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万見
- PDB-8uej: ssRNA phage PhiCb5 virion -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8uej
タイトルssRNA phage PhiCb5 virion
要素
  • Coat protein
  • Maturation protein
キーワードVIRUS / ssRNA phage
機能・相同性Assembly protein / Phage maturation protein / virion attachment to host cell pilus / virion component / viral capsid / Maturation protein / Coat protein
機能・相同性情報
生物種Caulobacter phage phiCb5 (ファージ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Wang, Y. / Zhang, J.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)1R01GM141659 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2024
タイトル: Structural mechanisms of Tad pilus assembly and its interaction with an RNA virus.
著者: Yuhang Wang / Matthew Theodore / Zhongliang Xing / Utkarsh Narsaria / Zihao Yu / Lanying Zeng / Junjie Zhang /
要旨: Tad (tight adherence) pili, part of the type IV pili family, are crucial for mechanosensing, surface adherence, bacteriophage (phage) adsorption, and cell-cycle regulation. Unlike other type IV ... Tad (tight adherence) pili, part of the type IV pili family, are crucial for mechanosensing, surface adherence, bacteriophage (phage) adsorption, and cell-cycle regulation. Unlike other type IV pilins, Tad pilins lack the typical globular β sheet domain responsible for pilus assembly and phage binding. The mechanisms of Tad pilus assembly and its interaction with phage ΦCb5 have been elusive. Using cryo-electron microscopy, we unveiled the Tad pilus assembly mechanism, featuring a unique network of hydrogen bonds at its core. We then identified the Tad pilus binding to the ΦCb5 maturation protein (Mat) through its β region. Notably, the amino terminus of ΦCb5 Mat is exposed outside the capsid and phage/pilus interface, enabling the attachment of fluorescent and affinity tags. These engineered ΦCb5 virions can be efficiently assembled and purified in , maintaining infectivity against , which presents promising applications, including RNA delivery and phage display.
履歴
登録2023年10月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
AA: Coat protein
AB: Coat protein
AC: Coat protein
AG: Coat protein
AH: Coat protein
AI: Coat protein
AM: Coat protein
AN: Coat protein
AO: Coat protein
AS: Coat protein
AT: Coat protein
AU: Coat protein
AY: Coat protein
AZ: Coat protein
BA: Coat protein
BE: Coat protein
BF: Coat protein
BG: Coat protein
BK: Coat protein
BL: Coat protein
BM: Coat protein
BQ: Coat protein
BR: Coat protein
BS: Coat protein
BW: Coat protein
BX: Coat protein
BY: Coat protein
CC: Coat protein
CD: Coat protein
CE: Coat protein
CI: Coat protein
CJ: Coat protein
CK: Coat protein
CO: Coat protein
CP: Coat protein
CQ: Coat protein
CU: Coat protein
CV: Coat protein
CW: Coat protein
DA: Coat protein
DB: Coat protein
DC: Coat protein
DG: Coat protein
DH: Coat protein
DI: Coat protein
DM: Coat protein
DN: Coat protein
DO: Coat protein
DS: Coat protein
DT: Coat protein
DU: Coat protein
DY: Coat protein
DZ: Coat protein
EA: Coat protein
EE: Coat protein
EF: Coat protein
EG: Coat protein
EK: Coat protein
EL: Coat protein
EM: Coat protein
EQ: Coat protein
ER: Coat protein
ES: Coat protein
EW: Coat protein
EX: Coat protein
EY: Coat protein
FC: Coat protein
FD: Coat protein
FE: Coat protein
FI: Coat protein
FJ: Coat protein
FK: Coat protein
FO: Coat protein
FP: Coat protein
FQ: Coat protein
FU: Coat protein
FV: Coat protein
FW: Coat protein
GA: Coat protein
GB: Coat protein
GC: Coat protein
GG: Coat protein
GH: Coat protein
GI: Coat protein
GM: Coat protein
GN: Coat protein
GO: Coat protein
GS: Coat protein
GT: Coat protein
GU: Coat protein
GY: Coat protein
GZ: Coat protein
HC: Coat protein
HD: Coat protein
HE: Coat protein
HI: Coat protein
HJ: Coat protein
HK: Coat protein
HO: Coat protein
HP: Coat protein
HQ: Coat protein
HU: Coat protein
HV: Coat protein
HW: Coat protein
IA: Coat protein
IB: Coat protein
IC: Coat protein
IG: Coat protein
IH: Coat protein
II: Coat protein
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IN: Coat protein
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IS: Coat protein
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IU: Coat protein
IY: Coat protein
IZ: Coat protein
JA: Coat protein
JE: Coat protein
JF: Coat protein
JG: Coat protein
JK: Coat protein
JL: Coat protein
JM: Coat protein
JQ: Coat protein
JR: Coat protein
JS: Coat protein
JW: Coat protein
JX: Coat protein
JY: Coat protein
KC: Coat protein
KD: Coat protein
KE: Coat protein
KI: Coat protein
KJ: Coat protein
KK: Coat protein
KO: Coat protein
KP: Coat protein
KQ: Coat protein
KU: Coat protein
KV: Coat protein
KW: Coat protein
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LC: Coat protein
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LH: Coat protein
LI: Coat protein
LM: Coat protein
LN: Coat protein
LO: Coat protein
LS: Coat protein
LT: Coat protein
LU: Coat protein
LY: Coat protein
LZ: Coat protein
MA: Coat protein
ME: Coat protein
MF: Coat protein
MG: Coat protein
MK: Coat protein
ML: Coat protein
MM: Coat protein
MQ: Coat protein
MR: Coat protein
MS: Coat protein
MW: Coat protein
MX: Coat protein
NA: Coat protein
NB: Coat protein
NC: Coat protein
NG: Coat protein
NH: Coat protein
NI: Coat protein
NM: Coat protein
NN: Coat protein
NO: Coat protein
M: Maturation protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,453,002415
ポリマ－2,443,544179
非ポリマー9,458236
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 ...
Coat protein


分子量: 13498.981 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caulobacter phage phiCb5 (ファージ) / 参照: UniProt: D7RIC2
#2: タンパク質 Maturation protein


分子量: 40725.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caulobacter phage phiCb5 (ファージ) / 参照: UniProt: D7RIC1
#3: 化合物...
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 236 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: A complex of phiCb5 maturation protein and phiCb5 shell
タイプ: COMPLEX
詳細: A complex of phiCb5 maturation protein and phiCb5 shell
Entity ID: #1-#2 / 由来: NATURAL
分子量値: 2.1 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Caulobacter vibrioides (バクテリア)
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 20mM tris, 2mM MgCl2, 3mM CaCl2
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
12 mMMagnesium chlorideMgCl21
220 mMTrisC4H11NO31
33 mMCalcium chlorideCaCl21
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドのタイプ: C-flat-2/1
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 25000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 5000 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 272204 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.004176126
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.679238762
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.27124610
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04826788
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00630592

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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