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- EMDB-42719: Asymmetric unit of the PARIS Immune Complex at 3.2 Angstrom Resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-42719
タイトルAsymmetric unit of the PARIS Immune Complex at 3.2 Angstrom Resolution
マップデータ
試料
  • 複合体: Asymmetric unit of the PARIS immune complex with AriA bound to two molecules of ATPGS and inactive AriB effector.
    • タンパク質・ペプチド: AriB
    • タンパク質・ペプチド: AriA
  • リガンド: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
キーワードPARIS / AriA / AriB / DUF4435 / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性: / :
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli B185 (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Burman NB / Henriques W / Wilkinson R / Graham A / Wiedenheft B
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM134867 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2024
タイトル: A virally encoded tRNA neutralizes the PARIS antiviral defence system.
著者: Nathaniel Burman / Svetlana Belukhina / Florence Depardieu / Royce A Wilkinson / Mikhail Skutel / Andrew Santiago-Frangos / Ava B Graham / Alexei Livenskyi / Anna Chechenina / Natalia ...著者: Nathaniel Burman / Svetlana Belukhina / Florence Depardieu / Royce A Wilkinson / Mikhail Skutel / Andrew Santiago-Frangos / Ava B Graham / Alexei Livenskyi / Anna Chechenina / Natalia Morozova / Trevor Zahl / William S Henriques / Murat Buyukyoruk / Christophe Rouillon / Baptiste Saudemont / Lena Shyrokova / Tatsuaki Kurata / Vasili Hauryliuk / Konstantin Severinov / Justine Groseille / Agnès Thierry / Romain Koszul / Florian Tesson / Aude Bernheim / David Bikard / Blake Wiedenheft / Artem Isaev /
要旨: Viruses compete with each other for limited cellular resources, and some deliver defence mechanisms that protect the host from competing genetic parasites. The phage antirestriction induced system ...Viruses compete with each other for limited cellular resources, and some deliver defence mechanisms that protect the host from competing genetic parasites. The phage antirestriction induced system (PARIS) is a defence system, often encoded in viral genomes, that is composed of a 55 kDa ABC ATPase (AriA) and a 35 kDa TOPRIM nuclease (AriB). However, the mechanism by which AriA and AriB function in phage defence is unknown. Here we show that AriA and AriB assemble into a 425 kDa supramolecular immune complex. We use cryo-electron microscopy to determine the structure of this complex, thereby explaining how six molecules of AriA assemble into a propeller-shaped scaffold that coordinates three subunits of AriB. ATP-dependent detection of foreign proteins triggers the release of AriB, which assembles into a homodimeric nuclease that blocks infection by cleaving host lysine transfer RNA. Phage T5 subverts PARIS immunity through expression of a lysine transfer RNA variant that is not cleaved by PARIS, thereby restoring viral infection. Collectively, these data explain how AriA functions as an ATP-dependent sensor that detects viral proteins and activates the AriB toxin. PARIS is one of an emerging set of immune systems that form macromolecular complexes for the recognition of foreign proteins, rather than foreign nucleic acids.
履歴
登録2023年11月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年9月18日-
マップ公開2024年9月18日-
更新2025年4月2日-
現状2025年4月2日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_42719.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_42719.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 300 pix.
= 331.2 Å		1.1 Å/pix.
x 300 pix.
= 331.2 Å		1.1 Å/pix.
x 300 pix.
= 331.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.104 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.05
最小 - 最大-0.0017235558 - 1.7099967
平均 (標準偏差)0.0005765565 (±0.016854938)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 331.19998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Asymmetric unit of the PARIS immune complex with AriA bound to tw...

全体名称: Asymmetric unit of the PARIS immune complex with AriA bound to two molecules of ATPGS and inactive AriB effector.
要素
  • 複合体: Asymmetric unit of the PARIS immune complex with AriA bound to two molecules of ATPGS and inactive AriB effector.
    • タンパク質・ペプチド: AriB
    • タンパク質・ペプチド: AriA
  • リガンド: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER

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超分子 #1: Asymmetric unit of the PARIS immune complex with AriA bound to tw...

