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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ufe | ||||||
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タイトル | Multidrug efflux pump EfpA from mycobacterium smegmatis | ||||||
要素 | Integral membrane efflux protein EfpA | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / multidrug efflux pump / EfpA / Mycobacterium smegmatis | ||||||
機能・相同性 | Major facilitator superfamily / Major Facilitator Superfamily / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / transmembrane transporter activity / MFS transporter superfamily / membrane / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / Putative MFS-type transporter EfpA 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.68 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, S. / Liao, M. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: Structures of the Mycobacterium tuberculosis efflux pump EfpA reveal the mechanisms of transport and inhibition. 著者: Shuhui Wang / Kun Wang / Kangkang Song / Zon Weng Lai / Pengfei Li / Dongying Li / Yajie Sun / Ye Mei / Chen Xu / Maofu Liao / 要旨: As the first identified multidrug efflux pump in Mycobacterium tuberculosis (Mtb), EfpA is an essential protein and promising drug target. However, the functional and inhibitory mechanisms of EfpA ...As the first identified multidrug efflux pump in Mycobacterium tuberculosis (Mtb), EfpA is an essential protein and promising drug target. However, the functional and inhibitory mechanisms of EfpA are poorly understood. Here we report cryo-EM structures of EfpA in outward-open conformation, either bound to three endogenous lipids or the inhibitor BRD-8000.3. Three lipids inside EfpA span from the inner leaflet to the outer leaflet of the membrane. BRD-8000.3 occupies one lipid site at the level of inner membrane leaflet, competitively inhibiting lipid binding. EfpA resembles the related lysophospholipid transporter MFSD2A in both overall structure and lipid binding sites and may function as a lipid flippase. Combining AlphaFold-predicted EfpA structure, which is inward-open, we propose a complete conformational transition cycle for EfpA. Together, our results provide a structural and mechanistic foundation to comprehend EfpA function and develop EfpA-targeting anti-TB drugs. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8ufe.cif.gz | 89.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8ufe.ent.gz | 64.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8ufe.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8ufe_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8ufe_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8ufe_validation.xml.gz | 27.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8ufe_validation.cif.gz | 38.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uf/8ufe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uf/8ufe | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 42205MC 8ufdC 8wm5C C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 48399.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) 遺伝子: efpA_1 / 発現宿主: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A653FLF0 |
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#2: 化合物 | ChemComp-PTY / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: 2D ARRAY / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: multidrug efflux pump MsEfpA / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) |
由来(組換発現) | 生物種: Mycolicibacterium smegmatis (バクテリア) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1200 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / カテゴリ: モデル精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.68 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 52150 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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