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- PDB-8tea: HCMV Pentamer in complex with CS2pt1p2_A10L Fab and CS3pt1p4_C1L Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8tea
タイトルHCMV Pentamer in complex with CS2pt1p2_A10L Fab and CS3pt1p4_C1L Fab
要素
  • (CS2pt1p2_A10L Fab ...) x 2
  • (CS3pt1p4_C1L Fab ...) x 2
  • Envelope glycoprotein UL130
  • Envelope protein UL128
  • UL131A
キーワードVIRAL PROTEIN / Virus / glycoprotein / antibody
機能・相同性Herpesvirus UL130, cytomegalovirus / HCMV glycoprotein pUL130 / viral envelope / Envelope glycoprotein UL130 / UL128 / UL131A
機能・相同性情報
生物種Human betaherpesvirus 5 (ヘルペスウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Goldsmith, J.G. / McLellan, J.S.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: HCMV neutralization by broad antibody targeting
著者: Zehner, M. / Goldsmith, J.G. / McLellan, J.S. / Klein, F.
履歴
登録2023年7月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Envelope protein UL128
D: Envelope glycoprotein UL130
E: UL131A
G: CS2pt1p2_A10L Fab light chain
H: CS2pt1p2_A10L Fab heavy chain
F: CS3pt1p4_C1L Fab heavy chain
I: CS3pt1p4_C1L Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)153,8587
ポリマ－153,8587
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 3種, 3分子 CDE

#1: タンパク質 Envelope protein UL128 / UL128


分子量: 18940.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human betaherpesvirus 5 (ヘルペスウイルス)
遺伝子: UL128 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q38LY2
#2: タンパク質 Envelope glycoprotein UL130 / ORFL272C_UL130 / UL130 protein


分子量: 24018.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human betaherpesvirus 5 (ヘルペスウイルス)
遺伝子: UL130, HHV5wtgp111 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A0G2TB82
#3: タンパク質 UL131A


分子量: 15262.057 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human betaherpesvirus 5 (ヘルペスウイルス)
発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q38M12

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抗体 , 4種, 4分子 GHFI

#4: 抗体 CS2pt1p2_A10L Fab light chain


分子量: 22850.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#5: 抗体 CS2pt1p2_A10L Fab heavy chain


分子量: 25916.252 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#6: 抗体 CS3pt1p4_C1L Fab heavy chain


分子量: 23630.592 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#7: 抗体 CS3pt1p4_C1L Fab light chain


分子量: 23239.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: HCMV Pentamer in complex with CS2pt1p2_A10L Fab and CS3pt1p4_C1L Fab
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3, #7, #5-#6, #4 / 由来: MULTIPLE SOURCES
由来(天然)生物種: Human betaherpesvirus 5 (ヘルペスウイルス)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 49 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 71677 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 61.15 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00416199
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.72138421
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0519920
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00751089
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.9204867

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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