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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ts1 | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of human MRS2 with Mg2+ | ||||||
要素 | Magnesium transporter MRS2 homolog, mitochondrial, Soluble cytochrome b562 fusion protein | ||||||
キーワード | METAL TRANSPORT / mitochondria / pentamer / cation channel | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 mitochondrial magnesium ion transmembrane transport / Miscellaneous transport and binding events / magnesium ion transmembrane transporter activity / lactate metabolic process / electron transport chain / transmembrane transport / periplasmic space / electron transfer activity / mitochondrial inner membrane / iron ion binding ...mitochondrial magnesium ion transmembrane transport / Miscellaneous transport and binding events / magnesium ion transmembrane transporter activity / lactate metabolic process / electron transport chain / transmembrane transport / periplasmic space / electron transfer activity / mitochondrial inner membrane / iron ion binding / heme binding / mitochondrion 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.92 Å | ||||||
データ登録者 | He, Z. / Mount, J.W. / Zhang, J. / Yuan, P. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Human mitochondrial MRS2 is a Ca2+-regulated nonselective cation channel 著者: He, Z. / Tu, Y. / Tsai, C. / Mount, J.W. / Zhang, J. / Tsai, M. / Yuan, P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8ts1.cif.gz | 726.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8ts1.ent.gz | 483 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8ts1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8ts1_validation.pdf.gz | 1005.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8ts1_full_validation.pdf.gz | 1010.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8ts1_validation.xml.gz | 45.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8ts1_validation.cif.gz | 63.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ts/8ts1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ts/8ts1 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 41587MC 8ts2C 8ts3C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: ens_1 / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / End auth comp-ID: GLN / End label comp-ID: GLN / Auth seq-ID: 82 - 399 / Label seq-ID: 22 - 339
NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 55471.691 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) 遺伝子: MRS2, cybC / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: Q9HD23, UniProt: P0ABE7 #2: 化合物 | ChemComp-MG / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: hMRS2-BRIL with Mg2+ / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | |||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Komagataella pastoris (菌類) | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 詳細: 20 mM Tris pH 8.0, 150 mM NaCl, 40 mM MgCl2 and 0.04 mM GDN | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: TFS GLACIOS |
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電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 120000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2400 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 41 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 実像数: 2631 |
-解析
EMソフトウェア | 名称: cryoSPARC / カテゴリ: 3次元再構成 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 937963 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C5 (5回回転対称) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.92 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 719778 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 78.1 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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