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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8urb | ||||||||||||
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タイトル | Porcine epidemic diarrhea virus complete core polymerase complex | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | REPLICATION / TRANSFERASE/RNA / Coronavirus / nsp12 / RNA polymerase / PEDV / TRANSFERASE-RNA complex | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / host cell membrane / viral genome replication / 3'-5'-RNA exonuclease activity / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / omega peptidase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / endonuclease activity / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity ...endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / host cell membrane / viral genome replication / 3'-5'-RNA exonuclease activity / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / omega peptidase activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / endonuclease activity / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / cysteine-type deubiquitinase activity / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / viral protein processing / lyase activity / induction by virus of host autophagy / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Porcine epidemic diarrhea virus (ブタ流行性下痢ウイルス) synthetic construct (人工物) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Anderson, T.K. / Kirchdoerfer, R.N. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: bioRxiv / 年: 2023 タイトル: An alphacoronavirus polymerase structure reveals conserved co-factor functions. 著者: Thomas K Anderson / Peter J Hoferle / Kenneth W Lee / Joshua J Coon / Robert N Kirchdoerfer / 要旨: Coronaviruses are a diverse subfamily of viruses containing pathogens of humans and animals. This subfamily of viruses replicates their RNA genomes using a core polymerase complex composed of viral ...Coronaviruses are a diverse subfamily of viruses containing pathogens of humans and animals. This subfamily of viruses replicates their RNA genomes using a core polymerase complex composed of viral non-structural proteins: nsp7, nsp8 and nsp12. Most of our understanding of coronavirus molecular biology comes from the betacoronaviruses like SARS-CoV and SARS-CoV-2, the latter of which is the causative agent of COVID-19. In contrast, members of the alphacoronavirus genus are relatively understudied despite their importance in human and animal health. Here we have used cryo-electron microscopy to determine the structure of the alphacoronavirus porcine epidemic diarrhea virus (PEDV) core polymerase complex bound to RNA. Our structure shows an unexpected nsp8 stoichiometry in comparison to other published coronavirus polymerase structures. Biochemical analysis shows that the N-terminal extension of one nsp8 is not required for RNA synthesis for alpha and betacoronaviruses as previously hypothesized. Our work shows the importance of studying diverse coronaviruses to reveal aspects of coronavirus replication while also identifying areas of conservation to be targeted by antiviral drugs. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8urb.cif.gz | 543.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8urb.ent.gz | 445.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8urb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8urb_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8urb_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8urb_validation.xml.gz | 48.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8urb_validation.cif.gz | 73.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ur/8urb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ur/8urb | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 42488MC 8g6rC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 3種, 4分子 ABDC
#1: タンパク質 | 分子量: 108994.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Porcine epidemic diarrhea virus (ブタ流行性下痢ウイルス) 遺伝子: 1b, ORF1a 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: U6BRU0 | ||
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#2: タンパク質 | 分子量: 21716.838 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Porcine epidemic diarrhea virus (ブタ流行性下痢ウイルス) 遺伝子: 1b, ORF1a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: U6BRU0 #3: タンパク質 | | 分子量: 9230.511 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Porcine epidemic diarrhea virus (ブタ流行性下痢ウイルス) 遺伝子: 1b, ORF1a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: U6BRU0 |
-RNA鎖 , 2種, 2分子 IJ
#4: RNA鎖 | 分子量: 10468.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#5: RNA鎖 | 分子量: 17740.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-非ポリマー , 1種, 2分子
#6: 化合物 |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Core polymerase complex of the porcine epidemic diarrhea virus composed of nsp12, nsp7, nsp8, and a short RNA substrate タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#5 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.185 MDa / 実験値: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Porcine epidemic diarrhea virus (ブタ流行性下痢ウイルス) | ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 103940 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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拘束条件 |
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