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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8t49 | |||||||||
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タイトル | MD65 N332-GT5 SOSIP in complex with RM_N332_03 Fab and RM20A3 Fab | |||||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN/Immune System / germline targeting / NHP / SOSIP / Env / HIV / BG18 / immunogen design / antibody / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-Immune System complex | |||||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) Macaca mulatta (アカゲザル) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Ozorowski, G. / Torres, J.L. / Ward, A.B. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2024 タイトル: Vaccine priming of rare HIV broadly neutralizing antibody precursors in nonhuman primates. 著者: Jon M Steichen / Ivy Phung / Eugenia Salcedo / Gabriel Ozorowski / Jordan R Willis / Sabyasachi Baboo / Alessia Liguori / Christopher A Cottrell / Jonathan L Torres / Patrick J Madden / ...著者: Jon M Steichen / Ivy Phung / Eugenia Salcedo / Gabriel Ozorowski / Jordan R Willis / Sabyasachi Baboo / Alessia Liguori / Christopher A Cottrell / Jonathan L Torres / Patrick J Madden / Krystal M Ma / Henry J Sutton / Jeong Hyun Lee / Oleksandr Kalyuzhniy / Joel D Allen / Oscar L Rodriguez / Yumiko Adachi / Tina-Marie Mullen / Erik Georgeson / Michael Kubitz / Alison Burns / Shawn Barman / Rohini Mopuri / Amanda Metz / Tasha K Altheide / Jolene K Diedrich / Swati Saha / Kaitlyn Shields / Steven E Schultze / Melissa L Smith / Torben Schiffner / Dennis R Burton / Corey T Watson / Steven E Bosinger / Max Crispin / John R Yates / James C Paulson / Andrew B Ward / Devin Sok / Shane Crotty / William R Schief / 要旨: Germline-targeting immunogens hold promise for initiating the induction of broadly neutralizing antibodies (bnAbs) to HIV and other pathogens. However, antibody-antigen recognition is typically ...Germline-targeting immunogens hold promise for initiating the induction of broadly neutralizing antibodies (bnAbs) to HIV and other pathogens. However, antibody-antigen recognition is typically dominated by heavy chain complementarity determining region 3 (HCDR3) interactions, and vaccine priming of HCDR3-dominant bnAbs by germline-targeting immunogens has not been demonstrated in humans or outbred animals. In this work, immunization with N332-GT5, an HIV envelope trimer designed to target precursors of the HCDR3-dominant bnAb BG18, primed bnAb-precursor B cells in eight of eight rhesus macaques to substantial frequencies and with diverse lineages in germinal center and memory B cells. We confirmed bnAb-mimicking, HCDR3-dominant, trimer-binding interactions with cryo-electron microscopy. Our results demonstrate proof of principle for HCDR3-dominant bnAb-precursor priming in outbred animals and suggest that N332-GT5 holds promise for the induction of similar responses in humans. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8t49.cif.gz | 621.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8t49.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 8t49.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8t49_validation.pdf.gz | 2.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8t49_full_validation.pdf.gz | 2.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8t49_validation.xml.gz | 94.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8t49_validation.cif.gz | 142.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t4/8t49 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t4/8t49 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-MD65 N332-GT5 SOSIP ... , 2種, 6分子 AEFBGI
#1: タンパク質 | 分子量: 54286.773 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #6: タンパク質 | 分子量: 17096.148 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
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-抗体 , 4種, 12分子 HOPLQRCJKDMN
#2: 抗体 | 分子量: 14043.728 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #3: 抗体 | 分子量: 11674.748 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #4: 抗体 | 分子量: 13511.111 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #5: 抗体 | 分子量: 13508.800 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
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-糖 , 5種, 63分子
#7: 多糖 | #8: 多糖 | #9: 多糖 | #10: 多糖 | #11: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: MD65 N332-GT5 SOSIP in complex with RM_N332_03 Fab and RM20A3 Fab タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#6 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Macaca mulatta (アカゲザル) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 濃度: 6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TALOS ARCTICA |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 36000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 51 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C3 (3回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 57573 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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