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- PDB-8s8h: Structure of a yeast 48S-AUC preinitiation complex in closed conf... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8s8h
タイトルStructure of a yeast 48S-AUC preinitiation complex in closed conformation (model py48S-AUC-2.2)
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 12
  • (Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit ...) x 3
  • (Small ribosomal subunit protein ...) x 11
  • 18S ribosomal RNA
  • Eukaryotic translation initiation factor 1A
  • KLLA0A07194p
  • KLLA0A10483p
  • KLLA0B01474p
  • KLLA0B01562p
  • KLLA0B08173p
  • KLLA0B11231p
  • KLLA0D10659p
  • KLLA0E12277p
  • KLLA0E23673p
  • KLLA0F07843p
  • KLLA0F18040p
  • Met-tRNAi
  • mRNA (5'-R(P*AP*AP*U)-3')
キーワードRIBOSOME / translation / initiation factors / 40S / eIF1A / AUC codon / eIF2 / tRNAi / 48S PIC / small ribosome subunit
機能・相同性
機能・相同性情報


formation of translation initiation ternary complex / Recycling of eIF2:GDP / Cellular response to mitochondrial stress / ABC-family proteins mediated transport / methionyl-initiator methionine tRNA binding / translation reinitiation / eukaryotic translation initiation factor 2 complex / formation of cytoplasmic translation initiation complex / multi-eIF complex / protein-synthesizing GTPase ...formation of translation initiation ternary complex / Recycling of eIF2:GDP / Cellular response to mitochondrial stress / ABC-family proteins mediated transport / methionyl-initiator methionine tRNA binding / translation reinitiation / eukaryotic translation initiation factor 2 complex / formation of cytoplasmic translation initiation complex / multi-eIF complex / protein-synthesizing GTPase / eukaryotic 43S preinitiation complex / formation of translation preinitiation complex / eukaryotic 48S preinitiation complex / positive regulation of translational fidelity / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / Formation of a pool of free 40S subunits / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / ribosomal small subunit binding / 90S preribosome / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / translation regulator activity / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / translation initiation factor binding / translation initiation factor activity / rescue of stalled ribosome / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / translational initiation / protein kinase C binding / modification-dependent protein catabolic process / cytoplasmic stress granule / protein tag activity / rRNA processing / ribosomal small subunit biogenesis / double-stranded RNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosome binding / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / protein ubiquitination / translation / ribonucleoprotein complex / positive regulation of protein phosphorylation / GTPase activity / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / nucleolus / GTP binding / protein kinase binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Translation initiation factor IF2/IF5 domain / Translation initiation factor IF2/IF5, N-terminal / Translation initiation factor IF2/IF5, zinc-binding / Translation initiation factor IF2/IF5 / Domain found in IF2B/IF5 / domain present in translation initiation factor eIF2B and eIF5 / Translation initiation factor 1A (eIF-1A), conserved site / Eukaryotic initiation factor 1A signature. / eukaryotic translation initiation factor 1A / Translation initiation factor 1A (eIF-1A) ...Translation initiation factor IF2/IF5 domain / Translation initiation factor IF2/IF5, N-terminal / Translation initiation factor IF2/IF5, zinc-binding / Translation initiation factor IF2/IF5 / Domain found in IF2B/IF5 / domain present in translation initiation factor eIF2B and eIF5 / Translation initiation factor 1A (eIF-1A), conserved site / Eukaryotic initiation factor 1A signature. / eukaryotic translation initiation factor 1A / Translation initiation factor 1A (eIF-1A) / Translation initiation factor 2, alpha subunit / Translation initiation factor 2, alpha subunit, middle domain superfamily / Translation initiation factor 2, alpha subunit, C-terminal / IF2a, S1-like domain / Eukaryotic translation initiation factor 2 alpha subunit / Initiation factor eIF2 gamma, C-terminal / Initiation factor eIF2 gamma, domain 2 / Initiation factor eIF2 gamma, GTP-binding domain / Initiation factor eIF2 gamma, C terminal / : / RNA-binding domain, S1, IF1 type / Translation initiation factor 1A / IF-1 / S1 domain IF1 type profile. / Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma, C-terminal / S1 domain profile. / : / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S21e signature. / : / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S12e / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / S27a-like superfamily / 40S Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S17e signature. / Ribosomal protein S30 / : / Ribosomal protein S30 / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein S7e signature. / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S19e / Translation elongation factor EFTu-like, domain 2 / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S3Ae signature. / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein S27e signature. / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S4e signature. / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / Ribosomal protein S8e, conserved site / Ribosomal protein S8e signature. / Ribosomal protein S19A/S15e / Ribosomal protein S17e / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Ribosomal S17 / : / Ribosomal protein S6, eukaryotic / Ribosomal S24e conserved site / Ribosomal protein S24e signature. / 40S ribosomal protein S1/3, eukaryotes / Ribosomal protein S4e, N-terminal / RS4NT (NUC023) domain / 40S ribosomal protein S11, N-terminal / Ribosomal_S17 N-terminal / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein S4, KOW domain / Ribosomal protein S4e / Ribosomal protein S4e, central region / Ribosomal protein S4e, central domain superfamily / Ribosomal family S4e / Ribosomal protein S6/S6e/A/B/2, conserved site / Ribosomal protein S6e signature. / Ribosomal protein S23, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S24e
