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- EMDB-42488: Porcine epidemic diarrhea virus complete core polymerase complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-42488
タイトルPorcine epidemic diarrhea virus complete core polymerase complex
マップデータSingle particle reconstruction of PEDV core polymerase complex
試料
  • 複合体: Core polymerase complex of the porcine epidemic diarrhea virus composed of nsp12, nsp7, nsp8, and a short RNA substrate
    • タンパク質・ペプチド: nsp12
    • タンパク質・ペプチド: nsp8
    • タンパク質・ペプチド: nsp7
    • RNA: RNA (33-MER)
    • RNA: RNA (55-MER)
  • リガンド: ZINC ION
キーワードCoronavirus / nsp12 / RNA polymerase / PEDV / REPLICATION / TRANSFERASE-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell membrane / viral genome replication / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / 5'-3' DNA helicase activity / 3'-5'-RNA exonuclease activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / omega peptidase activity / endonuclease activity / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / methyltransferase cap1 activity ...host cell membrane / viral genome replication / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / 5'-3' DNA helicase activity / 3'-5'-RNA exonuclease activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / omega peptidase activity / endonuclease activity / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / methyltransferase cap1 activity / cysteine-type deubiquitinase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / regulation of autophagy / viral protein processing / lyase activity / viral translational frameshifting / symbiont-mediated activation of host autophagy / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Nonstructural protein 14, alphacoronavirus / RNA-dependent RNA polymerase, alphacoronavirus / : / Non-structural protein 5, alphacoronavirus / Non-structural protein 6, alphacoronavirus / Nonstructural protein 2, HCoV-229E-like / AAA domain / Pectin lyase fold/virulence factor / NSP15, NendoU domain, coronavirus / Nonstructural protein 15, middle domain, alpha/betacoronavirus ...Nonstructural protein 14, alphacoronavirus / RNA-dependent RNA polymerase, alphacoronavirus / : / Non-structural protein 5, alphacoronavirus / Non-structural protein 6, alphacoronavirus / Nonstructural protein 2, HCoV-229E-like / AAA domain / Pectin lyase fold/virulence factor / NSP15, NendoU domain, coronavirus / Nonstructural protein 15, middle domain, alpha/betacoronavirus / Nonstructural protein 15, N-terminal domain, alpha/beta-coronavirus / NSP14, guanine-N7-methyltransferase domain, coronavirus / Coronavirus (CoV) guanine-N7-methyltransferase (N7-MTase) domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp15 N-terminal oligomerization domain profile. / NSP12 RNA-dependent RNA polymerase, coronavirus / : / Coronavirus Nsp12 RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) domain profile. / Coronavirus Nsp12 Interface domain profile. / : / : / Coronavirus Nonstructural protein 13, 1B domain / Coronavirus Non-structural protein 13, zinc-binding domain / Coronavirus Nonstructural protein 13, stalk domain / Nidovirus 2-O-methyltransferase / Nidovirus 2'-O-methyltransferase (2'-O-MTase) domain profile. / Non-structural protein NSP15, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP15, middle domain superfamily / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerization / Nonstructural protein 15, middle domain, coronavirus / Nonstructural protein 13, 1B domain, coronavirus / Coronavirus replicase NSP15, middle domain / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerisation / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease domain / Nidovirus 3'-5' exoribonuclease (ExoN) domain profile. / Non-structural protein NSP16, coronavirus-like / Non-structural protein 14, coronavirus / RNA polymerase, N-terminal, coronavirus / Coronavirus 2'-O-methyltransferase / Coronavirus proofreading exoribonuclease / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase, N-terminal / Nonstructural protein 13, zinc-binding domain, coronavirus-like / Coronaviridae zinc-binding (CV ZBD) domain profile. / Arterivirus Nsp11 N-terminal/Coronavirus NSP15 middle domain / Arterivirus Nsp11 N-terminal/coronavirus NSP15 middle (AV-Nsp11N/CoV-Nsp15M) domain profile. / Nidoviral uridylate-specific endoribonuclease (NendoU) domain profile. / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain profile. / Endoribonuclease EndoU-like / NendoU domain, nidovirus / Coronavirus replicase NSP15, uridylate-specific endoribonuclease / : / DNA2/NAM7 helicase-like, C-terminal / AAA domain / (+) RNA virus helicase core domain / (+)RNA virus helicase core domain profile. / Coronavirus replicase NSP2, N-terminal / : / Coronavirus replicase NSP2, C-terminal / Coronavirus (CoV) Nsp2 middle domain profile. / NSP1, globular domain, alpha/betacoronavirus / Coronavirus (CoV) Nsp1 globular domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 