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- PDB-8ux9: Asymmetric unit of the PARIS Immune Complex at 3.2 Angstrom Resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ux9
タイトルAsymmetric unit of the PARIS Immune Complex at 3.2 Angstrom Resolution
要素
  • AriA
  • AriB
キーワードIMMUNE SYSTEM / PARIS / AriA / AriB / DUF4435
機能・相同性PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / : / :
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli B185 (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Burman, N.B. / Henriques, W. / Wilkinson, R. / Graham, A. / Wiedenheft, B.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM134867 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2024
タイトル: A virally encoded tRNA neutralizes the PARIS antiviral defence system.
著者: Nathaniel Burman / Svetlana Belukhina / Florence Depardieu / Royce A Wilkinson / Mikhail Skutel / Andrew Santiago-Frangos / Ava B Graham / Alexei Livenskyi / Anna Chechenina / Natalia ...著者: Nathaniel Burman / Svetlana Belukhina / Florence Depardieu / Royce A Wilkinson / Mikhail Skutel / Andrew Santiago-Frangos / Ava B Graham / Alexei Livenskyi / Anna Chechenina / Natalia Morozova / Trevor Zahl / William S Henriques / Murat Buyukyoruk / Christophe Rouillon / Baptiste Saudemont / Lena Shyrokova / Tatsuaki Kurata / Vasili Hauryliuk / Konstantin Severinov / Justine Groseille / Agnès Thierry / Romain Koszul / Florian Tesson / Aude Bernheim / David Bikard / Blake Wiedenheft / Artem Isaev /
要旨: Viruses compete with each other for limited cellular resources, and some deliver defence mechanisms that protect the host from competing genetic parasites. The phage antirestriction induced system ...Viruses compete with each other for limited cellular resources, and some deliver defence mechanisms that protect the host from competing genetic parasites. The phage antirestriction induced system (PARIS) is a defence system, often encoded in viral genomes, that is composed of a 55 kDa ABC ATPase (AriA) and a 35 kDa TOPRIM nuclease (AriB). However, the mechanism by which AriA and AriB function in phage defence is unknown. Here we show that AriA and AriB assemble into a 425 kDa supramolecular immune complex. We use cryo-electron microscopy to determine the structure of this complex, thereby explaining how six molecules of AriA assemble into a propeller-shaped scaffold that coordinates three subunits of AriB. ATP-dependent detection of foreign proteins triggers the release of AriB, which assembles into a homodimeric nuclease that blocks infection by cleaving host lysine transfer RNA. Phage T5 subverts PARIS immunity through expression of a lysine transfer RNA variant that is not cleaved by PARIS, thereby restoring viral infection. Collectively, these data explain how AriA functions as an ATP-dependent sensor that detects viral proteins and activates the AriB toxin. PARIS is one of an emerging set of immune systems that form macromolecular complexes for the recognition of foreign proteins, rather than foreign nucleic acids.
履歴
登録2023年11月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月2日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / em_admin / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AriB
B: AriA
C: AriA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,5375
ポリマ－142,4903
非ポリマー1,0462
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 AriB


分子量: 35849.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: AriB, DUF4435 and TOPRIM-containing protein and effector of the PARIS immune complex.
由来: (組換発現) Escherichia coli B185 (大腸菌) / 遺伝子: ECDG_03486 / プラスミド: pRSF-Duet / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: D6IC76
#2: タンパク質 AriA


分子量: 53320.164 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: AriA, ABC-ATPase, Sensor of PARIS-mediated immunity / 由来: (組換発現) Escherichia coli B185 (大腸菌) / 遺伝子: ECDG_03487 / プラスミド: pRSF-Duet / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: D6IC77
#3: 化合物 ChemComp-AGS / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-GAMMA-S / ADENOSINE 5'-(3-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE 5'-(GAMMA-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE MONOTHIOPHOSPHATE / ATP-γ-S


分子量: 523.247 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3S
コメント: ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Asymmetric unit of the PARIS immune complex with AriA bound to two molecules of ATPGS and inactive AriB effector.
タイプ: COMPLEX
詳細: Map generated by local refinement of one asymmetric unit of the intact PARIS complex.
Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Escherichia coli B185 (大腸菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / プラスミド: pRSF-Duet
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
125 mMTris1
2150 mMSodium ChlorideNaCl1
35 %Glycerol1
41 mMATP gamma S1
試料濃度: 5.8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 297 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 36000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 56.42 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7340

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC4.3.1粒子像選択
2SerialEM画像取得
4cryoSPARC4.3.1CTF補正
7UCSF ChimeraXモデルフィッティング
9cryoSPARC4.3.1初期オイラー角割当
10cryoSPARC4.3.1最終オイラー角割当
11cryoSPARC4.3.1分類
12cryoSPARC4.3.1３次元再構成
13PHENIX1.20.1_4487:モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 532010 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0037944
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.50110858
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d7.5281201
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0451303
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0051368

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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