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / METHIONINE / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / KLLA0B11231p / Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit beta / Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit alpha / Small ribosomal subunit protein uS11 ...PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / METHIONINE / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / KLLA0B11231p / Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit beta / Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit alpha / Small ribosomal subunit protein uS11 / Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit gamma / Small ribosomal subunit protein eS28 / Eukaryotic translation initiation factor 1A / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / KLLA0F25542p / KLLA0F18040p / KLLA0F09812p / KLLA0F07843p / 40S ribosomal protein S12 / Small ribosomal subunit protein eS6 / KLLA0E23673p / 40S ribosomal protein S8 / Small ribosomal subunit protein uS2 / KLLA0E12277p / 40S ribosomal protein S27 / Small ribosomal subunit protein uS14 / KLLA0D10659p / 40S ribosomal protein S3 / 40S ribosomal protein S26 / 40S ribosomal protein S7 / 40S ribosomal protein S24 / 40S ribosomal protein S30 / KLLA0B08173p / Small ribosomal subunit protein uS8 / 40S ribosomal protein S25 / Small ribosomal subunit protein eS1 / 40S ribosomal protein S4 / KLLA0B01562p / KLLA0B01474p / KLLA0A10483p / KLLA0A07194p / Small ribosomal subunit protein eS21 / Small ribosomal subunit protein uS9
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母)
Kluyveromyces lactis (酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4 Å
データ登録者Villamayor-Belinchon, L. / Sharma, P. / Llacer, J.L. / Hussain, T.
資金援助 スペイン, インド, 2件
組織認可番号国
Ministerio de Ciencia e Innovacion (MCIN)PID2020-116880GB-I00 スペイン
Department of Biotechnology (DBT, India)IA/I/17/2/503313 インド
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2024
タイトル: Structural basis of AUC codon discrimination during translation initiation in yeast.
著者: Laura Villamayor-Belinchón / Prafful Sharma / Yuliya Gordiyenko / Jose L Llácer / Tanweer Hussain /
要旨: In eukaryotic translation initiation, the 48S preinitiation complex (PIC) scans the 5' untranslated region of mRNAs to search for the cognate start codon (AUG) with assistance from various ...In eukaryotic translation initiation, the 48S preinitiation complex (PIC) scans the 5' untranslated region of mRNAs to search for the cognate start codon (AUG) with assistance from various eukaryotic initiation factors (eIFs). Cognate start codon recognition is precise, rejecting near-cognate codons with a single base difference. However, the structural basis of discrimination of near-cognate start codons was not known. We have captured multiple yeast 48S PICs with a near-cognate AUC codon at the P-site, revealing that the AUC codon induces instability in the codon-anticodon at the P-site, leading to a disordered N-terminal tail of eIF1A. Following eIF1 dissociation, the N-terminal domain of eIF5 fails to occupy the vacant eIF1 position, and eIF2β becomes flexible. Consequently, 48S with an AUC codon is less favourable for initiation. Furthermore, we observe hitherto unreported metastable states of the eIF2-GTP-Met-tRNAMet ternary complex, where the eIF2β helix-turn-helix domain may facilitate eIF5 association by preventing eIF1 rebinding to 48S PIC. Finally, a swivelled head conformation of 48S PIC appears crucial for discriminating incorrect and selection of the correct codon-anticodon pair during translation initiation.
履歴
登録2024年3月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / em_admin / pdbx_entry_details
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
2: 18S ribosomal RNA
A: Small ribosomal subunit protein uS2
B: Small ribosomal subunit protein eS1
C: Small ribosomal subunit protein uS5
E: 40S ribosomal protein S4
G: Small ribosomal subunit protein eS6
H: 40S ribosomal protein S7
I: 40S ribosomal protein S8
J: KLLA0E23673p
L: KLLA0A10483p
N: KLLA0F18040p
O: Small ribosomal subunit protein uS11
V: 40S ribosomal protein S21
W: Small ribosomal subunit protein uS8
X: KLLA0B11231p
Y: 40S ribosomal protein S24
a: 40S ribosomal protein S26
b: 40S ribosomal protein S27
e: 40S ribosomal protein S30
h: 40S ribosomal protein L41-A
D: 40S ribosomal protein S3
F: KLLA0D10659p
K: KLLA0B08173p
M: 40S ribosomal protein S12
P: KLLA0F07843p
Q: Small ribosomal subunit protein uS9
R: KLLA0B01474p
S: KLLA0B01562p
T: KLLA0A07194p
U: Small ribosomal subunit protein uS10
Z: 40S ribosomal protein S25
c: Small ribosomal subunit protein eS28
d: Small ribosomal subunit protein uS14
f: Small ribosomal subunit protein eS31
g: KLLA0E12277p
i: Eukaryotic translation initiation factor 1A
3: mRNA (5'-R(P*AP*AP*U)-3')
1: Met-tRNAi
j: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit alpha
k: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit gamma
l: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,362,147162
ポリマ－1,358,46141
非ポリマー3,686121
水543
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area238760 Å2
ΔGint-2493 kcal/mol
Surface area456420 Å2
手法PISA

