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万見
- PDB-8spa: Structural insights into cellular control of the human CPEB3 prio... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8spa
タイトルStructural insights into cellular control of the human CPEB3 prion, functionally regulated by a labile-amyloid-forming segment
要素Cytoplasmic polyadenylation element-binding protein 3
キーワードPROTEIN FIBRIL / prion / amyloid / reversible / helical
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cytoplasmic translational elongation / : / CCR4-NOT complex / regulation of dendritic spine development / translation factor activity, RNA binding / 3'-UTR-mediated mRNA destabilization / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / apical dendrite / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / positive regulation of dendritic spine development ...negative regulation of cytoplasmic translational elongation / : / CCR4-NOT complex / regulation of dendritic spine development / translation factor activity, RNA binding / 3'-UTR-mediated mRNA destabilization / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / apical dendrite / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / positive regulation of dendritic spine development / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / negative regulation of cytoplasmic translation / long-term memory / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / mRNA 3'-UTR binding / positive regulation of translation / cellular response to amino acid stimulus / regulation of synaptic plasticity / RNA stem-loop binding / ribosome binding / midbody / postsynaptic density / negative regulation of translation / neuron projection / synapse / dendrite / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cytoplasmic polyadenylation element-binding protein, ZZ domain / Cytoplasmic polyadenylation element-binding protein / CEBP, ZZ domain superfamily / Cytoplasmic polyadenylation element-binding protein ZZ domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytoplasmic polyadenylation element-binding protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者Flores, M.D. / Sawaya, M.R. / Boyer, D.R. / Zink, S. / Fioriti, L. / Rodriguez, J.A.
資金援助 米国, 6件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM128867 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM1295410 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM007185 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DMR-1548924 米国
The Pew Charitable TrustsJAR 米国
David and Lucile Packard FoundationJAR 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of a reversible amyloid fibril formed by the CPEB3 prion-like domain reveals a core sequence involved in translational regulation
著者: Flores, M.D. / Sawaya, M.R. / Boyer, D.R. / Zink, S. / Fioriti, L. / Rodriguez, J.A.
履歴
登録2023年5月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytoplasmic polyadenylation element-binding protein 3
B: Cytoplasmic polyadenylation element-binding protein 3
C: Cytoplasmic polyadenylation element-binding protein 3
D: Cytoplasmic polyadenylation element-binding protein 3
E: Cytoplasmic polyadenylation element-binding protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,3995
ポリマ－26,3995
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
対称性らせん対称: (回転対称性: 1 / Dyad axis: no / N subunits divisor: 1 / Num. of operations: 5 / Rise per n subunits: 4.81 Å / Rotation per n subunits: -3.32 °)

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要素

#1: タンパク質・ペプチド
Cytoplasmic polyadenylation element-binding protein 3 / CPE-BP3 / CPE-binding protein 3 / hCPEB-3


分子量: 5279.761 Da / 分子数: 5 / 断片: PRD1 (UNP residues 103-151) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CPEB3, KIAA0940
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q8NE35

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: Helical assembly of CPEB3 prion-like domain 1 / タイプ: COMPLEX
詳細: Truncated CPEB3 prion-like domain generated recombinantly
Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 23 kDa/nm / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
緩衝液pH: 5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1125 mMsodium chlorideNaCl1
250 mMTris-Base1
310 mMdipotassium phosphateHK2PO41
45 mMglutamic acid1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 4 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 52 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU2.8画像取得
4RELION3CTF補正
13RELION3３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: -3.32 ° / 軸方向距離/サブユニット: 4.81 Å / らせん対称軸の対称性: C1
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 40329 / 対称性のタイプ: HELICAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0061940
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.7532655
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d10.816620
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.045285
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.005350

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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