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- PDB-8twa: Cryo-EM structure of S. cerevisiae Ctf18-RFC-PCNA-PolE-DNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8twa
タイトルCryo-EM structure of S. cerevisiae Ctf18-RFC-PCNA-PolE-DNA complex
要素
  • (Chromosome transmission fidelity protein ...) x 3
  • (Replication factor C subunit ...) x 4
  • DNA polymerase epsilon catalytic subunit A
  • Primer DNA
  • Proliferating cell nuclear antigen
  • Sister chromatid cohesion protein DCC1
  • Template DNA
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / Ctf18 / RFC2-5 / PCNA / Pol2 / DNA / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


maintenance of mitotic sister chromatid cohesion / gene conversion / DNA replication initiation / DNA clamp unloading / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH6 (MutSalpha) / Rad17 RFC-like complex / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / meiotic mismatch repair / epsilon DNA polymerase complex / Processive synthesis on the lagging strand ...maintenance of mitotic sister chromatid cohesion / gene conversion / DNA replication initiation / DNA clamp unloading / Mismatch repair (MMR) directed by MSH2:MSH6 (MutSalpha) / Rad17 RFC-like complex / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / meiotic mismatch repair / epsilon DNA polymerase complex / Processive synthesis on the lagging strand / Elg1 RFC-like complex / Removal of the Flap Intermediate / Ctf18 RFC-like complex / DNA replication factor C complex / telomere tethering at nuclear periphery / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Polymerase switching / positive regulation of DNA metabolic process / SUMOylation of DNA replication proteins / maintenance of DNA trinucleotide repeats / SUMO binding / Activation of the pre-replicative complex / Translesion Synthesis by POLH / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / PCNA complex / DNA replication checkpoint signaling / nucleotide-excision repair, DNA gap filling / single-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / establishment of mitotic sister chromatid cohesion / Activation of ATR in response to replication stress / DNA replication proofreading / Termination of translesion DNA synthesis / mitotic DNA replication checkpoint signaling / lagging strand elongation / postreplication repair / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / sister chromatid cohesion / silent mating-type cassette heterochromatin formation / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / mitotic sister chromatid cohesion / error-free translesion synthesis / DNA polymerase processivity factor activity / leading strand elongation / nuclear replication fork / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / Dual incision in TC-NER / chromosome, centromeric region / subtelomeric heterochromatin formation / DNA replication initiation / mismatch repair / translesion synthesis / error-prone translesion synthesis / base-excision repair, gap-filling / positive regulation of DNA repair / DNA damage checkpoint signaling / positive regulation of DNA replication / replication fork / nucleotide-excision repair / double-strand break repair via homologous recombination / base-excision repair / DNA-templated DNA replication / double-strand break repair via nonhomologous end joining / double-strand break repair / mitotic cell cycle / single-stranded DNA binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / double-stranded DNA binding / DNA replication / chromosome, telomeric region / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA repair / nucleotide binding / mRNA binding / chromatin / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / DNA binding / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Chromosome transmission fidelity protein 8 / Ctf8 / Sister chromatid cohesion protein Dcc1 / Sister chromatid cohesion protein Dcc1 / DNA polymerase epsilon catalytic subunit A, thumb domain / Zinc finger domain of DNA polymerase-epsilon / DNA polymerase epsilon, catalytic subunit A, C-terminal / DNA polymerase epsilon catalytic subunit / Domain of unknown function (DUF1744) / DUF1744 ...Chromosome transmission fidelity protein 8 / Ctf8 / Sister chromatid cohesion protein Dcc1 / Sister chromatid cohesion protein Dcc1 / DNA polymerase epsilon catalytic subunit A, thumb domain / Zinc finger domain of DNA polymerase-epsilon / DNA polymerase epsilon, catalytic subunit A, C-terminal / DNA polymerase epsilon catalytic subunit / Domain of unknown function (DUF1744) / DUF1744 / Replication factor C, C-terminal / Replication factor C C-terminal domain / : / DNA polymerase III, delta subunit / : / DNA polymerase III, clamp loader complex, gamma/delta/delta subunit, C-terminal / Proliferating cell nuclear antigen signature 2. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, conserved site / Proliferating cell nuclear antigen signature 1. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, N-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, C-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, N-terminal domain / Proliferating cell nuclear antigen, C-terminal domain / DNA polymerase family B, thumb domain / : / DNA polymerase family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain / DNA polymerase, palm domain superfamily / DNA polymerase type-B family / DNA-directed DNA polymerase, family B / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / IRON/SULFUR CLUSTER / DNA / DNA (> 10) / Proliferating cell nuclear antigen / DNA polymerase epsilon catalytic subunit A / Sister chromatid cohesion protein DCC1 / Replication factor C subunit 5 / Replication factor C subunit 3 ...ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / IRON/SULFUR CLUSTER / DNA / DNA (> 10) / Proliferating cell nuclear antigen / DNA polymerase epsilon catalytic subunit A / Sister chromatid cohesion protein DCC1 / Replication factor C subunit 5 / Replication factor C subunit 3 / Chromosome transmission fidelity protein 8 / Replication factor C subunit 4 / Replication factor C subunit 2 / Chromosome transmission fidelity protein 18
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Yuan, Z. / Georgescu, R. / O'Donnell, M. / Li, H.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM131754 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM115809 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI)M.E.O. 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2024
タイトル: Mechanism of PCNA loading by Ctf18-RFC for leading-strand DNA synthesis.
著者: Zuanning Yuan / Roxana Georgescu / Nina Y Yao / Olga Yurieva / Michael E O'Donnell / Huilin Li /
要旨: The proliferating cell nuclear antigen (PCNA) clamp encircles DNA to hold DNA polymerases (Pols) to DNA for processivity. The Ctf18-RFC PCNA loader, a replication factor C (RFC) variant, is specific ...The proliferating cell nuclear antigen (PCNA) clamp encircles DNA to hold DNA polymerases (Pols) to DNA for processivity. The Ctf18-RFC PCNA loader, a replication factor C (RFC) variant, is specific to the leading-strand Pol (Polε). We reveal here the underlying mechanism of Ctf18-RFC specificity to Polε using cryo-electron microscopy and biochemical studies. We found that both Ctf18-RFC and Polε contain specific structural features that direct PCNA loading onto DNA. Unlike other clamp loaders, Ctf18-RFC has a disordered ATPase associated with a diverse cellular activities (AAA+) motor that requires Polε to bind and stabilize it for efficient PCNA loading. In addition, Ctf18-RFC can pry prebound Polε off of DNA, then load PCNA onto DNA and transfer the PCNA-DNA back to Polε. These elements in both Ctf18-RFC and Polε provide specificity in loading PCNA onto DNA for Polε.
履歴
登録2023年8月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / em_admin / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Chromosome transmission fidelity protein 18
P: Primer DNA
T: Template DNA
E: DNA polymerase epsilon catalytic subunit A
D: Chromosome transmission fidelity protein 8
B: Sister chromatid cohesion protein DCC1
4: Replication factor C subunit 4
3: Replication factor C subunit 3
2: Replication factor C subunit 2
5: Replication factor C subunit 5
1: Chromosome transmission fidelity protein 18
X: Proliferating cell nuclear antigen
Y: Proliferating cell nuclear antigen
Z: Proliferating cell nuclear antigen
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)650,25522
ポリマ－647,83314
非ポリマー2,4218
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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Chromosome transmission fidelity protein ... , 3種, 3分子 CD1

