+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8t6u | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of human Anion Exchanger 1 bound to Dipyridamole | ||||||||||||
![]() | Band 3 anion transport protein![]() | ||||||||||||
![]() | ![]() ![]() | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() pH elevation / Defective SLC4A1 causes hereditary spherocytosis type 4 (HSP4), distal renal tubular acidosis (dRTA) and dRTA with hemolytic anemia (dRTA-HA) / negative regulation of urine volume / Bicarbonate transporters / intracellular monoatomic ion homeostasis / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Capper, M.J. / Zilberg, G. / Mathiharan, Y.K. / Yang, S. / Stone, A.C. / Wacker, D. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||||||||
![]() | ![]() タイトル: Substrate binding and inhibition of the anion exchanger 1 transporter. 著者: Michael J Capper / Shifan Yang / Alexander C Stone / Sezen Vatansever / Gregory Zilberg / Yamuna Kalyani Mathiharan / Raul Habib / Keino Hutchinson / Yihan Zhao / Avner Schlessinger / Mihaly ...著者: Michael J Capper / Shifan Yang / Alexander C Stone / Sezen Vatansever / Gregory Zilberg / Yamuna Kalyani Mathiharan / Raul Habib / Keino Hutchinson / Yihan Zhao / Avner Schlessinger / Mihaly Mezei / Roman Osman / Bin Zhang / Daniel Wacker / ![]() 要旨: Anion exchanger 1 (AE1), a member of the solute carrier (SLC) family, is the primary bicarbonate transporter in erythrocytes, regulating pH levels and CO transport between lungs and tissues. Previous ...Anion exchanger 1 (AE1), a member of the solute carrier (SLC) family, is the primary bicarbonate transporter in erythrocytes, regulating pH levels and CO transport between lungs and tissues. Previous studies characterized its role in erythrocyte structure and provided insight into transport regulation. However, key questions remain regarding substrate binding and transport, mechanisms of drug inhibition and modulation by membrane components. Here we present seven cryo-EM structures in apo, bicarbonate-bound and inhibitor-bound states. These, combined with uptake and computational studies, reveal important molecular features of substrate recognition and transport, and illuminate sterol binding sites, to elucidate distinct inhibitory mechanisms of research chemicals and prescription drugs. We further probe the substrate binding site via structure-based ligand screening, identifying an AE1 inhibitor. Together, our findings provide insight into mechanisms of solute carrier transport and inhibition. | ||||||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 228.1 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 180.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 41081MC ![]() 7ty4C ![]() 7ty6C ![]() 7ty7C ![]() 7ty8C ![]() 7tyaC ![]() 8t6vC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
|
---|---|
1 |
|
-
要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 58254.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P02730 #2: 多糖 | ![]() |
---|
-非ポリマー , 4種, 48分子 ![](data/chem/img/CLR.gif)
![](data/chem/img/PC1.gif)
![](data/chem/img/H9F.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/PC1.gif)
![](data/chem/img/H9F.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | ChemComp-CLR / ![]() #4: 化合物 | ![]() #5: 化合物 | ![]() #6: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
---|
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: ![]() |
-
試料調製
構成要素 | 名称: Dimeric anion exchanger 1 (SLC4A1) / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
分子量 | 値: 0.203 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() ![]() ![]() 株: Sf9 / プラスミド ![]() | ||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
| ||||||||||||||||||||||||
試料 | 濃度: 4.8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色![]() ![]() 詳細: The sample was monodisperse following gel filtration and immediately concentrated for grid preparation | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結![]() | 装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 285 K 詳細: Blot force 3 for 3-5 seconds was used and subsequent grids were screened for ice thickness prior to data collection |
-
電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源![]() ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD![]() ![]() |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 51.69 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4570 |
-
解析
EMソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正![]() | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 2499027 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成![]() | 解像度: 3.13 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 270791 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 空間: RECIPROCAL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 4YZF Accession code: 4YZF / Source name: PDB / タイプ: experimental model | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 解像度: 3.13→139.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.883 / SU B: 15.851 / SU ML: 0.264 / ESU R: 0.529 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: PARAMETERS FOR MASK CACLULATION | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 103.19 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 合計: 8647 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|