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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8u3b | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of E. coli NarL-transcription activation complex at 3.2A | ||||||
要素 |
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キーワード | transcription/DNA / transcription / RNA polymerase / transcription activation / NarL / nitrate-responsive regulator / transcription-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 sigma factor antagonist complex / DNA-binding transcription repressor activity / RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / bacterial-type flagellum assembly ...sigma factor antagonist complex / DNA-binding transcription repressor activity / RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / bacterial-type RNA polymerase core enzyme binding / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / bacterial-type flagellum assembly / phosphorelay signal transduction system / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / DNA-templated transcription initiation / protein-DNA complex / cell motility / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / response to heat / protein-containing complex assembly / intracellular iron ion homeostasis / protein dimerization activity / transcription cis-regulatory region binding / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding / membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.23 Å | ||||||
データ登録者 | Liu, B. / Kompaniiets, D. / Wang, D. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2024 タイトル: Structural basis for transcription activation by the nitrate-responsive regulator NarL. 著者: Dmytro Kompaniiets / Lina He / Dong Wang / Wei Zhou / Yang Yang / Yangbo Hu / Bin Liu / 要旨: Transcription activation is a crucial step of regulation during transcription initiation and a classic check point in response to different stimuli and stress factors. The Escherichia coli NarL is a ...Transcription activation is a crucial step of regulation during transcription initiation and a classic check point in response to different stimuli and stress factors. The Escherichia coli NarL is a nitrate-responsive global transcription factor that controls the expression of nearly 100 genes. However, the molecular mechanism of NarL-mediated transcription activation is not well defined. Here we present a cryo-EM structure of NarL-dependent transcription activation complex (TAC) assembled on the yeaR promoter at 3.2 Å resolution. Our structure shows that the NarL dimer binds at the -43.5 site of the promoter DNA with its C-terminal domain (CTD) not only binding to the DNA but also making interactions with RNA polymerase subunit alpha CTD (αCTD). The key role of these NarL-mediated interactions in transcription activation was further confirmed by in vivo and in vitro transcription assays. Additionally, the NarL dimer binds DNA in a different plane from that observed in the structure of class II TACs. Unlike the canonical class II activation mechanism, NarL does not interact with σ4, while RNAP αCTD is bound to DNA on the opposite side of NarL. Our findings provide a structural basis for detailed mechanistic understanding of NarL-dependent transcription activation on yeaR promoter and reveal a potentially novel mechanism of transcription activation. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8u3b.cif.gz | 752.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8u3b.ent.gz | 600.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8u3b.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8u3b_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8u3b_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8u3b_validation.xml.gz | 114.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8u3b_validation.cif.gz | 180.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u3/8u3b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u3/8u3b | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 41856MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 5分子 ABCDE
#1: タンパク質 | 分子量: 36558.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpoA, pez, phs, sez, b3295, JW3257 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7Z4, DNA-directed RNA polymerase #2: タンパク質 | | 分子量: 150820.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) 遺伝子: rpoB, groN, nitB, rif, ron, stl, stv, tabD, b3987, JW3950 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A8V2, DNA-directed RNA polymerase #3: タンパク質 | | 分子量: 155366.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpoC, tabB, b3988, JW3951 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A8T7, DNA-directed RNA polymerase #4: タンパク質 | | 分子量: 10249.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpoZ, b3649, JW3624 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A800, DNA-directed RNA polymerase |
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-タンパク質 , 2種, 3分子 FGH
#5: タンパク質 | 分子量: 72206.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpoD, alt, b3067, JW3039 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00579 |
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#6: タンパク質 | 分子量: 8903.552 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: narL, frdR, b1221, JW1212 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AF28 |
-DNA鎖 , 2種, 2分子 12
#7: DNA鎖 | 分子量: 21307.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌) |
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#8: DNA鎖 | 分子量: 21164.541 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌) |
-RNA鎖 , 1種, 1分子 3
#9: RNA鎖 | 分子量: 1118.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌) |
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-非ポリマー , 2種, 3分子
#10: 化合物 | #11: 化合物 | ChemComp-MG / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: E. coli NarL transcription activation complex on the yeaR promoter タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#9 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.625 MDa / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 濃度: 15 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 290 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 130000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER 最低温度: 77 K |
撮影 | 平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 42 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 8727 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
画像スキャン | 横: 5769 / 縦: 4092 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 2554259 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.23 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 104500 / アルゴリズム: SIMULTANEOUS ITERATIVE (SIRT) / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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