+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8t2t | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of a group II intron ribonucleoprotein in the post-ligation (post-2F) state | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | Transferase/RNA / RNP / RNA / Transferase-RNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | [Eubacterium] rectale (バクテリア) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Xu, L. / Liu, T. / Chung, K. / Pyle, A.M. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2023 タイトル: Structural insights into intron catalysis and dynamics during splicing. 著者: Ling Xu / Tianshuo Liu / Kevin Chung / Anna Marie Pyle / 要旨: The group II intron ribonucleoprotein is an archetypal splicing system with numerous mechanistic parallels to the spliceosome, including excision of lariat introns. Despite the importance of ...The group II intron ribonucleoprotein is an archetypal splicing system with numerous mechanistic parallels to the spliceosome, including excision of lariat introns. Despite the importance of branching in RNA metabolism, structural understanding of this process has remained elusive. Here we present a comprehensive analysis of three single-particle cryogenic electron microscopy structures captured along the splicing pathway. They reveal the network of molecular interactions that specifies the branchpoint adenosine and positions key functional groups to catalyse lariat formation and coordinate exon ligation. The structures also reveal conformational rearrangements of the branch helix and the mechanism of splice site exchange that facilitate the transition from branching to ligation. These findings shed light on the evolution of splicing and highlight the conservation of structural components, catalytic mechanism and dynamical strategies retained through time in premessenger RNA splicing machines. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8t2t.cif.gz | 390.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb8t2t.ent.gz | 295.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8t2t.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8t2t_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 8t2t_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8t2t_validation.xml.gz | 43.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8t2t_validation.cif.gz | 65.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t2/8t2t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t2/8t2t | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 40987MC 8t2rC 8t2sC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 2748.591 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) [Eubacterium] rectale (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) | ||||
---|---|---|---|---|---|
#2: RNA鎖 | 分子量: 206779.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) [Eubacterium] rectale (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) | ||||
#3: タンパク質 | 分子量: 49083.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) [Eubacterium] rectale (バクテリア) 遺伝子: ltrA_2, ltrA, ERS852417_00966, FYL37_05080 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A173ZME3, RNA-directed DNA polymerase | ||||
#4: 化合物 | ChemComp-MG / #5: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Intron RNP complex in post-2f / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT |
---|---|
分子量 | 値: 0.3 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: [Eubacterium] rectale (バクテリア) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: DARK FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 1.04 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
EMソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / カテゴリ: モデル精密化 | ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 234941 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|