超分子名称: Asymmetric unit of the PARIS immune complex with AriA bound to two molecules of ATPGS and inactive AriB effector.
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
詳細: Map generated by local refinement of one asymmetric unit of the intact PARIS complex.
由来(天然)生物種: Escherichia coli B185 (大腸菌)

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分子 #1: AriB

分子名称: AriB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: AriB, DUF4435 and TOPRIM-containing protein and effector of the PARIS immune complex.
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli B185 (大腸菌)
分子量理論値: 35.849762 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MSSCAYTIDS YITLLTMSSK KRLLVEGRHD RSHLYQLIYK FNPASKVKID TAQDIKASDK AMSKNNRLKI ETIHSKVKGK DNISFLCDR EFREFAFNDQ IEDLLNSHYC DDSLYWTLGH SLENYFFNPS IIIDAFQFLS PSEYKYKAIE LFSELISSSF A VLAAVSLA ...文字列:
MSSCAYTIDS YITLLTMSSK KRLLVEGRHD RSHLYQLIYK FNPASKVKID TAQDIKASDK AMSKNNRLKI ETIHSKVKGK DNISFLCDR EFREFAFNDQ IEDLLNSHYC DDSLYWTLGH SLENYFFNPS IIIDAFQFLS PSEYKYKAIE LFSELISSSF A VLAAVSLA AKDIDKAGLP AALIDWKDIV INDGTIKLIR RDSYDIDSAC VDSFFNAFDA VLPRVIASDV GICSRVVRGH TG ILLLQKL FSACLYYVGR EDDALQADSS ANYFCNLSEL SLTTALAESW VRKIGVLEDV YFPDSLLKNI EWSHPQFEK

UniProtKB: UNIPROTKB: D6IC76

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分子 #2: AriA

分子名称: AriA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: AriA, ABC-ATPase, Sensor of PARIS-mediated immunity / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli B185 (大腸菌)
分子量理論値: 53.320164 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MAIRTISKIE LSKIHNRYNL TVDFFNDLNV IHGKNGAGKS TLIHVIANIV NGDFIRFAFL IFEEIKATYS DGLKIVIRRD KIDEQSFIS VTLSNGKYIK FAVGEAMATV REIESERHLR ERDVKSMLAM DIDKFVKENE LQKVRASYFP AFRTMLEAWS S SSDVGYER ...文字列:
MAIRTISKIE LSKIHNRYNL TVDFFNDLNV IHGKNGAGKS TLIHVIANIV NGDFIRFAFL IFEEIKATYS DGLKIVIRRD KIDEQSFIS VTLSNGKYIK FAVGEAMATV REIESERHLR ERDVKSMLAM DIDKFVKENE LQKVRASYFP AFRTMLEAWS S SSDVGYER RVIRSSFYNR KASAFARELF GQFLPSINYP SPMEIEDRLR EEIRRAQLGI AAYESRTFSE SFVKVFSALF DN SSVEGEI TGELLKEIEG LAIAQDSSIK NGYYAEYSKV YEEIRSLINR NLKGKVENSV SGALVVYRDA LRDRQDYQEK AFS EIDNYM SSVNSFLEDK EMAYDFDLRR KYPKVGLKFP DGSWSPIRVL SSGERQLLTM LYAASKMGDD AIVLIDEPEI SLHI DWQED LLKRMLSQLS GRQIIVCTHS PSIATGYEDF MINISPEFIS SRDNDNHKDS EEMEEDESL

UniProtKB: UNIPROTKB: D6IC77

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分子 #3: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: AGS
分子量理論値: 523.247 Da
Chemical component information

ChemComp-AGS:
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-γ-S / ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度5.8 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度名称式
25.0 mMTris
150.0 mMSodium ChlorideNaCl
5.0 %Glycerol
1.0 mMATP gamma S
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 45 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 297 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7340 / 平均電子線量: 56.42 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 36000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 1 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3.1) / 使用した粒子像数: 532010
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3.1)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
得られたモデル

PDB-8ux9:
Asymmetric unit of the PARIS Immune Complex at 3.2 Angstrom Resolution

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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