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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ty6 | ||||||
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タイトル | Disulfide-stabilized HIV-1 CA hexamer in complex with PQBP1 Nt | ||||||
要素 | Capsid protein p24 | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / capsid / innate immune sensor | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral budding via host ESCRT complex / ISG15 antiviral mechanism / host multivesicular body / viral nucleocapsid / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / RNA binding / zinc ion binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | ||||||
データ登録者 | Piacentini, J. / Pornillos, O. / Ganser-Pornillos, B.K. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2024 タイトル: Molecular Determinants of PQBP1 Binding to the HIV-1 Capsid Lattice. 著者: Juliana Piacentini / Dale S Allen / Barbie K Ganser-Pornillos / Sumit K Chanda / Sunnie M Yoh / Owen Pornillos / 要旨: Human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) stimulates innate immune responses upon infection, including cyclic GMP-AMP synthase (cGAS) signaling that results in type I interferon production. HIV-1- ...Human immunodeficiency virus type 1 (HIV-1) stimulates innate immune responses upon infection, including cyclic GMP-AMP synthase (cGAS) signaling that results in type I interferon production. HIV-1-induced activation of cGAS requires the host cell factor polyglutamine binding protein 1 (PQBP1), an intrinsically disordered protein that bridges capsid recognition and cGAS recruitment. However, the molecular details of PQBP1 interactions with the HIV-1 capsid and their functional implications remain poorly understood. Here, we show that PQBP1 binds to HIV-1 capsids through charge complementing contacts between acidic residues in the N-terminal region of PQBP1 and an arginine ring in the central channel of the HIV-1 CA hexamer that makes up the viral capsid. These studies reveal the molecular details of PQBP1's primary interaction with the HIV-1 capsid and suggest that additional elements are likely to contribute to stable capsid binding. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8ty6.cif.gz | 241.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8ty6.ent.gz | 196.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8ty6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8ty6_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8ty6_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8ty6_validation.xml.gz | 44.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8ty6_validation.cif.gz | 66.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ty/8ty6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ty/8ty6 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 41711MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25461.271 Da / 分子数: 6 / 変異: A14C, E45C, W184A, M185A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 遺伝子: gag / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P12493 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: HIV-1 CA hexamer bound to PQBP1 Nt peptide / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21(DE3) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 312788 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: OTHER / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 3H47 Accession code: 3H47 / 詳細: 3H47 chain A docked into map / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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