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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8tif | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM of mono-pilus from S. islandicus REY15A | |||||||||
要素 | DUF973 family protein | |||||||||
キーワード | PROTEIN FIBRIL / helical symmetry / type iv pili / archaeal pilus / filament / quasi-equivalence | |||||||||
機能・相同性 | membrane / DUF973 family protein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Sulfolobus islandicus REY15A (好気性・好酸性) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.89 Å | |||||||||
データ登録者 | Eastep, G.N. / Liu, J. / Rich-New, S.T. / Egelman, E.H. / Krupovic, M. / Wang, F. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: Two distinct archaeal type IV pili structures formed by proteins with identical sequence. 著者: Junfeng Liu / Gunnar N Eastep / Virginija Cvirkaite-Krupovic / Shane T Rich-New / Mark A B Kreutzberger / Edward H Egelman / Mart Krupovic / Fengbin Wang / 要旨: Type IV pili (T4P) represent one of the most common varieties of surface appendages in archaea. These filaments, assembled from small pilin proteins, can be many microns long and serve diverse ...Type IV pili (T4P) represent one of the most common varieties of surface appendages in archaea. These filaments, assembled from small pilin proteins, can be many microns long and serve diverse functions, including adhesion, biofilm formation, motility, and intercellular communication. Here, we determine atomic structures of two distinct adhesive T4P from Saccharolobus islandicus via cryo-electron microscopy (cryo-EM). Unexpectedly, both pili were assembled from the same pilin polypeptide but under different growth conditions. One filament, denoted mono-pilus, conforms to canonical archaeal T4P structures where all subunits are equivalent, whereas in the other filament, the tri-pilus, the same polypeptide exists in three different conformations. The three conformations in the tri-pilus are very different from the single conformation found in the mono-pilus, and involve different orientations of the outer immunoglobulin-like domains, mediated by a very flexible linker. Remarkably, the outer domains rotate nearly 180° between the mono- and tri-pilus conformations. Both forms of pili require the same ATPase and TadC-like membrane pore for assembly, indicating that the same secretion system can produce structurally very different filaments. Our results show that the structures of archaeal T4P appear to be less constrained and rigid than those of the homologous archaeal flagellar filaments that serve as helical propellers. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8tif.cif.gz | 30 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8tif.ent.gz | 19.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8tif.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8tif_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8tif_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8tif_validation.xml.gz | 19.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8tif_validation.cif.gz | 24.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ti/8tif ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ti/8tif | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 41286MC 8tibC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14053.037 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Sulfolobus islandicus REY15A (好気性・好酸性) 参照: UniProt: F0NG07 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: mono-pilus / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Sulfolobus islandicus REY15A (好気性・好酸性) |
緩衝液 | pH: 4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
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らせん対称 | 回転角度/サブユニット: 104.8 ° / 軸方向距離/サブユニット: 4.95 Å / らせん対称軸の対称性: C1 | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.89 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 78068 / 対称性のタイプ: HELICAL | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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