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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8st1 | ||||||||||||
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タイトル | The 3alpha2beta stoichiometry of human alpha4beta2 nicotinic acetylcholine receptor in complex with acetylcholine and calcium | ||||||||||||
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![]() | TRANSPORT PROTEIN / cys-loop ligand-gated pentameric ion channels / cation-selective channel / acetylcholine / calcium | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() vestibulocochlear nerve development / lateral geniculate nucleus development / regulation of circadian sleep/wake cycle, REM sleep / regulation of synaptic transmission, dopaminergic / quaternary ammonium group binding / synaptic transmission involved in micturition / Highly sodium permeable postsynaptic acetylcholine nicotinic receptors / Highly calcium permeable nicotinic acetylcholine receptors / optic nerve morphogenesis / response to acetylcholine ...vestibulocochlear nerve development / lateral geniculate nucleus development / regulation of circadian sleep/wake cycle, REM sleep / regulation of synaptic transmission, dopaminergic / quaternary ammonium group binding / synaptic transmission involved in micturition / Highly sodium permeable postsynaptic acetylcholine nicotinic receptors / Highly calcium permeable nicotinic acetylcholine receptors / optic nerve morphogenesis / response to acetylcholine / Highly calcium permeable postsynaptic nicotinic acetylcholine receptors / central nervous system projection neuron axonogenesis / acetylcholine-gated channel complex / cholinergic synapse / regulation of dopamine metabolic process / negative regulation of action potential / behavioral response to nicotine / positive regulation of dopamine secretion / acetylcholine receptor activity / inhibitory postsynaptic potential / synaptic transmission, cholinergic / acetylcholine binding / postsynaptic specialization membrane / nervous system process / acetylcholine receptor signaling pathway / acetylcholine-gated monoatomic cation-selective channel activity / regulation of synapse assembly / action potential / regulation of dendrite morphogenesis / heterocyclic compound binding / B cell activation / regulation of dopamine secretion / plasma membrane raft / membrane depolarization / associative learning / social behavior / ligand-gated monoatomic ion channel activity / smooth muscle contraction / monoatomic ion transport / positive regulation of B cell proliferation / sensory perception of pain / visual perception / response to cocaine / learning / locomotory behavior / regulation of membrane potential / sensory perception of sound / response to nicotine / visual learning / memory / cognition / calcium ion transport / presynaptic membrane / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / response to ethanol / response to oxidative stress / response to hypoxia / neuron projection / external side of plasma membrane / DNA repair / neuronal cell body / synapse / dendrite / protein-containing complex binding / signal transduction / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.41 Å | ||||||||||||
![]() | Kang, G. / Hibbs, R.E. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of the 3alpha2beta stoichiometry of the human alpha4beta2 nicotinic acetylcholine receptor in complex with acetylcholine and calcium 著者: Kang, G. / Mazzaferro, S. / Natarajan, K. / Sine, S. / Hibbs, R.E. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 912.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 763.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 81.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 124.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 40754MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-Neuronal acetylcholine receptor subunit ... , 2種, 5分子 ABDCE
#1: タンパク質 | 分子量: 44862.367 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 27-364,582-627 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 46748.863 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 26-355,442-502 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() |
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-抗体 , 2種, 4分子 FJGK
#3: 抗体 | 分子量: 26378.596 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #4: 抗体 | 分子量: 51195.668 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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-糖 , 2種, 8分子 ![](data/chem/img/NAG.gif)
#5: 多糖 | #6: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-非ポリマー , 4種, 13分子 ![](data/chem/img/ACH.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#7: 化合物 | #8: 化合物 | ChemComp-CA / #9: 化合物 | ChemComp-NA / | #10: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: A complex of two Fab fragments with the 3alpha2beta stoichiometry of human alpha4beta2 nicotinic receptor bound to acetylcholine and calcium タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
由来(組換発現) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
EMソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487 / カテゴリ: モデル精密化 |
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CTF補正 | タイプ: NONE |
3次元再構成 | 解像度: 3.41 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 51470 / 対称性のタイプ: POINT |