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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8u1s | ||||||
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タイトル | A mechanistic understanding of protective influenza B neuraminidase mAbs at the airway interface | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE / Neuraminidase Sialidase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / : / : / exo-alpha-sialidase / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Influenza B virus (B型インフルエンザウイルス) Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.21 Å | ||||||
データ登録者 | Ferguson, J.A. / Raghavan, S.S.R. / Ward, A.B. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: A mechanistic understanding of protective influenza B neuraminidase mAbs at the airway interface 著者: Ferguson, J.A. / Oeverdieck, S. / Ward, A.B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8u1s.cif.gz | 445.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8u1s.ent.gz | 355.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8u1s.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8u1s_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8u1s_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8u1s_validation.xml.gz | 72.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8u1s_validation.cif.gz | 107.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u1/8u1s ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/u1/8u1s | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 41826MC 8u1cC 8u1qC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 51104.258 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Influenza B virus (B/Iowa/06/2017) (B型インフルエンザウイルス) 遺伝子: NA / 細胞株 (発現宿主): D2 発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 参照: UniProt: A0A1S7DL21 #2: 抗体 | 分子量: 13650.218 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): ExpiCHO 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) #3: 抗体 | 分子量: 11812.088 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): ExpiCHO 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) #4: 糖 | ChemComp-NAG / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Complex of human donor mAb-fv domain bound to influenza B neuraminidase タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: MULTIPLE SOURCES | ||||||||||||||||||
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分子量 | 単位: MEGADALTONS / 実験値: NO | ||||||||||||||||||
由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: TBS | ||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 0.4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 298 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 190000 X / 倍率(補正後): 190000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 700 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 700 nm / Calibrated defocus min: 1500 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 1500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN / 試料ホルダーモデル: OTHER |
撮影 | 電子線照射量: 49.87 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6177 |
画像スキャン | 横: 4048 / 縦: 4048 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.21 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 104000 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 59.39 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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