+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8sgi | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of human NCX1 in complex with SEA0400 | ||||||||||||
要素 |
| ||||||||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / Na/Ca exchanger / sodium calcium exchanger | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 relaxation of smooth muscle / vascular associated smooth muscle contraction / calcium ion export / regulation of cell communication by electrical coupling / calcium:sodium antiporter activity / membrane depolarization during cardiac muscle cell action potential / regulation of the force of heart contraction / sodium ion export across plasma membrane / cell communication by electrical coupling involved in cardiac conduction / negative regulation of protein serine/threonine kinase activity ...relaxation of smooth muscle / vascular associated smooth muscle contraction / calcium ion export / regulation of cell communication by electrical coupling / calcium:sodium antiporter activity / membrane depolarization during cardiac muscle cell action potential / regulation of the force of heart contraction / sodium ion export across plasma membrane / cell communication by electrical coupling involved in cardiac conduction / negative regulation of protein serine/threonine kinase activity / sodium ion import across plasma membrane / intracellular sodium ion homeostasis / calcium ion import / regulation of cardiac muscle contraction by calcium ion signaling / cardiac muscle cell development / calcium ion transport into cytosol / Sodium/Calcium exchangers / relaxation of cardiac muscle / calcium ion transmembrane import into cytosol / Reduction of cytosolic Ca++ levels / ankyrin binding / negative regulation of cytosolic calcium ion concentration / cellular response to caffeine / calcium ion import across plasma membrane / positive regulation of the force of heart contraction / intercalated disc / regulation of cardiac conduction / sodium ion transmembrane transport / regulation of cardiac muscle contraction by regulation of the release of sequestered calcium ion / positive regulation of bone mineralization / calcium ion homeostasis / monoatomic ion transport / muscle contraction / cardiac muscle contraction / axon terminus / Ion homeostasis / T-tubule / response to muscle stretch / cytoskeletal protein binding / regulation of heart rate / cell periphery / calcium ion transmembrane transport / cellular response to reactive oxygen species / sarcolemma / Z disc / intracellular calcium ion homeostasis / regulation of gene expression / transmembrane transporter binding / postsynapse / calmodulin binding / postsynaptic density / axon / neuronal cell body / synapse / dendrite / calcium ion binding / nucleoplasm / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Xue, J. / Jiang, Y. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
| ||||||||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structural mechanisms of human cardiac sodium calcium exchanger NCX1 著者: Xue, J. / Han, Y. / Zeng, W. / Jiang, Y. | ||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8sgi.cif.gz | 196.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb8sgi.ent.gz | 146.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8sgi.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8sgi_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 8sgi_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8sgi_validation.xml.gz | 45 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8sgi_validation.cif.gz | 65.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sg/8sgi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sg/8sgi | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 40456MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 109181.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC8A1, CNC, NCX1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P32418 |
---|
-抗体 , 2種, 2分子 LH
#2: 抗体 | 分子量: 21740.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) |
---|---|
#3: 抗体 | 分子量: 26435.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) |
-非ポリマー , 4種, 11分子
#4: 化合物 | ChemComp-EKY / | ||||
---|---|---|---|---|---|
#5: 化合物 | ChemComp-CA / #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
| ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
由来(天然) |
| ||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 368227 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|