N-terminal domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp2 C-terminal domain profile. / Nonstructural protein 2, N-terminal domain, coronavirus / Non-structural protein 2, C-terminal domain, coronavirus / NSP3, second ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Coronavirus Nsp3a Ubl domain profile. / Coronavirus Nsp3d Ubl domain profile. / NSP3, first ubiquitin-like (Ubl) domain, coronavirus / Peptidase family C16 domain profile. / : / : / Coronavirus replicase NSP7 / Coronavirus 3Ecto domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp7 cofactor domain profile. / Coronavirus RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) Nsp8 cofactor domain profile. / Coronavirus Nsp9 single-stranded RNA (ssRNA)-binding domain profile. / Coronavirus (CoV) ExoN/MTase coactivator domain profile. / Coronavirus (CoV) Nsp3 Y domain profile. / Coronavirus Nsp4 C-terminal (Nsp4C) domain profile. / Coronavirus main protease (M-pro) domain profile. / Peptidase C30, coronavirus / Peptidase C16, coronavirus / Non-structural protein NSP9, coronavirus / Non-structural protein NSP7, coronavirus / Non-structural protein NSP8, coronavirus / RNA synthesis protein NSP10, coronavirus / Non-structural protein NSP4, C-terminal, coronavirus / RNA synthesis protein NSP10 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP9 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP7 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP8 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP4, C-terminal superfamily, coronavirus / Papain-like protease, thumb domain superfamily, coronavirus / Peptidase C30, domain 3, coronavirus / Non-structural protein 6, coronavirus / Coronavirus replicase NSP3, C-terminal / Non-structural protein NSP4, N-terminal, coronavirus / Coronavirus endopeptidase C30 / Coronavirus papain-like peptidase
類似検索 - ドメイン・相同性
ORF1ab polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Porcine epidemic diarrhea virus (ブタ流行性下痢ウイルス) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Anderson TK / Kirchdoerfer RN
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI123498 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI158463 米国
United States Department of Agriculture (USDA)WIS03099 米国
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2023
タイトル: An alphacoronavirus polymerase structure reveals conserved co-factor functions.
著者: Thomas K Anderson / Peter J Hoferle / Kenneth W Lee / Joshua J Coon / Robert N Kirchdoerfer /
要旨: Coronaviruses are a diverse subfamily of viruses containing pathogens of humans and animals. This subfamily of viruses replicates their RNA genomes using a core polymerase complex composed of viral ...Coronaviruses are a diverse subfamily of viruses containing pathogens of humans and animals. This subfamily of viruses replicates their RNA genomes using a core polymerase complex composed of viral non-structural proteins: nsp7, nsp8 and nsp12. Most of our understanding of coronavirus molecular biology comes from the betacoronaviruses like SARS-CoV and SARS-CoV-2, the latter of which is the causative agent of COVID-19. In contrast, members of the alphacoronavirus genus are relatively understudied despite their importance in human and animal health. Here we have used cryo-electron microscopy to determine the structure of the alphacoronavirus porcine epidemic diarrhea virus (PEDV) core polymerase complex bound to RNA. Our structure shows an unexpected nsp8 stoichiometry in comparison to other published coronavirus polymerase structures. Biochemical analysis shows that the N-terminal extension of one nsp8 is not required for RNA synthesis for alpha and betacoronaviruses as previously hypothesized. Our work shows the importance of studying diverse coronaviruses to reveal aspects of coronavirus replication while also identifying areas of conservation to be targeted by antiviral drugs.
履歴
登録2023年10月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年11月15日-
マップ公開2023年11月15日-
更新2023年11月15日-
現状2023年11月15日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_42488.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_42488.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Single particle reconstruction of PEDV core polymerase complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 256 pix.
= 272.384 Å		1.06 Å/pix.
x 256 pix.
= 272.384 Å		1.06 Å/pix.
x 256 pix.
= 272.384 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.064 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.179
最小 - 最大-1.3564203 - 2.2126753
平均 (標準偏差)0.0020907542 (±0.04851536)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 272.384 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_42488_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_42488_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_42488_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Core polymerase complex of the porcine epidemic diarrhea virus co...

