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万見
- PDB-8t1o: AP2 bound to MSP2N2 nanodisc with Tgn38 cargo peptide; composite map -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8t1o
タイトルAP2 bound to MSP2N2 nanodisc with Tgn38 cargo peptide; composite map
要素
  • (AP-2 complex subunit ...) x 4
  • Trans-Golgi network integral membrane protein TGN38
キーワードENDOCYTOSIS / Clathrin-mediated endocytosis / peripheral membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


postsynaptic Golgi apparatus / Post-translational protein phosphorylation / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / Formation of annular gap junctions / Gap junction degradation / LDL clearance / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors ...postsynaptic Golgi apparatus / Post-translational protein phosphorylation / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / Formation of annular gap junctions / Gap junction degradation / LDL clearance / WNT5A-dependent internalization of FZD2, FZD5 and ROR2 / WNT5A-dependent internalization of FZD4 / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / Retrograde neurotrophin signalling / VLDLR internalisation and degradation / clathrin adaptor complex / cardiac septum development / Golgi to endosome transport / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / Recycling pathway of L1 / extrinsic component of presynaptic endocytic zone membrane / regulation of vesicle size / AP-2 adaptor complex / postsynaptic endocytic zone / postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / membrane coat / Clathrin-mediated endocytosis / positive regulation of synaptic vesicle endocytosis / clathrin coat assembly / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / clathrin adaptor activity / Clathrin-mediated endocytosis / vesicle budding from membrane / trans-Golgi network transport vesicle / clathrin-dependent endocytosis / MHC class II antigen presentation / signal sequence binding / coronary vasculature development / neurotransmitter secretion / positive regulation of protein localization to membrane / regulation of hematopoietic stem cell differentiation / aorta development / ventricular septum development / low-density lipoprotein particle receptor binding / clathrin binding / positive regulation of endocytosis / positive regulation of receptor internalization / synaptic vesicle endocytosis / negative regulation of protein localization to plasma membrane / vesicle-mediated transport / Neutrophil degranulation / secretory granule / intracellular protein transport / kidney development / trans-Golgi network / kinase binding / cytoplasmic side of plasma membrane / disordered domain specific binding / synaptic vesicle / presynapse / heart development / protein-containing complex assembly / cytoplasmic vesicle / transmembrane transporter binding / postsynapse / endosome / protein domain specific binding / synapse / lipid binding / protein-containing complex binding / protein kinase binding / glutamatergic synapse / Golgi apparatus / mitochondrion / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Keratinocyte-associated gene product / Beta-Lactamase - #60 / Mu homology domain, subdomain B / AP-2 complex subunit sigma / Clathrin adaptor, alpha-adaptin, appendage, C-terminal subdomain / Adaptor protein complex AP-2, alpha subunit / Alpha adaptin AP2, C-terminal domain / Mu2, C-terminal domain / AP-2 complex subunit mu, N-terminal / Clathrin adaptor, beta-adaptin, appendage, Ig-like subdomain ...Keratinocyte-associated gene product / Beta-Lactamase - #60 / Mu homology domain, subdomain B / AP-2 complex subunit sigma / Clathrin adaptor, alpha-adaptin, appendage, C-terminal subdomain / Adaptor protein complex AP-2, alpha subunit / Alpha adaptin AP2, C-terminal domain / Mu2, C-terminal domain / AP-2 complex subunit mu, N-terminal / Clathrin adaptor, beta-adaptin, appendage, Ig-like subdomain / Beta2-adaptin appendage, C-terminal sub-domain / AP-1/2/4 complex subunit beta / Adaptor protein complex, sigma subunit / : / Beta-adaptin appendage, C-terminal subdomain / Beta2-adaptin appendage, C-terminal sub-domain / AP complex subunit beta / Clathrin adaptor complex, small chain / Clathrin adaptor complexes small chain signature. / Clathrin adaptor complexes medium chain signature 1. / Clathrin adaptor, mu subunit / Clathrin adaptor, mu subunit, conserved site / Clathrin adaptor complexes medium chain signature 2. / : / Coatomer/calthrin adaptor appendage, C-terminal subdomain / Clathrin adaptor, alpha/beta/gamma-adaptin, appendage, Ig-like subdomain / Adaptin C-terminal domain / Adaptin C-terminal domain / AP complex, mu/sigma subunit / Adaptor complexes medium subunit family / Clathrin adaptor complex small chain / AP-2 complex subunit mu, C-terminal superfamily / Clathrin/coatomer adaptor, adaptin-like, N-terminal / Adaptin N terminal region / Mu homology domain / Mu homology domain (MHD) profile. / Clathrin adaptor, appendage, Ig-like subdomain superfamily / Longin-like domain superfamily / TBP domain superfamily / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Beta-Lactamase / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-PIO / AP-2 complex subunit alpha-2 / Trans-Golgi network integral membrane protein TGN38 / AP-2 complex subunit sigma / AP-2 complex subunit mu / AP-2 complex subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Baker, R.W. / Cannon, K.S. / Reta, S.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2023
タイトル: Lipid nanodiscs as a template for high-resolution cryo-EM structures of peripheral membrane proteins.
著者: Kevin S Cannon / Reta D Sarsam / Tanita Tedamrongwanish / Kevin Zhang / Richard W Baker /
要旨: Peripheral membrane proteins are ubiquitous throughout cell biology and are required for a variety of cellular processes such as signal transduction, membrane trafficking, and autophagy. Transient ...Peripheral membrane proteins are ubiquitous throughout cell biology and are required for a variety of cellular processes such as signal transduction, membrane trafficking, and autophagy. Transient binding to the membrane has a profound impact on protein function, serving to induce conformational changes and alter biochemical and biophysical parameters by increasing the local concentration of factors and restricting diffusion to two dimensions. Despite the centrality of the membrane in serving as a template for cell biology, there are few reported high-resolution structures of peripheral membrane proteins bound to the membrane. We analyzed the utility of lipid nanodiscs to serve as a template for cryo-EM analysis of peripheral membrane proteins. We tested a variety of nanodiscs and we report a 3.3 Å structure of the AP2 clathrin adaptor complex bound to a 17-nm nanodisc, with sufficient resolution to visualize a bound lipid head group. Our data demonstrate that lipid nanodiscs are amenable to high-resolution structure determination of peripheral membrane proteins and provide a framework for extending this analysis to other systems.
履歴
登録2023年6月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年7月12日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年7月12日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年7月12日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年7月12日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02023年7月12日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年7月12日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年7月12日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年7月12日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年7月12日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年7月12日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年7月12日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.22024年6月19日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.32025年5月21日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: em_admin / em_software / pdbx_entry_details
Item: _em_admin.last_update / _em_software.name / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.12025年5月21日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AP-2 complex subunit alpha-2
B: AP-2 complex subunit beta
M: AP-2 complex subunit mu
S: AP-2 complex subunit sigma
P: Trans-Golgi network integral membrane protein TGN38
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)206,7616
ポリマ－206,0155
非ポリマー7471
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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AP-2 complex subunit ... , 4種, 4分子 ABMS

