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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8udg | ||||||||||||
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タイトル | S1V2-72 Fab bound to EHA2 from influenza B/Malaysia/2506/2004 | ||||||||||||
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![]() | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / immunoglobulin / complex / hemagglutinin / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() viral budding from plasma membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.98 Å | ||||||||||||
![]() | Finney, J. / Kong, S. / Walsh Jr, R.M. / Harrison, S.C. / Kelsoe, G. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Protective human antibodies against a conserved epitope in pre- and postfusion influenza hemagglutinin. 著者: Joel Finney / Annie Park Moseman / Susan Kong / Akiko Watanabe / Shengli Song / Richard M Walsh / Masayuki Kuraoka / Ryutaro Kotaki / E Ashley Moseman / Kevin R McCarthy / Dongmei Liao / ...著者: Joel Finney / Annie Park Moseman / Susan Kong / Akiko Watanabe / Shengli Song / Richard M Walsh / Masayuki Kuraoka / Ryutaro Kotaki / E Ashley Moseman / Kevin R McCarthy / Dongmei Liao / Xiaoe Liang / Xiaoyan Nie / Olivia Lavidor / Richard Abbott / Stephen C Harrison / Garnett Kelsoe / ![]() 要旨: Phylogenetically and antigenically distinct influenza A and B viruses (IAV and IBV) circulate in human populations, causing widespread morbidity. Antibodies (Abs) that bind epitopes conserved in both ...Phylogenetically and antigenically distinct influenza A and B viruses (IAV and IBV) circulate in human populations, causing widespread morbidity. Antibodies (Abs) that bind epitopes conserved in both IAV and IBV hemagglutinins (HAs) could protect against disease by diverse virus subtypes. Only one reported HA Ab, isolated from a combinatorial display library, protects against both IAV and IBV. Thus, there has been so far no information on the likelihood of finding naturally occurring human Abs that bind HAs of diverse IAV subtypes and IBV lineages. We have now recovered from several unrelated human donors five clonal Abs that bind a conserved epitope preferentially exposed in the postfusion conformation of IAV and IVB HA2. These Abs lack neutralizing activity in vitro but in mice provide strong, IgG subtype-dependent protection against lethal IAV and IBV infections. Strategies to elicit similar Abs routinely might contribute to more effective influenza vaccines. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 407.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 340.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 46 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 69.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 42149MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17169.160 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: HA / 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 24135.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #3: 抗体 | 分子量: 22755.045 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Complex of two S1V2-72 Fabs with postfusion HA2 / タイプ: COMPLEX 詳細: Fab fragment generated by proteolytic cleavage of S1V2-72 IgG Entity ID: #2-#3, #1 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R0.6/1 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 105000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm |
撮影 | 電子線照射量: 76.12 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.98 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 59527 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model |