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要素

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RNA鎖 , 3種, 3分子 231

#1: RNA鎖 18S ribosomal RNA


分子量: 579454.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母)
#37: RNA鎖 mRNA (5'-R(P*AP*AP*U)-3')


分子量: 15304.940 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Kluyveromyces lactis (酵母)
#38: RNA鎖 Met-tRNAi


分子量: 24713.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)

-
Small ribosomal subunit protein ... , 11種, 11分子 ABCGOWQUcdf

#2: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS2 / 40S ribosomal protein S0


分子量: 28264.525 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 参照: UniProt: Q6CN12
#3: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS1 / 40S ribosomal protein S1


分子量: 28971.643 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 参照: UniProt: Q6CWD0
#4: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS5 / 40S ribosomal protein S2


分子量: 27649.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 参照: UniProt: Q6CKL3
#6: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS6 / 40S ribosomal protein S6


分子量: 26970.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 参照: UniProt: Q6CM04
#12: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS11 / 40S ribosomal protein S14 / RP59


分子量: 14530.655 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 参照: UniProt: P27069
#14: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS8 / 40S ribosomal protein S22


分子量: 14645.041 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 参照: UniProt: Q6CW21
#26: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS9 / 40S ribosomal protein S16


分子量: 15874.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 参照: UniProt: Q875N2
#30: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS10 / 40S ribosomal protein S20


分子量: 13337.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 参照: UniProt: Q6CIM1
#32: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS28 / 40S ribosomal protein S28 / S33


分子量: 7549.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 参照: UniProt: P33285
#33: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS14 / 40S ribosomal protein S29


分子量: 6662.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 参照: UniProt: Q6CPG3
#34: タンパク質 Small ribosomal subunit protein eS31 / 40S ribosomal protein S27a


分子量: 17110.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 参照: UniProt: P69061

-
40S ribosomal protein ... , 12種, 12分子 EHIVYabehDMZ

#5: タンパク質 40S ribosomal protein S4


分子量: 29617.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 参照: UniProt: Q6CWJ2
#7: タンパク質 40S ribosomal protein S7


分子量: 21735.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 参照: UniProt: Q6CTD6
#8: タンパク質 40S ribosomal protein S8


分子量: 22642.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 参照: UniProt: Q6CMG3
#13: タンパク質 40S ribosomal protein S21


分子量: 9797.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 参照: UniProt: Q6CXT6
#16: タンパク質 40S ribosomal protein S24


分子量: 15194.549 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 参照: UniProt: Q6CU44
#17: タンパク質 40S ribosomal protein S26


分子量: 13539.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 参照: UniProt: Q6CS01
#18: タンパク質 40S ribosomal protein S27


分子量: 8884.362 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 参照: UniProt: Q6CNL2
#19: タンパク質 40S ribosomal protein S30


分子量: 7141.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 参照: UniProt: Q6CUH5
#20: タンパク質・ペプチド 40S ribosomal protein L41-A