#1: タンパク質 AP-2 complex subunit alpha-2 / 100 kDa coated vesicle protein C / Adaptor protein complex AP-2 subunit alpha-2 / Adaptor-related ...100 kDa coated vesicle protein C / Adaptor protein complex AP-2 subunit alpha-2 / Adaptor-related protein complex 2 subunit alpha-2 / Alpha-adaptin C / Alpha2-adaptin / Clathrin assembly protein complex 2 alpha-C large chain / Plasma membrane adaptor HA2/AP2 adaptin alpha C subunit


分子量: 70573.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ap2a2, Adtab / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P17427
#2: タンパク質 AP-2 complex subunit beta / AP105B / Adaptor protein complex AP-2 subunit beta / Adaptor-related protein complex 2 subunit beta ...AP105B / Adaptor protein complex AP-2 subunit beta / Adaptor-related protein complex 2 subunit beta / Beta-2-adaptin / Beta-adaptin / Clathrin assembly protein complex 2 beta large chain / Plasma membrane adaptor HA2/AP2 adaptin beta subunit


分子量: 66953.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ap2b1, Clapb1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9DBG3
#3: タンパク質 AP-2 complex subunit mu / AP-2 mu chain / Adaptor protein complex AP-2 subunit mu / Adaptor-related protein complex 2 subunit ...AP-2 mu chain / Adaptor protein complex AP-2 subunit mu / Adaptor-related protein complex 2 subunit mu / Clathrin assembly protein complex 2 mu medium chain / Clathrin coat assembly protein AP50 / Clathrin coat-associated protein AP50 / Mu2-adaptin / Plasma membrane adaptor AP-2 50 kDa protein


分子量: 49726.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ap2m1, Clapm1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P84091
#4: タンパク質 AP-2 complex subunit sigma / Adaptor protein complex AP-2 subunit sigma / Adaptor-related protein complex 2 subunit sigma / ...Adaptor protein complex AP-2 subunit sigma / Adaptor-related protein complex 2 subunit sigma / Clathrin assembly protein 2 sigma small chain / Clathrin coat assembly protein AP17 / Clathrin coat-associated protein AP17 / Plasma membrane adaptor AP-2 17 kDa protein / Sigma-adaptin 3b / Sigma2-adaptin


分子量: 17038.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ap2s1, Ap17, Claps2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62743

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タンパク質・ペプチド / 非ポリマー , 2種, 2分子 P

#5: タンパク質・ペプチド Trans-Golgi network integral membrane protein TGN38


分子量: 1723.009 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Synthesized cargo peptide with an N-terminal oleic acid modification
由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Ttgn1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P19814
#6: 化合物 ChemComp-PIO / [(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate / dioctanoyl l-alpha-phosphatidyl-d-myo-inositol 4,5-diphosphate / 1-O-(1-O,2-O-ジオクタノイル-L-グリセロ-3-ホスホ)-D-myo-イノシト-ル4,5-ビスりん酸


分子量: 746.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H49O19P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: AP2 bound to MSP2N2 nanodisc with Tgn38 cargo peptide
タイプ: COMPLEX
詳細: Nanodiscs were assembled with a lipid mixture containing 75 mol% DOPC, 15 mol% DOPS, 10 mol% PIP2. Complex was formed by co-elution via gel filtration chromatography.
Entity ID: #1-#5 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量値: 0.2 MDa / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
21Mus musculus (ハツカネズミ)10090
31Rattus norvegicus (ドブネズミ)10116
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 20 mM HEPES pH 7.4, 100 mM NaCl
試料濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Nanodiscs were assembled with a lipid mixture containing 75 mol% DOPC, 15 mol% DOPS, 10 mol% PIP2. Complex was formed by co-elution via gel filtration chromatography.
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: Two applications of sample.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 45000 X / 倍率（補正後）: 45000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影電子線照射量: 55 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1crYOLO粒子像選択
2SerialEM画像取得Beam tilt compensation enabled for beam-image shift data collection.
4cryoSPARC3.2CTF補正
9PHENIXモデル精密化
13cryoSPARC3.2３次元再構成
画像処理詳細: Data collected in counting mode
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 2100000
詳細: General model gmodel_phosnet_202005_N63_c17.h5 used for crYOLO picking.
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 268232
詳細: Composite map was made using the phenix.combine_focused_maps function. Three separate local refinements were combined to make the final map.
対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00314043
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.55819018
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.2751886
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0412215
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0042418

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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