+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8sf7 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | 48-nm doublet microtubule from Tetrahymena thermophila strain MEC17 | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | STRUCTURAL PROTEIN / Cilia / Axoneme / Doublet Microtubule / Microtubule Inner Protein | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cilium-dependent cell motility / regulation of cilium beat frequency involved in ciliary motility / axoneme assembly / axonemal microtubule / cilium organization / nucleoside-diphosphate kinase / CTP biosynthetic process / UTP biosynthetic process / motile cilium / positive regulation of cell motility ...cilium-dependent cell motility / regulation of cilium beat frequency involved in ciliary motility / axoneme assembly / axonemal microtubule / cilium organization / nucleoside-diphosphate kinase / CTP biosynthetic process / UTP biosynthetic process / motile cilium / positive regulation of cell motility / GTP biosynthetic process / regulation of neuron projection development / nucleoside diphosphate kinase activity / axoneme / mitotic cytokinesis / alpha-tubulin binding / cilium assembly / Hsp70 protein binding / acrosomal vesicle / mitotic spindle organization / ciliary basal body / meiotic cell cycle / cell projection / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / Hsp90 protein binding / structural constituent of cytoskeleton / mitotic spindle / cilium / microtubule cytoskeleton organization / mitotic cell cycle / microtubule / vesicle / cytoskeleton / calmodulin binding / hydrolase activity / neuron projection / phosphorylation / GTPase activity / centrosome / calcium ion binding / GTP binding / ATP binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Tetrahymena thermophila (真核生物) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å | ||||||
データ登録者 | Black, C.S. / Kubo, S. / Yang, S.K. / Bui, K.H. | ||||||
資金援助 | カナダ, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2024 タイトル: Effect of α-tubulin acetylation on the doublet microtubule structure. 著者: Shun Kai Yang / Shintaroh Kubo / Corbin Steven Black / Katya Peri / Daniel Dai / Thibault Legal / Melissa Valente-Paterno / Jacek Gaertig / Khanh Huy Bui / 要旨: Acetylation of α-tubulin at the lysine 40 residue (αK40) by αTAT1/MEC-17 acetyltransferase modulates microtubule properties and occurs in most eukaryotic cells. Previous literatures suggest that ...Acetylation of α-tubulin at the lysine 40 residue (αK40) by αTAT1/MEC-17 acetyltransferase modulates microtubule properties and occurs in most eukaryotic cells. Previous literatures suggest that acetylated microtubules are more stable and damage resistant. αK40 acetylation is the only known microtubule luminal post-translational modification site. The luminal location suggests that the modification tunes the lateral interaction of protofilaments inside the microtubule. In this study, we examined the effect of tubulin acetylation on the doublet microtubule (DMT) in the cilia of using a combination of cryo-electron microscopy, molecular dynamics, and mass spectrometry. We found that αK40 acetylation exerts a small-scale effect on the DMT structure and stability by influencing the lateral rotational angle. In addition, comparative mass spectrometry revealed a link between αK40 acetylation and phosphorylation in cilia. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8sf7.cif.gz | 27.9 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb8sf7.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 8sf7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8sf7_validation.pdf.gz | 26.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 8sf7_full_validation.pdf.gz | 35 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8sf7_validation.xml.gz | 5.6 MB | 表示 | |
CIF形式データ | 8sf7_validation.cif.gz | 8 MB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sf/8sf7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sf/8sf7 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 40436MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
+タンパク質 , 40種, 416分子 6H0A1A2A3A0B0C1C0D1D2D0E1E2E3E0F0G1G0H1H0N1N2N0Q1Q2Q3Q4Q5Q6Q...
-Parkin co-regulated protein ... , 2種, 6分子 0S1S2S3S4S5S
#12: タンパク質 | 分子量: 36304.816 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: UniProt: I7MLV6 #36: タンパク質 | 分子量: 28413.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: UniProt: I7M317 |
---|
-Cilia- and flagella-associated protein ... , 3種, 9分子 0U1U2U3U1K2K1O2O3O
#14: タンパク質 | 分子量: 73429.117 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: UniProt: Q22ZH2 #21: タンパク質 | 分子量: 60717.801 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: UniProt: Q23YQ8 #24: タンパク質 | 分子量: 59580.438 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Tetrahymena thermophila (真核生物) / 参照: UniProt: W7XCX2 |
---|
-非ポリマー , 3種, 483分子
#46: 化合物 | ChemComp-GTP / #47: 化合物 | ChemComp-MG / #48: 化合物 | ChemComp-GDP / |
---|
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: CELL / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: 48-nm repeat unit of microtubule doublet from Tetrahymena thermophila strain MEC17 タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT 詳細: Single Particle Analysis of the 48-nm repeating unit of the axoneme from intact cilia purified from Tetrahymena strain MEC17 Entity ID: #4, #6-#7, #9-#14, #18-#19, #21, #23, #25-#27, #30-#33, #35-#45, #20, #22, #34, #3, #1, #8, #5, #16, #15, #29, #2, #17, #28, #24 由来: NATURAL |
---|---|
分子量 | 値: 7.6 MDa / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: MEC17 / Organelle: Cilia |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 濃度: 2.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
---|---|
顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 45 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
3次元再構成 | 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 39417 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
EM volume selection | Num. of tomograms: 32 / Num. of volumes extracted: 2608 | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 132.06 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|