分子量: 3354.243 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母)
#21: タンパク質 40S ribosomal protein S3


分子量: 26300.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 参照: UniProt: Q6CRK7
#24: タンパク質 40S ribosomal protein S12


分子量: 14466.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 参照: UniProt: Q6CLU4
#31: タンパク質 40S ribosomal protein S25


分子量: 12002.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 参照: UniProt: Q6CW78

-
タンパク質 , 12種, 12分子 JLNXFKPRSTgi

#9: タンパク質 KLLA0E23673p


分子量: 21587.049 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 参照: UniProt: Q6CM18
#10: タンパク質 KLLA0A10483p


分子量: 17843.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 参照: UniProt: Q6CX80
#11: タンパク質 KLLA0F18040p


分子量: 16989.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 参照: UniProt: Q6CJK0
#15: タンパク質 KLLA0B11231p


分子量: 16047.897 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 参照: UniProt: F2Z602
#22: タンパク質 KLLA0D10659p


分子量: 25385.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 参照: UniProt: Q6CRA3
#23: タンパク質 KLLA0B08173p


分子量: 12584.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 参照: UniProt: Q6CVZ5
#25: タンパク質 KLLA0F07843p


分子量: 15986.796 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 参照: UniProt: Q6CKV4
#27: タンパク質 KLLA0B01474p


分子量: 15722.216 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 参照: UniProt: Q6CWU3
#28: タンパク質 KLLA0B01562p


分子量: 17084.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 参照: UniProt: Q6CWT9
#29: タンパク質 KLLA0A07194p


分子量: 15879.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 参照: UniProt: Q6CXM0
#35: タンパク質 KLLA0E12277p


分子量: 35830.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 参照: UniProt: Q6CNI7
#36: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 1A / eIF-1A / Eukaryotic translation initiation factor 4C / eIF-4C


分子量: 17462.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
遺伝子: TIF11, YMR260C, YM8156.02C / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P38912

-
Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit ... , 3種, 3分子 jkl

#39: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit alpha / eIF-2-alpha / eIF-2A / eIF-2alpha / eIF2-alpha


分子量: 34763.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
遺伝子: SUI2, TIF211, YJR007W, J1429 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 参照: UniProt: P20459
#40: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit gamma / eIF2-gamma


分子量: 57942.699 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
遺伝子: GCD11, SUI4, TIF213, YER025W / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 参照: UniProt: P32481, protein-synthesizing GTPase
#41: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit beta / eIF2-beta


分子量: 31631.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
遺伝子: SUI3, TIF212, YPL237W / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 参照: UniProt: P09064

-
非ポリマー , 5種, 124分子

#42: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#43: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#44: 化合物 ChemComp-GCP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / グアニリルメチレンジホスホン酸


分子量: 521.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O13P3
コメント: GMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#45: 化合物 ChemComp-MET / METHIONINE / メチオニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 149.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H11NO2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#46: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Structure of a yeast 48S-AUC preinitiation complex in closed conformationRIBOSOME#1-#410MULTIPLE SOURCES
2RibosomeCOMPLEX#1-#351NATURAL
3tRNACOMPLEX#381NATURAL
4Initiation factor eIF1ACOMPLEX#361RECOMBINANT
5Initiation factor eIF2COMPLEX#39-#411RECOMBINANT
6mRNACOMPLEX#371RECOMBINANT
分子量値: 1.8 MDa / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)284590
33Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)559292
44Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)559292
55Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)559292
66Kluyveromyces lactis (酵母)28985
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
44Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)469008
55Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)559292
66synthetic construct (人工物)32630
緩衝液pH: 6.5
緩衝液成分
ID濃度名称Buffer-ID
120 mMMES1
25 mMMagnessium acetate1
380 mMPotassium acetate1
410 mMAmmonium acetate1
52 mMDithiothreitol (DTT)1
60.001 mMZinc acetate1
70.6 mMATP1
80.25 mMGDPCP1
試料濃度: 0.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 59000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 100 K / 最低温度: 90 K
撮影平均露光時間: 1.1 sec. / 電子線照射量: 30 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 8 / 実像数: 11245
詳細: Images were collected in movie-mode at 30 frames per second

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / カテゴリ: モデル精密化
画像処理詳細: FEI Falcon III
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1680000 / 詳細: Selected particles after 2d-classification
3次元再構成解像度: 4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 24107 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 空間: RECIPROCAL / Target criteria: FSC
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00692312
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.75133821
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d18.69729060
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04216635
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00610007

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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