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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8urq | ||||||
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タイトル | Spo11 core complex with gapped DNA | ||||||
要素 |
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キーワード | DNA BINDING PROTEIN / Spo11 / Rec102 / Rec104 / Ski8 / DNA binding / Cross over. | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 meiotic DNA double-strand break processing / mRNA decay by 3' to 5' exoribonuclease / Ski complex / protein-DNA complex assembly / meiotic DNA double-strand break formation / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, 3'-5' exonucleolytic nonsense-mediated decay / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, non-stop decay / DNA end binding / synaptonemal complex assembly / homologous chromosome pairing at meiosis ...meiotic DNA double-strand break processing / mRNA decay by 3' to 5' exoribonuclease / Ski complex / protein-DNA complex assembly / meiotic DNA double-strand break formation / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, 3'-5' exonucleolytic nonsense-mediated decay / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, non-stop decay / DNA end binding / synaptonemal complex assembly / homologous chromosome pairing at meiosis / meiosis I / reciprocal meiotic recombination / DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / nuclear chromosome / sporulation resulting in formation of a cellular spore / mRNA catabolic process / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / condensed nuclear chromosome / site of double-strand break / protein-containing complex assembly / defense response to virus / chromatin binding / DNA binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | ||||||
データ登録者 | Yu, Y. / Patel, D.J. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024 タイトル: Cryo-EM structures of the Spo11 core complex bound to DNA. 著者: You Yu / Juncheng Wang / Kaixian Liu / Zhi Zheng / Meret Arter / Corentin Claeys Bouuaert / Stephen Pu / Dinshaw J Patel / Scott Keeney / 要旨: DNA double-strand breaks that initiate meiotic recombination are formed by the topoisomerase-relative enzyme Spo11, supported by conserved auxiliary factors. Because high-resolution structural data ...DNA double-strand breaks that initiate meiotic recombination are formed by the topoisomerase-relative enzyme Spo11, supported by conserved auxiliary factors. Because high-resolution structural data have not been available, many questions remain about the architecture of Spo11 and its partners and how they engage with DNA. We report cryo-electron microscopy structures at up to 3.3-Å resolution of DNA-bound core complexes of Saccharomyces cerevisiae Spo11 with Rec102, Rec104 and Ski8. In these structures, monomeric core complexes make extensive contacts with the DNA backbone and with the recessed 3'-OH and first 5' overhanging nucleotide, establishing the molecular determinants of DNA end-binding specificity and providing insight into DNA cleavage preferences in vivo. The structures of individual subunits and their interfaces, supported by functional data in yeast, provide insight into the role of metal ions in DNA binding and uncover unexpected structural variation in homologs of the Top6BL component of the core complex. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8urq.cif.gz | 232 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8urq.ent.gz | 174.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8urq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8urq_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8urq_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8urq_validation.xml.gz | 40.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8urq_validation.cif.gz | 60 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ur/8urq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ur/8urq | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 42497MC 8uruC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Meiotic recombination protein ... , 2種, 2分子 FB
#1: タンパク質 | 分子量: 20763.146 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 遺伝子: REC104, YHR157W 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P33323 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 30263.717 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 遺伝子: REC102, YLR329W, L8543.17 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q02721 |
-タンパク質 , 2種, 2分子 AC
#3: タンパク質 | 分子量: 50020.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 遺伝子: SPO11 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P23179 |
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#4: タンパク質 | 分子量: 44313.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 遺伝子: SKI8 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q02793 |
-DNA鎖 / 非ポリマー , 2種, 2分子 D
#5: DNA鎖 | 分子量: 21943.064 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) |
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#6: 化合物 | ChemComp-MG / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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Has protein modification | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Spo11 core complex bound to gapped DNA / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#5 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.14 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) |
由来(組換発現) | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
緩衝液 | pH: 7.4 詳細: 25 mM HEPES, pH 7.4, 300 mM NaCl, 5 mM EDTA, 2 mM DTT |
試料 | 濃度: 0.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 平均露光時間: 3 sec. / 電子線照射量: 53 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア | 名称: SerialEM / カテゴリ: 画像取得 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 548674 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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