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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8tng | ||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of HIV-1 Env BG505 DS-SOSIP in complex with broadly neutralizing llama nanobody R27 targeting the CD4-binding site | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / HIV-1 Envelope / antibody / nanobody / VHH / llama / BG505 DS-SOSIP / neutralization / immunization / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / apoptotic process / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) Lama glama (ラマ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.58 Å | ||||||
データ登録者 | Zhou, T. / Kwong, P.D. / Xu, J. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Cryo-EM structure of HIV-1 Env BG505 DS-SOSIP in complex with broadly neutralizing llama nanobody R27 targeting the CD4-binding site 著者: Xu, J. / Zhou, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8tng.cif.gz | 390.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8tng.ent.gz | 325.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8tng.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8tng_validation.pdf.gz | 2.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8tng_full_validation.pdf.gz | 2.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8tng_validation.xml.gz | 71.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8tng_validation.cif.gz | 103.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tn/8tng ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tn/8tng | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 41415MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 6分子 ACEBDF
#1: タンパク質 | 分子量: 54086.324 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 30-505 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 遺伝子: env / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q2N0S6 #2: タンパク質 | 分子量: 17146.482 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 509-661 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 遺伝子: env / プラスミド: pVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q2N0S6 |
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-抗体 , 1種, 3分子 HIJ
#3: 抗体 | 分子量: 12984.382 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / プラスミド: pVRC8400 / 細胞株 (発現宿主): HEK 293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
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-糖 , 4種, 49分子
#4: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #5: 多糖 | beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | #6: 多糖 | #7: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Complex between HIV-1 Env BG505 DS-SOSIP and llama nanobody R27 タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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分子量 | 値: 0.252 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Lama glama (ラマ) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK 293F / プラスミド: pVRC8400 |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 濃度: 3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: Purified complex by FPLC and concentrated to final concentration. |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 22500 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 2549097 / 詳細: Blob pick in cryoSparc | ||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C3 (3回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.58 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 粒子像の数: 315969 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 82.9 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 7LPN Accession code: 7LPN / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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