#1: タンパク質・ペプチド Chromosome transmission fidelity protein 18


分子量: 3171.607 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: CTF18 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P49956
#5: タンパク質 Chromosome transmission fidelity protein 8


分子量: 15058.493 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: CTF8 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38877
#11: タンパク質 Chromosome transmission fidelity protein 18


分子量: 84487.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: CTF18, CHL12, YMR078C, YM9582.03C / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P49956

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DNA鎖 , 2種, 2分子 PT

#2: DNA鎖 Primer DNA


分子量: 2737.795 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 Template DNA


分子量: 4567.998 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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タンパク質 , 3種, 5分子 EBXYZ

#4: タンパク質 DNA polymerase epsilon catalytic subunit A / 3'-5' exodeoxyribonuclease / DNA polymerase II subunit A


分子量: 255992.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: POL2, DUN2, YNL262W, N0825 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
参照: UniProt: P21951, DNA-directed DNA polymerase, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ
#6: タンパク質 Sister chromatid cohesion protein DCC1 / Defective in sister chromatid cohesion protein 1


分子量: 44133.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: DCC1, YCL016C, YCL16C / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P25559
#12: タンパク質 Proliferating cell nuclear antigen / PCNA


分子量: 28944.051 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: POL30, YBR088C, YBR0811 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P15873

-
Replication factor C subunit ... , 4種, 4分子 4325

#7: タンパク質 Replication factor C subunit 4


分子量: 35782.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: RFC4 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P40339
#8: タンパク質 Replication factor C subunit 3


分子量: 36818.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: RFC3 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38629
#9: タンパク質 Replication factor C subunit 2


分子量: 38256.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: RFC2 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P40348
#10: タンパク質 Replication factor C subunit 5


分子量: 39993.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: RFC5 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P38251

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非ポリマー , 4種, 8分子

#13: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#14: 化合物 ChemComp-AGS / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-GAMMA-S / ADENOSINE 5'-(3-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE 5'-(GAMMA-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE MONOTHIOPHOSPHATE / ATP-γ-S


分子量: 523.247 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3S
コメント: ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#15: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#16: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Ctf18-RFC-PCNA-PolE-DNA complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#12 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
由来(組換発現)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 87643 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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