全体名称: Core polymerase complex of the porcine epidemic diarrhea virus composed of nsp12, nsp7, nsp8, and a short RNA substrate
要素
  • 複合体: Core polymerase complex of the porcine epidemic diarrhea virus composed of nsp12, nsp7, nsp8, and a short RNA substrate
    • タンパク質・ペプチド: nsp12
    • タンパク質・ペプチド: nsp8
    • タンパク質・ペプチド: nsp7
    • RNA: RNA (33-MER)
    • RNA: RNA (55-MER)
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: Core polymerase complex of the porcine epidemic diarrhea virus co...

超分子名称: Core polymerase complex of the porcine epidemic diarrhea virus composed of nsp12, nsp7, nsp8, and a short RNA substrate
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Porcine epidemic diarrhea virus (ブタ流行性下痢ウイルス)
分子量理論値: 185 KDa

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分子 #1: nsp12

分子名称: nsp12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porcine epidemic diarrhea virus (ブタ流行性下痢ウイルス)
分子量理論値: 108.994758 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: STDMAYLNRV RGSSAARLEP CNGTDTQHVY RAFDIYNKDV ACLGKFLKVN CVRLKNLDKH DAFYVVKRCT KSAMEHEQSI YSRLEKCGA VAEHDFFTWK DGRAIYGNVC RKDLTEYTMM DLCYALRNFD ENNCDVLKSI LIKVGACEES YFNNKVWFDP V ENEDIHRV ...文字列:
STDMAYLNRV RGSSAARLEP CNGTDTQHVY RAFDIYNKDV ACLGKFLKVN CVRLKNLDKH DAFYVVKRCT KSAMEHEQSI YSRLEKCGA VAEHDFFTWK DGRAIYGNVC RKDLTEYTMM DLCYALRNFD ENNCDVLKSI LIKVGACEES YFNNKVWFDP V ENEDIHRV YALLGTIVSR AMLKCVKFCD AMVEQGIVGV VTLDNQDLNG DFYDFGDFTC SIKGMGIPIC TSYYSYMMPV MG MTNCLAS ECFVKSDIFG EDFKSYDLLE YDFTEHKTAL FNKYFKYWGL QYHPNCVDCS DEQCIVHCAN FNTLFSTTIP ITA FGPLCR KCWIDGVPLV TTAGYHFKQL GIVWNNDLNL HSSRLSINEL LQFCSDPALL IASSPALVDQ RTVCFSVAAL GTGM TNQTV KPGHFNKEFY DFLLEQGFFS EGSELTLKHF FFAQKGDAAV KDFDYYRYNR PTVLDICQAR VVYQIVQRYF DIYEG GCIT AKEVVVTNLN KSAGYPLNKF GKAGLYYESL SYEEQDELYA YTKRNILPTM TQLNLKYAIS GKERARTVGG VSLLST MTT RQYHQKHLKS IVNTRGASVV IGTTKFYGGW DNMLKNLIDG VENPCLMGWD YPKCDRALPN MIRMISAMIL GSKHTTC CS STDRFFRLCN ELAQVLTEVV YSNGGFYLKP GGTTSGDATT AYANSVFNIF QAVSANVNKL LSVDSNVCHN LEVKQLQR K LYECCYRSTT VDDQFVVEYY GYLRKHFSMM ILSDDGVVCY NNDYASLGYV ADLNAFKAVL YYQNNVFMSA SKCWIEPDI NKGPHEFCSQ HTMQIVDKDG TYYLPYPDPS RILSAGVFVD DVVKTDAVVL LERYVSLAID AYPLSKHENP EYKKVFYVLL DWVKHLYKT LNAGVLESFS VTLLEDSTAK FWDESFYANM YEKSAVLQEN LYFQGSWSHP QFEKGGSGSS WSHPQFEK

UniProtKB: ORF1ab polyprotein

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分子 #2: nsp8

分子名称: nsp8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porcine epidemic diarrhea virus (ブタ流行性下痢ウイルス)
分子量理論値: 21.716838 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: SVASTYVGLP SYVIYENARQ QYEDAVNNGS PPQLVKQLRH AMNVAKSEFD REASTQRKLD RMAEQAAAQM YKEARAVNRK SKVVSAMHS LLFGMLRRLD MSSVDTILNL AKDGVVPLSV IPAVSATKLN IVTSDIDSYN RIQREGCVHY AGTIWNIIDI K DNDGKVVH ...文字列:
SVASTYVGLP SYVIYENARQ QYEDAVNNGS PPQLVKQLRH AMNVAKSEFD REASTQRKLD RMAEQAAAQM YKEARAVNRK SKVVSAMHS LLFGMLRRLD MSSVDTILNL AKDGVVPLSV IPAVSATKLN IVTSDIDSYN RIQREGCVHY AGTIWNIIDI K DNDGKVVH VKEVTAQNAE SLSWPLVLGC ERIVKLQ

UniProtKB: ORF1ab polyprotein

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分子 #3: nsp7

分子名称: nsp7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porcine epidemic diarrhea virus (ブタ流行性下痢ウイルス)
分子量理論値: 9.230511 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
SKLTDIKCSN VVLLGCLSSM NVSANSTEWA YCVDLHNKIN LCNDPEKAQE MLLALLAFFL SKNSAFGLDD LLESYFNDNS MLQ

UniProtKB: ORF1ab polyprotein

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分子 #4: RNA (33-MER)

分子名称: RNA (33-MER) / タイプ: rna / ID: 4 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 10.468266 KDa
配列文字列:
CAUUCUCCUA AGAAGCUAUU AAAAUCACAG AUU

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分子 #5: RNA (55-MER)

分子名称: RNA (55-MER) / タイプ: rna / ID: 5 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 17.740572 KDa
配列文字列:
CAGUGUCAUG GAAAAACAGA AAAAUCUGUG AUUUUAAUAG CUUCUUAGGA GAAUG

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分子 #6: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMNaClsodium chloride
25.0 mMHEPES
2.0 mMMgCl2Magnesium Chloride
2.0 mMdithiothreitol
6.0 mMCHAPSO
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 20 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7krp

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.1.0) / 使用した粒子像数: 103940
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.1.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.1.0)
最終 3次元分類クラス数: 1 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.1.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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