
8UCSF ChimeraXモデルフィッティング
10RELION4初期オイラー角割当
11cryoSPARC4.1最終オイラー角割当
12cryoSPARC4.1分類
13cryoSPARC4.1３次元再構成
14PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: 65.93 ° / 軸方向距離/サブユニット: 4.73 Å / らせん対称軸の対称性: C1
3次元再構成解像度: 2.11 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 248115 / 対称性のタイプ: HELICAL
原子モデル構築B value: 67 / 空間: REAL
原子モデル構築Accession code: O52529 / Source name: AlphaFold
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00885448
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.665115632
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.46611968
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04814872
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00414784

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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